长链非编码RNA在HPV16阳性的宫颈细胞系中的表达

发布时间：2020-05-20 17:50

【摘要】：目的:分析人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)16型阳性的宫颈癌(cervical cancer,CC)细胞系(SiHa)和人宫颈永生化鳞状细胞系(Ect1/E6E7)中长链非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)及信使RNA(Messenger RNA,mRNA)的表达差异,为探索研究lncRNAs的表达改变在高危型人乳头瘤病毒(High-risk human papillomavirus,HR-HPV)感染导致CC发生发展中的重要作用及其可能的分子机制奠定基础。方法:常规培养SiHa细胞和Ect1/E6E7细胞;提取RNA(Trizol方法)、纯化(mRNA-ONLY?Eukaryotic mRNA Isolation Kit,Epicentre)及质量检测(Agilent ND-1000及标准变性凝胶电泳方法);RNA标记(Arraystar RNA Flash Labeling Kit)与芯片杂交(Agilent SureHyb仪和Agilent DNA Microarray Scanner扫描软件);数据采集(Agilent Feature Extraction v11.0.1.1)软件)及其标准化(Agilent GeneSpring GX v12.1软件)后行差异表达分析(Agilent GeneSpring GX v12.1软件)以及功能分析(GO和KEGG通路分析);以RT-PCR方法验证SiHa细胞系与Ect1/E6E7细胞系、HPV16阳性的宫颈癌组织、HPV16阳性的正常宫颈组织以及HPV16阳性的宫颈癌前病变组织中与本实验室前期工作结果中筛选出的差异改变细胞因子相关的LncRNAs的芯片实验结果。结果:1.SiHa细胞系与Ect1/E6E7细胞系相比差异表达2倍及以上的上调lncRNAs共2804条,约占总上调LncRNAs的11.9%,差异表达2倍及以上的下调lncRNAs共2372条,约占总下调LncRNAs的12.1%。差异表达2倍及以上的上调mRNAs共2405条,约占总上调mRNAs的28.6%,差异表达2倍及以上的下调mRNAs共2505条,约占总下调mRNAs的27.4%;2.SiHa细胞系表达上调的mRNAs中,生物学过程类中富集多细胞生物过程调节的mRNAs所占比例最大;细胞组分类中富集部分胞内组成的mRNAs所占比例最大;分子功能类中富集结合能力的mRNAs所占比例最大;3.SiHa细胞系表达下调的mRNAs中,生物学过程类中富集单一有机体调节过程的mRNAs所占比例最大;细胞组分类中富集胞内构成的mRNAs所占比例最大;分子功能类中富集蛋白结合能力的mRNAs所占比例最大;4.Pathway分析显示差异表达mRNAs共富集56条Pathway,其中上调mRNAs富集28条,下调mRMAs富集28条;5.在细胞系中用RT-PCR方法验证lncRNA ENST00000566282、LncRNA NR_038974、LncRNA T287840、LncRNA ENST00000571370共4条差异表达的LncRNAs,其中lncRNA ENST00000566282、LncRNA NR_038974、LncRNA ENST00000571370与芯片结果一致,LncRNA T287840不一致;6.在宫颈组织中用RT-PCR方法验证的lncRNA ENST00000566282、LncRNA NR_038974、LncRNA ENST00000571370共3条差异表达的LncRNAs,其中LncRNA NR_038974、LncRNA ENST00000571370与芯片结果一致,lncRNA ENST00000566282不一致。结论:1.SiHa细胞系与Ect1/E6E7细胞系相比存在大量差异表达的LncRNAs和mRNAs;2.差异表达的LncRNAs可能在宫颈癌的发生发展中发挥重要作用,有可能可以作为新的宫颈癌早期诊断的标志物;3.RT-PCR方法验证细胞系与宫颈组织中与细胞因子相关的ENST00000566282,NR_038974,T287840,ENST00000571370,其中NR_038974,ENST00000571370与芯片结果完全一致,说明基因芯片结果的可靠性,为进一步阐明细胞因子在CC发生发展免疫微环境中的作用打下了基础。
【图文】：

测结果表 1 分光光度计检测结果260/280比值OD260/230比值浓度（ng/ul）体积（ul）1.99 2.39 784.01 60.001.88 2.43 368.79 20.00源物质的吸收峰，比如酚，糖类等；A260RNA、DNA等；A280：测定蛋白质的吸收时，就可以认为RNA中蛋白质的污染是可 < 1.8时，说明样品溶液中蛋白的污染比较明2时，，说明RNA已经水解成单核酸了，也不值与280nm处吸收值的比值为2.0，则可以认胶电泳技术检测抽提的总 RNAEct1/E6E7

