COL8A1表达与上皮性卵巢癌进展和预后关系分析
发布时间：2021-10-20 10:26
目的上皮性卵巢癌（epithelial ovarian cance,EOC）通常发现时已为晚期,死亡率高,其潜在分子机制尚不清楚。本研究旨在通过生物信息学分析阐明COL8A1与EOC进展和预后的关系。方法从基因表达综合数据库（gene expression omnibus,GEO）下载基因表达谱GSE49997,鉴定EOC进展中的候选基因。检测EOC患者的组织样本204份,以识别差异表达基因（differentially glycol sucinate,DEGs）,然后进行生存、独立预后和临床相关性分析,进一步筛选出40个基因表达差异基因。利用互作基因检索（search tool for recurring instances of neighbouring genes,STRING）数据库检索工具构建蛋白-蛋白互作网络（protein&protein interaction,PPI）。采用Cytoscape的MCODE插件进行基因功能模块分析并验证所筛选Hub基因。对Hub基因进行独立预后分析和临床相关性分析,再进行功能富集分析,包括基因本体论（gene ontology,G...
【文章来源】：社区医学杂志. 2020,18(22)
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
差异基因的热图及火山图
图2 ACTA2和COL8A1高表达组及低表达组生存曲线基质成分与细胞黏附受体相互结合形成一个复杂的网络，细胞生活在其所有组织和器官中。细胞表面受体将信号从ECM转换为细胞，从而调节多种细胞功能，如存活、生长、迁移和分化，并且对于维持正常的体内平衡至关重要。ECM是一种高度动态的结构网络，在正常和病理状态下不断经历由几种基质降解酶介导的重塑。ECM组成和结构失调与几种病理状况的发生和发展有关[23]。本研究通过生物信息学方法，分析发现COL8A1过表达与EOC进展密切相关。此外，根据GEO数据库发现，COL8A1在EOC组织中高表达水平可能导致EOC患者预后不良，COL8A1表达水平高的患者总体生存期和疾病进展生存期显著缩短。
目前，基因芯片技术已在基因表达、基因分类、早期诊断、预后评估和药物开发等方面广泛应用。因此，GEO数据库提供了一个理想的平台，可用来挖掘数据以解决更多问题，包括卵巢癌的进展、复发和转移机制[17]。本研究通过挖掘GES49997卵巢癌数据集的基因表达谱，按照筛选标准，筛选出40个差异基因（38个上调，2个下调），在这些差异基因中，COL8A1与临床特征相关性最高。通过Cytoscape分析发现，Hub基因包含COL12A1、TIMP3、COL11A1、COL5A2、POSTN、COL3A1、LUM、COL8A1、COL5A1和TH-BS2。COL8A1已被各种研究报道，Nguyen等[18]研究指出，COL8A1编码能够调节不同细胞的增殖、黏附和迁移。Koon等[19]研究结果显示，根据COL8A1的表达谱，成功地将一些胃肠道间质瘤分成不同的肿瘤特征组。Vilkeviciute等[20]研究报道，COL8A1的变体与年龄相关性黄斑变性发育之间存在密切关联。陈健[21]研究发现，COL8A1可能通过激活PI3K/AKT信号通路促进胃癌细胞的增殖、侵袭与迁移，抑制胃癌细胞的凋亡，影响胃癌细胞的周期分布。邹小平[22]研究结果表明，COL8A1过表达能促进MDA-MB-231细胞增殖，并且发现氯化两面针碱可能通过下调COL8A1mRNA表达抑制乳腺癌细胞MDA-MB-231生长及增殖。因此，本研究将COL8A1最终选为分析的基因，GO功能分析结果显示，COL6A2、EMILIN1、TNC、COMP、COL8A1、COL1A1、FBLN1和MFAP4参与细胞外基质（extra cellular matrix,ECM）的结构组成，ECM是由胶原蛋白、蛋白聚糖/糖胺聚糖、弹性蛋白、纤连蛋白、层粘连蛋白和其他几种糖蛋白组成的非细胞三维高分子网络。图3 蛋白质相互作用网络及模块分析
