基因多态性及其相关非编码RNA在新疆维吾尔族宫颈鳞癌发生中的相关性研究

发布时间：2020-08-15 18:51

【摘要】：目的:宫颈癌在世界范围内有着很高的发病率和死亡率,是女性中常见的癌症之一。在我国的新疆地区,维吾尔族宫颈癌的发病率和死亡率都高于其他民族,但其发病机制还尚不明确。近几年医学研究发现基因多态性及其相关microRNA及lncRNA在恶性肿瘤的发生发展过程中起重要的作用。本研究目的:1)探究五个肿瘤相关基因(CDK6、CRY2、FAM109A、TCF12和ZNF609)3’-UTR多态性位点与新疆维吾尔族女性宫颈鳞癌易感性之间的潜在相关性。同时,明确这些基因在宫颈鳞癌中的表达情况、以其与候选SNP之间的关联;2)探究以上5个基因相关的miR-138-5p、miR-7-5p、miR-34a-5p、miR-218-5p及miR-214-5p在宫颈鳞癌中的表达情况,及其与宫颈鳞癌临床指标、潜在靶基因mRNA的表达及候选SNPs的相关性;3)探究LncRNA HOTAIR在宫颈鳞癌中的表达情况,及其与宫颈鳞癌临床指标及miRNA表达的相关性。方法:本研究共招募了研究对象616人(宫颈鳞癌病例组306人,健康对照组310人),通过Agena MassARRAY平台对五个基因的多态性位点进行了分型。在不同遗传模型下,采用逻辑回归分析评估候选的单核苷酸多态性与宫颈鳞癌患病风险的相关性。利用Haploview分析软件(version4.2)构建单倍型,估计位点连锁不平衡。利用SHEsis在线软件平台分析多态性位点的遗传关联。采用Trizol法提取总RNA,利用qRT-PCR检测53例宫颈鳞癌组织样本和46例对照人群正常宫颈组织样本中5个基因、5个miRNA和LncRNA HOTAIR的表达情况。通过Student t检验分析基因、miRNA和LncRNA HOTAIR在宫颈鳞癌病例样本和对照组织样本之间的差异及其与宫颈鳞癌临床指标的关系。采用Spearman相关性分析用来评估miRNA表达与其靶基因表达的相关性和LncRNA HOTAIR表达与miRNA表达的相关性。利用单因素方差分析及Student t检验分析基因型模型、显性模型及隐性模型下候选SNP位点的多态性与基因、miRNA表达的相关性。结果:在不同遗传模型下,CDK6基因多态位点rs8179和rs42033可能与维吾尔族女性宫颈鳞癌的患病风险的相关。分层分析显示TCF12-rs7164298、-rs8035097位点、CDK6-rs8179、-rs42032、-rs42033位点和FAM109A-rs3742004位点显著影响维吾尔族女性宫颈鳞癌的患病风险。单体型分析显示FAM109Ars3742004|rs874286|rs10849938-“ACC”与降低宫颈鳞癌发病风险有显著相关。基因表达分析表明,ZNF609基因和CDK6基因的表达水平在病例组和对照组间存在统计学差异,且在宫颈鳞癌组织样本中表达下调。ZNF609、TCF12、FAM109A、CDK6和CRY2的表达水平与宫颈鳞癌临床特征包括分期、淋巴脉管间隙浸润、淋巴结转移情况、深层间质浸润深度、肿瘤大小及分化程度相关。基因表达与SNP分型之间的相关性分析显示:FAM109A和TCF12基因的表达与它们的候选SNPs位点多态性相关。miRNA表达结果显示,miR-138-5p、miR-218-5p及miR-214-5p在宫颈鳞癌组织样本中表达降低,miR-34a-5p在宫颈鳞癌组织样本中表达升高。miR-138-5p、miR-34a-5p、miR-218-5p及miR-214-5p的表达水平与宫颈鳞癌临床特征包括分期、淋巴脉管间隙浸润、淋巴结转移情况、深层间质浸润深度、肿瘤大小及分化程度相关。相关性分析发现,在宫颈鳞癌组织样本中miR-138-5p及miR-218-5p与其靶基因mRNA的表达存在相关性。miRNA表达与SNP分型之间的相关性分析显示:miR-138-5p、miR-34a-5p、miR-218-5p及miR-214-5p的表达与候选SNP位点多态性相关。LncRNA HOTAIR在宫颈鳞癌组织样本中表达降低,且与肿瘤临床分期、淋巴结转移情况、深层间质浸润深度及分化程度等指标相关。相关性分析发现,在宫颈鳞癌组织样本中,LncRNA HOTAIR的表达与miR-34a-5p、miR-218-5p及miR-214-5p的表达呈负相关。结论:1)研究结果表明,CDK6、TCF12、FAM109A和ZNF609基因的3’-UTR多态性与新疆维吾尔族女性宫颈鳞癌的患病风险相关,其中ZNF609基因和CDK6基因的表达水平在病例组和对照组间存在显著差异;2)miR-138-5p、miR-34a-5p、miR-218-5p及miR-214-5p在宫颈鳞癌组织样本中表达异常,且其表达被证实与宫颈鳞癌临床指标相关,可作为宫颈鳞癌早期诊断的生物标志物;3)LncRNA HOTAIR在宫颈鳞癌中表达异常,且其表达被发现与临床指标相关,该分子可能参与宫颈鳞癌的发生发展。
【学位授予单位】：新疆医科大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R737.33
【图文】：

流程图,实验操作,分型,流程图

第一部分研究内容与方法段约80-120bp，单碱基延伸引物约15-30个氨基酸。引物信息见表1-1所示，引物工生物工程股份有限公司进行合成。具体实验操作的流程如图1-2所示。

纯合子,分型,位点,虚线

第一部分结果图，分别表示野生纯合子，杂合子以及突变纯合子分型示UEP的分子量的位置，第二条有颜色的虚线表示UEP三条带颜色的虚线表示为UEP+T碱基的分子量的位置。红色虚线表示该位置未检测到峰。图1-3中第二条虚线为C碱基，表示基因型是CC型纯合子；图1-4中第二、三条因型是CT杂合子；图1-5中只有第三条虚线显示蓝色峰图。

杂合子,分型,位点,纯合子

红色虚线表示该位置未检测到峰。图1-3中第二条虚线为C碱基，表示基因型是CC型纯合子；图1-4中第二、三条因型是CT杂合子；图1-5中只有第三条虚线显示蓝色峰图。图1-3 rs8179位点野生纯合子分型结果图Figure 1-3 Wild homozygosis genotype result of rs8179

【相似文献】