基于标准化出生缺陷知识库的构建预测出生缺陷新机制
发布时间：2021-09-25 14:08
出生缺陷病种繁多且多属罕见病,大量患儿常因致病机制不明而缺乏有效诊疗。纵观全球,目前并没有一个综合的知识系统专注于出生缺陷研究,这为出生缺陷实施精准医疗带来困难。为此,本文收录了12,687个标准化出生缺陷词条并为其添加了临床注释信息,同时基于Pub Med,本文还为80个罕见出生缺陷整合了5,098个质控严格的病例数据,基于此,本文构建了出生缺陷知识库e Bi DD（http://119.3.41.228:8080/Birth Defect/）。此外,为了验证e Bi DD在推进分子机制研究上的可靠性,以两个罕见出生缺陷-成骨不全症（OI）和Berardinelli-Seip先天性脂肪营养不良（BSCL）为例,本文基于e Bi DD临床病例,利用基因型-表型关联探讨了其潜在机制,并结合传统的疾病网络、通路富集和表型相似性等方法为其预测出潜在致病因子,最后利用文献调查和小鼠模型讨论预测结果的可靠性。通过研究,本文为OI预测出六个潜在致病变异（COL1A1:c.3290G>A（p.Gly1097Asp）,c.3289G>C（p.Gly1097Arg）,c.3289G>A...
【文章来源】：华东师范大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：104 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
本论文总体介绍
华东师范大学硕士学位论文17⑹对前五步匹配后仍未得到标准形式的出生缺陷名称进行人工审校。若仍无法根据选定的权威数据库进行标准化，则保留其当前名称作为最后结果。图2-1出生缺陷名称标准化流程通过上述出生缺陷名称标准化流程后，本研究一共得到12,687个出生缺陷词条。其中疾病类出生缺陷有9,072个，包含8,008个遗传并6,341个罕见并5,275个胎儿时期和新生儿时期疾病以及623个染色体结构异常(表2-2)。表2-2eBiDD出生缺陷病种构成出生缺陷类别疾病类出生缺陷缺陷类出生缺陷遗传病8,0083,615罕见病6,341胎儿时期和新生儿时期疾病5,275染色体结构异常623各类别总计9,072总计12,687
华东师范大学硕士学位论文248,452条表型），25,627对出生缺陷-临床症状信息（涵盖9,731条临床症状），87,174条基因型信息，9,072条小鼠表型信息，3,879,910条“出生缺陷-表型/症状”有效文本和722,347条“出生缺陷-基因”有效文本。图2-2eBiDD平台首页介绍在eBiDD平台查询有关出生缺陷时，本研究在“Search”模块提供两种查询模式。第一种是利用出生缺陷名称进行查询。由于本研究已经标准化所有出生缺陷词条的名称并已完成其与多个数据库之间的交叉引用结果，因此用户可以输入准确的出生缺陷名称、同义词或模糊名称进行搜索；可以切换至OMIM/UMLS/Orphanet模式下，利用出生缺陷名称在其他数据库对应的ID进行查询；也可根据展示的出生缺陷列表点击进入（图2-3）。第二种是利用基因名称进行查询。在之前的工作中，本研究已经利用NCBI的GeneSymbol对所有收录的基因名称进行了标准化映射，因此用户可以直接输入已知的基因名称查询到与其相关的出生缺陷，或在展示的基因列表中直接点击进入（图2-4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]成骨不全症诊断与治疗的研究进展[J]. 邢川,李春竹,何冰. 疑难病杂志. 2020(02)
[2]出生缺陷的相关因素及预防现状分析[J]. 肖小红. 医学理论与实践. 2020(01)
[3]出生缺陷儿的伦理决策探讨[J]. 郤冠楠,黄璐琪,田桑,汪吉梅. 医学与哲学. 2020(01)
[4]精准医疗的概念内涵及其服务应用[J]. 杨玉洁,毛阿燕,乔琛,都恩环,黄佳文,张旭,邱五七. 中国医院管理. 2020(01)
[5]重大出生缺陷的精准预防:行在当下[J]. 边旭明,蔡艾杞,戚庆炜,朱宝生. 中国产前诊断杂志(电子版). 2019(02)
[6]成骨不全症临床诊疗指南[J]. 夏维波,章振林,林华,金小岚,余卫,付勤,李梅,张浩,张嘉,赵秀丽. 中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志. 2019(01)
[7]我国出生缺陷监测与干预措施的研究进展[J]. 周宇珍. 华夏医学. 2018(06)
[8]基因型-表型关联分析在孤独症谱系障碍早期诊断的研究[J]. 高延,洪琦,吴慧旦,郭辉,蒋滔滔,夏慧芸,马晓樱,丁碧蓝,卓秀慧,白婷. 中国儿童保健杂志. 2018(07)
[9]Towards efficiency in rare disease research: what is distinctive and important?[J]. Jinmeng Jia,Tieliu Shi. Science China（Life Sciences）. 2017(07)
