中国家养双峰驼Y染色体SNP、STR、CNV与父系起源研究

发布时间：2017-09-24 02:01

  本文关键词：中国家养双峰驼Y染色体SNP、STR、CNV与父系起源研究

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【摘要】：利用Y染色体分子标记探究中国家养双峰驼父系的起源与系统进化,可以为双峰驼种质资源的保护和合理利用提供科学依据。本试验以中国河西骆驼、青海骆驼、阿拉善骆驼、苏尼特骆驼、南疆骆驼、北疆骆驼和东疆骆驼4个省区7个家养双峰驼群体雄性个体为研究对象,通过对Y染色体USP9Y、UTY、DBY、SRY基因的部分序列测序,筛选Y-SNP多态标记,以明确不同中国家养双峰驼群体间的系统进化关系和父系结构;运用荧光标记引物测序法筛选Y染色体特异的微卫星多态位点,以揭示中国家养双峰驼父系起源进化问题;运用实时荧光定量PCR技术检测HSFY和SRY基因的拷贝数,以期探究家养双峰驼个体间拷贝数的变异,为之后起源进化关系以及与雄性个体繁殖性能相关性的研究奠定基础。结果如下:1.中国家养双峰驼Y-SNP与父系起源的研究Y染色体特异区的USP9Y、UTY、DBY、SRY 4个基因的部分序列测序结果显示:共筛选到29对Y染色体特异的引物,除SRY基因的引物外,其它28对引物的扩增序列比对结果显示所选基因携带有相同的单倍型,群体间分化程度较小,由此表明中国家养双峰驼的父系起源较为单一。本试验首次发现SRY基因在中国家养双峰驼Y染色体上是以多拷贝的形式存在,不能用于中国家养双峰驼Y染色体遗传多样性的研究。2.中国家养双峰驼Y-STR与父系起源的研究本试验首次利用荧光标记引物测序法筛选双峰驼Y染色体特异的微卫星,并且在USP9Y基因内发现一段微卫星序列。通过对所研究个体进行比较,结果显示该微卫星位点等位基因的大小分别为241 bp,243 bp和247 bp,存在明显的多态性。在本试验所研究的四个地区中国家养双峰驼中,243 bp等位基因频率为79.0%,高于其它两个等位基因的频率,则说明该等位基因在所研究群体中占优势。该微卫星各等位基因在不同的群体间的分布不同。南疆驼、河西驼以及阿拉善双峰驼群体只检测到243 bp等位基因,苏尼特双峰驼群体共检测到241 bp、243 bp和247 bp3个等位基因,等位基因频率依次为17.4%、52.2%和30.4%,而其它群体检测到241 bp和243 bp的等位基因。在所采集的新疆地区驼群中,243 bp等位基因占优势,其等位基因频率为79.5%,而241 bp等位基因频率为20.5%。内蒙古驼群中,241 bp、243 bp和247 bp等位基因频率依次为13.3%、63.3%和23.3%。3.中国家养双峰驼HSFY和SRY基因拷贝数与父系起源的研究本试验运用实时荧光定量PCR技术对中国家养双峰驼的HSFY和SRY基因的拷贝数进行研究,结果显示HSFY基因拷贝数范围为1~3,SRY基因拷贝数范围为1~9,均属于多拷贝基因。4.本试验所筛选的Y染色体特异的引物均可以用于家养双峰驼的性别鉴定。
【关键词】：双峰驼 Y染色体 Y-SNP Y-STR 多拷贝基因
【学位授予单位】：西北农林科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S824
【目录】：

• 摘要6-8
• ABSTRACT8-12
• 第一章 文献综述12-28
• 1.1 Y染色体结构与功能12-19
• 1.1.1 Y染色体的结构13-15
• 1.1.2 Y染色体的功能15-17
• 1.1.3 不同哺乳动物Y染色体特征17-19
• 1.2 Y染色体的起源与进化19-23
• 1.2.1 Y染色体起源与进化19-20
• 1.2.2 Y染色体进化的驱动力20-23
• 1.3 Y染色体分子标记以及拷贝数的研究进展23-26
• 1.3.1 Y染色体分子标记的研究进展23-24
• 1.3.2 Y染色体拷贝数的研究进展24-26
• 1.4 骆驼起源进化的研究进展26-27
• 1.5 本研究的目的和意义27-28
• 第二章 中国家养双峰驼Y-SNP的研究28-38
• 2.1 材料与方法28-32
• 2.1.1 试验材料28-29
• 2.1.2 试验方法29-32
• 2.2 结果与分析32-35
• 2.2.1 基因组DNA的提取与检测32
• 2.2.2 Y-SNP特异性引物的检测32-33
• 2.2.3 Y-SNP特异性引物的扩增与测序33
• 2.2.4 测序结果分析33-35
• 2.3 讨论35-37
• 2.3.1 中国家养双峰驼父系起源问题35-37
• 2.3.2 SRY基因多拷贝检测问题37
• 2.4 小结37-38
• 第三章 中国家养双峰驼Y染色体微卫星的研究38-49
• 3.1 材料与方法38-42
• 3.1.1 试验材料38
• 3.1.2 试验方法38-42
• 3.2 结果与分析42-46
• 3.2.1 Y染色体微卫星引物的特异性检测42-43
• 3.2.2 克隆测序结果43-44
• 3.2.3 荧光标记引物测序结果44-45
• 3.2.4 等位基因大小及其分布频率45-46
• 3.2.5 聚类分析46
• 3.3 讨论46-48
• 3.4 小结48-49
• 第四章 中国家养双峰驼HSFY与SRY基因拷贝数的研究49-59
• 4.1 材料与方法49-51
• 4.1.1 试验材料49-50
• 4.1.2 试验方法50-51
• 4.2 结果与分析51-56
• 4.2.1 引物特异性的检测51-52
• 4.2.2 标准曲线52-53
• 4.2.3 待测样本基因拷贝数的计算与分析53-56
• 4.2.4 聚类分析56
• 4.3 讨论56-58
• 4.4 小结58-59
• 第五章 结论与创新点59-60
• 5.1 结论59
• 5.2 创新点59-60
• 参考文献60-69
• 附录69-71
• 致谢71-72
• 作者简介72

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1 陈慧玲;中国家养双峰驼Y染色体SNP、STR、CNV与父系起源研究[D];西北农林科技大学;2016年

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本文编号：908701