基于全外显子组测序和基因表达谱芯片数据挖掘子宫内膜异位症相关关键信号通路和枢纽基因的研究

发布时间：2021-03-31 04:45

　　目的:加深理解子宫内膜异位症发病机制,挖掘参与内异症发生发展的关键信号通路和枢纽基因,从而为临床诊疗提供新的标志物和靶点。方法:从临床收集内异症患者在位内膜、异位内膜、外周血和非内异症患者在位内膜4种新鲜标本共计26例,提取DNA后行全外显子组测序,并对原始测序数据进行质控、比对、校正、注释以及筛选体细胞突变等处理。从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）获取61例内异症患者在位内膜、异位内膜和非内异症患者在位内膜标本的基因表达谱芯片数据,并对原始表达谱数据进行过滤、补缺、标准化、对数化、注释以及消除批间差等处理。综合运用加权基因共表达网络分析、差异表达分析、富集分析、蛋白质互作网络分析、功能模块分析和子网络分析等多种生物信息学方法,对经过预处理的全外显子组测序数据和基因表达谱芯片数据进行深入挖掘,鉴定内异症相关关键信号通路和枢纽基因。结果:①在全外显子组测序部分,获得了高质量、高测序深度和高目标区域捕获效率的测序数据,并从中获取单核苷酸变异（Single nucleotide variant,SNV）和插入缺失（Insertion and del... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：182 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图１．２数据质量主要结果统计

Ｗｉｌｌｉ??ｎｍｍｉ?ｍ?ｌｉｇｎｉｎ?ｉｉｔｔｆ??图１．２数据质量主要结果统计。横轴为各标本ＩＤ；左侧纵轴为Ｑ３０比例，即测序错??误率小于０．１％的比例，对应蓝色柱；右侧纵轴为Ｃｌｅａｎ?Ｒａｔｉｏ，即过滤后的高质量数??据（ＣｌｅａｎＤａｔａ）占原始数据（ＲａｗＤａｔａ）的比例，对应红色柱。??１．３．２．２?Ｃｌｅａｎ?Ｄａｔａ碱基质量值分布检测??根据Ｉｌｌｕｍｉｎａ测序平台的技术特点，通常前几个碱基的错误率相对较高，质量??值较低，中段质量值在高值区较平稳，后随着序列的不断延伸，测序试剂不断消??耗，３’端碱基错误率会不断升高，导致后期质量值又逐渐降低。以内异症实验组患??者?１?（Ｐａｔｉｅｎｔ?ｌ＿ｓｙｊ）的异位内膜（Ｅｃｔｏｐｉｃ?ｌ＿ｓｙｊ）、在位内膜（Ｅｕｔｏｐｉｃ?ｌ＿ｓｙｊ）、夕卜??周血（Ｂｌｏｏｄ?ｌ＿ｓｙｊ）和对照组患者?１?（Ｃｏｎｔｒｏｌ?ｌ＿ｙｓｑ）的在位内膜（Ｃｔｒｌ?ｅｕｔｏｐｉｃ?ｌ＿ｙｓｑ）??４个标本的结果为例展示碱基质量值分布（图１．３）。由图可知这４个标本除了最后??的一小段，其余碱基质量值均在Ｑ３０以上，符合高质量要求，与此相似，本实验中??其余２２个标本的碱基质量值分布均符合高质量要求。??２２??

通常要求全外显子测序的平均测序深度（ＴａｒｇｅｔＡｖｅｒａｇｅＤｅｐｔｈ）在６〇ｘ以上，??当一个位点的碱基覆盖深度迗到ｌ〇ｘ以上时，认为该位点检测出的ＳＮＶ相对可信。??由图１．４及附表１．２可知，本研究所有标本的平均测序深度远高于上述基本要求，且??当测序深度为ｌ〇ｘ时各标本目标捕获区域的覆盖率均在９０％以上，绝大部分标本大??于９５％，甚至当测序深度达５〇ｘ时各标本目标捕获区域的覆盖率均在６０％以上，且??绝大部分标本大于８０％。说明本研究中所有标本具有高目标区域捕获效率，为后续??ＳＮＶ检测的全面性和可信度提供了保证。???????????ＴＴｉｍ?：?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｃｆ？ｆｌｅ?Ｒａｔｅ?（１Ｘ）??＜?Ａ．?ｃ?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ?（１０Ｘ）??一?Ｘ?？?ｉｐｌ?？?＊?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ?（３０Ｘ）??Ｈ?５００?＾?－Ｔ－?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ?（６０Ｘ）??ｎｎ?Ｖ?Ｖ?ｒ．８０?｜?口加妒?Ａｖｅｒａｇｅ?Ｄｅｐｔｈ??＿ｈｍＩ＿??ＩｌｌＬｔｉｉｉｌ?ｌｉｔ?ｉｉｉ＾ｉｉｉｉ?ｆｉｉｆｆ??以ａ??图１．４目标区域的捕获效率统计。橫轴为各标本ＩＤ；左侧纵轴为平均测序深度??（Ｔａｒｇｅｔ?Ａｖｅｒａｇｅ?Ｄｅｐｔｈ），对应白色柱；右側纵轴为相应测序深度以上的目标捕??获区域的覆盖率（ＴａｒｇｅｔＣｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ），对应彩色散点折线，其中深蓝色代表测??序深度ｌｘ以上


本文编号：3110815