[10]Gene mutations and clinical phenotypes in Chinese children with Blau syndrome[J]. Caifeng Li,Junmei Zhang,Shipeng Li,Tongxin Han,Weiying Kuang,Yifang Zhou,Jianghong Deng,Xiaohua Tan. Science China（Life Sciences）. 2017(07)
博士论文
[1]大样本成骨不全症基因型—表型关系及唑来膦酸对成骨不全症患儿椎体形态影响[D]. 李路娇.北京协和医学院 2019
[2]基于多组学整合与网络分析的罕见病机制研究[D]. 贾瑾萌.华东师范大学 2019
本文编号：3409876
【文章来源】：华东师范大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：104 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
本论文总体介绍
华东师范大学硕士学位论文17⑹对前五步匹配后仍未得到标准形式的出生缺陷名称进行人工审校。若仍无法根据选定的权威数据库进行标准化，则保留其当前名称作为最后结果。图2-1出生缺陷名称标准化流程通过上述出生缺陷名称标准化流程后，本研究一共得到12,687个出生缺陷词条。其中疾病类出生缺陷有9,072个，包含8,008个遗传并6,341个罕见并5,275个胎儿时期和新生儿时期疾病以及623个染色体结构异常(表2-2)。表2-2eBiDD出生缺陷病种构成出生缺陷类别疾病类出生缺陷缺陷类出生缺陷遗传病8,0083,615罕见病6,341胎儿时期和新生儿时期疾病5,275染色体结构异常623各类别总计9,072总计12,687
华东师范大学硕士学位论文248,452条表型），25,627对出生缺陷-临床症状信息（涵盖9,731条临床症状），87,174条基因型信息，9,072条小鼠表型信息，3,879,910条“出生缺陷-表型/症状”有效文本和722,347条“出生缺陷-基因”有效文本。图2-2eBiDD平台首页介绍在eBiDD平台查询有关出生缺陷时，本研究在“Search”模块提供两种查询模式。第一种是利用出生缺陷名称进行查询。由于本研究已经标准化所有出生缺陷词条的名称并已完成其与多个数据库之间的交叉引用结果，因此用户可以输入准确的出生缺陷名称、同义词或模糊名称进行搜索；可以切换至OMIM/UMLS/Orphanet模式下，利用出生缺陷名称在其他数据库对应的ID进行查询；也可根据展示的出生缺陷列表点击进入（图2-3）。第二种是利用基因名称进行查询。在之前的工作中，本研究已经利用NCBI的GeneSymbol对所有收录的基因名称进行了标准化映射，因此用户可以直接输入已知的基因名称查询到与其相关的出生缺陷，或在展示的基因列表中直接点击进入（图2-4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]成骨不全症诊断与治疗的研究进展[J]. 邢川,李春竹,何冰. 疑难病杂志. 2020(02)
[2]出生缺陷的相关因素及预防现状分析[J]. 肖小红. 医学理论与实践. 2020(01)
[3]出生缺陷儿的伦理决策探讨[J]. 郤冠楠,黄璐琪,田桑,汪吉梅. 医学与哲学. 2020(01)
[4]精准医疗的概念内涵及其服务应用[J]. 杨玉洁,毛阿燕,乔琛,都恩环,黄佳文,张旭,邱五七. 中国医院管理. 2020(01)
[5]重大出生缺陷的精准预防:行在当下[J]. 边旭明,蔡艾杞,戚庆炜,朱宝生. 中国产前诊断杂志(电子版). 2019(02)
[6]成骨不全症临床诊疗指南[J]. 夏维波,章振林,林华,金小岚,余卫,付勤,李梅,张浩,张嘉,赵秀丽. 中华骨质疏松和骨矿盐疾病杂志. 2019(01)
[7]我国出生缺陷监测与干预措施的研究进展[J]. 周宇珍. 华夏医学. 2018(06)
[8]基因型-表型关联分析在孤独症谱系障碍早期诊断的研究[J]. 高延,洪琦,吴慧旦,郭辉,蒋滔滔,夏慧芸,马晓樱,丁碧蓝,卓秀慧,白婷. 中国儿童保健杂志. 2018(07)
[9]Towards efficiency in rare disease research: what is distinctive and important?[J]. Jinmeng Jia,Tieliu Shi. Science China（Life Sciences）. 2017(07)
[10]Gene mutations and clinical phenotypes in Chinese children with Blau syndrome[J]. Caifeng Li,Junmei Zhang,Shipeng Li,Tongxin Han,Weiying Kuang,Yifang Zhou,Jianghong Deng,Xiaohua Tan. Science China（Life Sciences）. 2017(07)
博士论文
[1]大样本成骨不全症基因型—表型关系及唑来膦酸对成骨不全症患儿椎体形态影响[D]. 李路娇.北京协和医学院 2019
[2]基于多组学整合与网络分析的罕见病机制研究[D]. 贾瑾萌.华东师范大学 2019
本文编号：3409876
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