（2804/23520）。其中上调 1000 倍以上的 1 条，上调 500 倍以上的 4 条，上调100 倍以上的 35 条，上调 10 倍以上的 388 条，上调倍数最大的 LncRNA 是NR_024089，上调倍数是 2494.49714。下调 2 倍以上的 LncRNAs 共 2372 条，约占总下调 LncRNAs 的 12.1%（2372/19674）。其中下调 1000 倍以上的 0 条，下调 500 倍以上的 3 条，下调 100 倍以上的 4 条，下调 10 倍以上的 456 条，下调倍数最大的 LncRNA 是 T142050，下调倍数是 679.5334693。同时检测 mRNAs，SiHa 与 Ect1/E6E7 之间 mRNAs 差异表达 2 倍以上且差异具有统计学意义（P<=0.05）的 mRNAs 认为是差异表达的 mRNAs，上调 2 倍以上的 mRNAs 共2405 条，约占总上调 mRNAs 的 28.6%（2405/8404），其中上调 1000 倍以上的8 条，上调 500 倍以上的 10 条，上调 100 倍以上的 70 条，上调 10 倍以上的 410条，上调倍数最大的 mRNA 是 NM_032020，上调倍数是 5369.972557。下调 2倍以上的 mRNAs 共 2505 条，约占总下调 mRNAs 的 27.4%（2505/9147），其中下调 1000 倍以上的 7 条，下调 500 倍以上的 6 条，下调 100 倍以上的 59 条，下调 10 倍以上的 388 条，下调倍数最大的 mRNA 是 NM_003357，下调倍数是5245.402626。差异表达的 LncRNAs 和 mRNAs 芯片结果（见图 2 及表 2）。
【学位授予单位】：天津医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2018
【分类号】：R737.33

【参考文献】

相关期刊论文 前10条

1 艾科热木江·台外库;朱明月;热孜宛古丽·阿卜力米提;宋丹;玛依努尔·尼牙孜;马正海;;基因芯片筛选新疆维吾尔妇女宫颈癌差异表达基因[J];中国生物化学与分子生物学报;2015年06期

2 段蒙;陈秀杰;曲們們;;人乳头瘤病毒16型感染及其高危因素分析[J];天津医药;2015年04期

3 黄熙理;陈智颖;邱峰;;宫颈癌高危因素研究进展[J];福建医药杂志;2015年01期

4 周军;朱灵;曹海军;李善高;吕宾;;药物性肝损伤与免疫性肝损伤肝组织中lncRNA表达谱的差异分析[J];中国病理生理杂志;2015年02期

5 蔡玉群;李薇;万惠卿;郭巧珍;翁敏杰;;2010~2012年杭州市拱墅区已婚育龄妇女宫颈癌筛查结果分析[J];中国肿瘤;2014年09期

6 庹磊;李苏卿;汪春梅;曹秀峰;;长链非编码RNA HOTAIR在肿瘤中的研究进展[J];医学综述;2014年16期

7 崔丽阳;岳天孚;;高危型HPV持续感染的影响因素探讨[J];天津医科大学学报;2014年03期

8 贾搏;赵建江;郑相淮;盘杰;陈军;邱小玲;韩久松;褚洪星;;长链非编码RNA在舌鳞癌中的表达谱特征[J];中山大学学报(医学科学版);2014年03期

9 孟庆普;;我国宫颈癌发病率世界第二[J];吉林医学信息;2014年03期

10 刘长;安公明;张胜龙;杨斌;;结肠癌组织与癌旁组织长链非编码RNA表达谱的筛选[J];实用医学杂志;2014年05期

相关硕士学位论文 前4条

1 曾月;全身免疫及宫颈局部微环境与不同级别宫颈病变关系的研究[D];广西医科大学;2017年

2 侯玉朱;突变型P53和CyclinD1蛋白在宫颈癌组织中表达的意义[D];青岛大学;2016年

3 刘静;高危型HPV持续感染与阴道局部黏膜免疫中免疫球蛋白的关系[D];天津医科大学;2015年

4 余良河;长链非编码RNA在乙肝相关性肝癌表达谱分析[D];第二军医大学;2012年

本文编号：2672977