苏淮猪VRTN基因克

发布时间：2017-10-05 23:30

  本文关键词：苏淮猪VRTN基因克隆、组织表达特征与多态性分析

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【摘要】：【目的】获得苏淮猪VRTN基因编码区序列,了解其序列特征和组织表达特征,分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织c DNA为模板,采用克隆测序技术分离获得苏淮猪VRTN基因编码区序列。利用Bio Edit 7.0软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用Clustal W软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用UCSC基因组浏览器与NCBI基因组数据库进行猪VRTN基因的染色体定位和基因组结构分析。利用SMART软件预测蛋白质功能域,CPHmodels软件预测蛋白质三级结构。随机选取3头成年苏淮猪母猪,屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织,提取组织总RNA,采用RT-PCR技术分析苏淮猪VRTN基因的组织表达谱。采集106头成年苏淮猪繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用PCR-凝胶电泳分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【结果】苏淮猪VRTN基因编码区序列全长为2 097bp,与其它哺乳动物如人、小鼠、牛和羊的一致性分别为84.98%、74.53%、85.84%和86.45%,而与鸡的一致性只有54.42%。基因组结构分析发现猪VRTN基因由2个外显子和1个内含子构成,定位在猪7号染色体上。苏淮猪VRTN基因编码蛋白含有698个氨基酸残基,与人、小鼠、牛和羊等的一致性分别为85.55%、70.07%、86.20%和86.06%,但与鸡的一致性只有51.17%,可见哺乳动物VRTN基因在进化过程中比较保守。氨基酸组分分析显示苏淮猪VRTN蛋白氨基酸序列存在全部20种氨基酸,其中Leu(亮氨酸)含量最高,达到10.44%,而Asp天冬氨酸含量最低,只有1.43%。蛋白结构分析发现苏淮猪VRTN蛋白含有HTH结构域等典型结构域,由6个α螺旋、5个β折叠以及若干无规则卷曲组成。RT-PCR分析表明VRTN基因在苏淮猪心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、卵巢和肌肉组织等组织中均有表达,说明VRTN基因是一个广泛表达的基因。在苏淮猪群体中检测到VRTN基因ins291位点的3种基因型,其中仅有93bp条带的为野生纯合型(wt/wt),仅有384bp条带的为突变纯合型(Q/Q),含有384和93bp条带的为杂合型(wt/Q)。在苏淮猪群体中wt/wt型为优势基因型,基因型频率为0.717;wt为优势等位基因,基因频率是0.816;高脊椎数等位基因Q的频率为0.184。遗传多态性分析发现苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态信息含量为0.331,为中度多态位点,杂合度为0.40,变异程度相对较低。【结论】获得了苏淮猪VRTN基因序列,其表达无组织特异性;苏淮猪群体中存在高脊椎数等位基因Q。
【作者单位】： 南京农业大学动物科技学院;南京农业大学淮安研究院;淮阴种猪场;
【关键词】： 苏淮猪 VRTN基因 克隆 组织表达谱 多态性
【基金】：国家科技支撑计划(2015BAD03B01) 江苏省农业科技自主创新资金(SCX(12)2097) 南京农业大学SRT计划(1515A08)
【分类号】：S828
【正文快照】： 0引言 【研究意义】脊椎数是影响猪胴体长和产肉量的重要经济性状,也是一个高遗传力性状(遗传力可达0.7以上)[1]。家猪的祖先野猪的胸腰椎数共有19根[2],而西方商业猪种在长期选育的过程中对体型的大小特别是体长进行了高强度的人工选择,胸腰椎数可达20—23根[3-4]。研究发现

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本文编号：979463