【参考文献】：
博士论文
[1]基于基因共表达网络筛选胃癌新的关键基因及COL8A1表达与胃癌的关系[D]. 陈健.山东大学 2019
硕士论文
[1]氯化两面针碱对乳腺癌MDA-MB-231细胞的抑制作用及其通过COL8A1抗乳腺癌的初步探索[D]. 邹小平.广西医科大学 2019
本文编号：3446743
【文章来源】：社区医学杂志. 2020,18(22)
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
差异基因的热图及火山图
图2 ACTA2和COL8A1高表达组及低表达组生存曲线基质成分与细胞黏附受体相互结合形成一个复杂的网络，细胞生活在其所有组织和器官中。细胞表面受体将信号从ECM转换为细胞，从而调节多种细胞功能，如存活、生长、迁移和分化，并且对于维持正常的体内平衡至关重要。ECM是一种高度动态的结构网络，在正常和病理状态下不断经历由几种基质降解酶介导的重塑。ECM组成和结构失调与几种病理状况的发生和发展有关[23]。本研究通过生物信息学方法，分析发现COL8A1过表达与EOC进展密切相关。此外，根据GEO数据库发现，COL8A1在EOC组织中高表达水平可能导致EOC患者预后不良，COL8A1表达水平高的患者总体生存期和疾病进展生存期显著缩短。
目前，基因芯片技术已在基因表达、基因分类、早期诊断、预后评估和药物开发等方面广泛应用。因此，GEO数据库提供了一个理想的平台，可用来挖掘数据以解决更多问题，包括卵巢癌的进展、复发和转移机制[17]。本研究通过挖掘GES49997卵巢癌数据集的基因表达谱，按照筛选标准，筛选出40个差异基因（38个上调，2个下调），在这些差异基因中，COL8A1与临床特征相关性最高。通过Cytoscape分析发现，Hub基因包含COL12A1、TIMP3、COL11A1、COL5A2、POSTN、COL3A1、LUM、COL8A1、COL5A1和TH-BS2。COL8A1已被各种研究报道，Nguyen等[18]研究指出，COL8A1编码能够调节不同细胞的增殖、黏附和迁移。Koon等[19]研究结果显示，根据COL8A1的表达谱，成功地将一些胃肠道间质瘤分成不同的肿瘤特征组。Vilkeviciute等[20]研究报道，COL8A1的变体与年龄相关性黄斑变性发育之间存在密切关联。陈健[21]研究发现，COL8A1可能通过激活PI3K/AKT信号通路促进胃癌细胞的增殖、侵袭与迁移，抑制胃癌细胞的凋亡，影响胃癌细胞的周期分布。邹小平[22]研究结果表明，COL8A1过表达能促进MDA-MB-231细胞增殖，并且发现氯化两面针碱可能通过下调COL8A1mRNA表达抑制乳腺癌细胞MDA-MB-231生长及增殖。因此，本研究将COL8A1最终选为分析的基因，GO功能分析结果显示，COL6A2、EMILIN1、TNC、COMP、COL8A1、COL1A1、FBLN1和MFAP4参与细胞外基质（extra cellular matrix,ECM）的结构组成，ECM是由胶原蛋白、蛋白聚糖/糖胺聚糖、弹性蛋白、纤连蛋白、层粘连蛋白和其他几种糖蛋白组成的非细胞三维高分子网络。图3 蛋白质相互作用网络及模块分析
【参考文献】：
博士论文
[1]基于基因共表达网络筛选胃癌新的关键基因及COL8A1表达与胃癌的关系[D]. 陈健.山东大学 2019
硕士论文
[1]氯化两面针碱对乳腺癌MDA-MB-231细胞的抑制作用及其通过COL8A1抗乳腺癌的初步探索[D]. 邹小平.广西医科大学 2019
本文编号：3446743
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/fuchankeerkelunwen/3446743.html
最近更新
教材专著
