2014-2015年黑龙江三个地区犬博卡病毒的PCR检测及遗传变异分析

发布时间：2017-09-11 23:30

  本文关键词：2014-2015年黑龙江三个地区犬博卡病毒的PCR检测及遗传变异分析

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【摘要】：犬博卡病毒(Canine bocavirus,CBoV)与犬肠炎密切相关,为了探索CBoV在黑龙江地区的流行情况及遗传演化,于2014年5月份至2015年4月份,在黑龙江哈尔滨、大庆、牡丹江三个地区采集201份具有腹泻症状的犬粪便拭子,利用PCR扩增CBoV NS1基因片段(440 bp),进一步对CBoV阳性样品的VP2基因进行扩增,测序后进行进化树分析,从而对黑龙江地区CBoV病毒株的进化性进行分析。同时,利用PCR方法对CBoV阳性病料中犬细小病毒(CPV-2)、犬冠状病毒(CCoV)、犬嵴病毒(CaKV)进行检测。PCR检测结果显示,在201份样品中,15份样品为CBoV阳性(7.5%,15/201)。序列分析结果显示,15株CBoV的NS1片段在核苷酸水平的同源性为83.1%~100%,推导的氨基酸水平的同源性为75.8%~100%;5株CBoV VP2基因在核苷酸水平的同源性为82.9%~96.8%,推导的氨基酸水平的同源性为90.4%~99.1%。NS1基因的进化树分析显示,与韩国、美国、德国和中国香港的CBoV-2毒株相比,15个中国CBoV病毒株被分在CBoV-2毒株的不同亚群中;VP2基因的进化树分析表明,5个中国CBoV病毒株被分成三个不同的CBoV-2型种群,即CBoV-2HK群、CBoV-2C群和CBoV-2B群。对VP2基因重组分析显示,本研究选择的5个病毒株发生潜在的三个重组事件。在15个CBoV阳性样品中,CBoV与CPV-2、CCoV和Ca KV的混合感染率高达20%~40%。上述结果表明,CBoV在中国黑龙江三个地区犬腹泻样品中阳性率为7.5%,并且CBoV毒株表现出遗传多样性、可能的重组事件和混合感染情况。
【关键词】：犬博卡病毒 遗传多样性 混合感染
【学位授予单位】：黑龙江八一农垦大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S852.65
【目录】：

• 摘要3-4
• Abstract4-7
• 第一章 文献综述7-17
• 1.1 博卡病毒概述7-10
• 1.1.1 人博卡病毒的发现8
• 1.1.2 猪博卡病毒的发现8-9
• 1.1.3 犬博卡病毒的发现9-10
• 1.2 博卡病毒病的病原学10-12
• 1.2.1 博卡病毒分类10-11
• 1.2.2 博卡病毒病毒粒子结构11
• 1.2.3 博卡病毒基因组结构11-12
• 1.3 博卡病毒的诊断方法12-13
• 1.4 博卡病毒的致病性13-14
• 1.5 博卡病毒病的临床症状14-15
• 1.6 犬博卡病毒病的流行病学15
• 1.7 研究的目的与意义15-17
• 第二章 犬博卡病毒的PCR检测及遗传变异分析17-33
• 2.1 试验材料17-18
• 2.1.1 主要生化试剂17
• 2.1.2 主要培养基及试剂配制17-18
• 2.1.3 仪器设备18
• 2.2 方法18-23
• 2.2.1 样品采集18
• 2.2.2 NS1基因扩增与测序18-21
• 2.2.3 其他犬肠道病原体的检测21
• 2.2.4 VP2基因的扩增与测序21-23
• 2.2.5 重组分析23
• 2.3 结果23-33
• 2.3.1 CBoV的NS1基因PCR扩增23-25
• 2.3.2 CBoV的NS1基因阳性测序结果25-26
• 2.3.3 CBoV的NS1基因分子进化树分析26-27
• 2.3.4 与其他犬肠道病原体的混合感染检测27-29
• 2.3.5 CBoV的VP2基因PCR扩增29-30
• 2.3.6 CBoV的VP2基因菌落PCR30
• 2.3.7 CBoV的VP2基因分子进化树分析30-31
• 2.3.8 CBoV的VP2基因重组分析31-33
• 第三章 讨论33-35
• 第四章 结论35-37
• 参考文献37-45
• 致谢45-47
• 作者简历47

【参考文献】

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本文编号：833739