宫颈上皮内瘤变组织微生态多样性分析及中医药对其的防治作用
【学位单位】:南京中医药大学
【学位级别】:硕士
【学位年份】:2019
【中图分类】:R737.33
【部分图文】:
??图2-3中的序列长度分布通过Miseq测序去掉冗余的信息后提示所有样本大部分序列??长度分布在421bp-440bp和441bp-460bp这两个序列长度区间,提示样品质控合格,可继??续进行数据分析。??4.2宫颈组织微生物基础分析??通过对需要序列的聚类操作,将序列按照彼此的相似性(16S的变异率在3%之内,超??过97%就被认为是另一物种)分为许多小组,故在相似性在97%之下的序列分为一个组,??分成的组成为OTU?(Operational?Taxonomic?Units),在OTU的基础上进行分析。本次实??验在OTU基础上进行了对三组组织菌群的Pan/Core物种分析(图2-4及图2-5)及Alpha??多样性分析(表2-18)及稀释曲线分析(图2-6)。??图2-4?Pan物种分析??Pan?analysis?*??—all??z??_?1250?A??I?,000?-??!?x??〇?750?-??I?/??^?500?f??250?-I?!?1?!?r??<?b?9??Numbers?of?samples?、??代:图2-4横十标代表样本最,纵外标代表物种总最。??图2-5?Core物种分析??Core?analysis?土
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第二部分临床研究线分析(Rarefactioncurve)主要用于反应实验的测序量是否以得出随着测序量的增加,C、H、N三组OTU的数目逐渐真实的组成情况,与Coverage指数分析结果相一致,更加坐标代表宫颈组织群落的测序量,纵坐标代表可检测到的O微生物组成分析??图2-7菌群门水平组成??
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