长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析

发布时间：2017-09-18 00:19

  本文关键词：长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析

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【摘要】：为全面了解长江下游地区兼用型鸭的遗传多样性,对该地区娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭的血液进行了全基因组重测序分析。4个样本平均测序深度和覆盖率分别为11.7×和97.19%;通过与北京鸭基因组进行比对,娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭分别检测到7 711 254、8 137 855、7 299 539和7 962 102个SNP,1 145 846、1 239 348、958 379和1 121 697个Indel以及1 777、1 949、1 556和1 088个CNV,这些变异大部分分布在基因间或者是基因内的内含子区;通过群体系统进化树分析和CNV交集分析发现娄门鸭和昆山麻鸭为一类,巢湖鸭和高邮鸭为一类。测序分析结果真实反映了各鸭种在遗传上的差异,与其地理分布基本一致。
【作者单位】： 江苏省家禽科学研究所;昆山麻鸭原种场;昆山市畜牧兽医站;
【关键词】： 鸭 全基因组 重测序 系统进化树 拷贝数变异
【基金】：江苏省农业三新工程项目(Sxgc(2016)096) 江苏省农业科技自主创新项目(CX(15)1010-03)
【分类号】：S834.2
【正文快照】： 当前,全球畜禽遗传资源的多样性正日益减少,而我国地方种资源的保种状况也不容乐观[1]。地方鸭种质资源是鸭育种和生产的物质基础,开展地方鸭品种资源评价和种质特性研究等工作,不但保护了品种的遗传多样性,还可以保证鸭育种工作能对环境、疾病和市场需求的变化作出及时和有效

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本文编号：872249