子宫内膜癌相关基因的生物信息学分析
发布时间：2022-01-21 12:51
目的利用公共平台的子宫内膜癌芯片数据筛选子宫内膜癌相关基因。方法下载GEO数据库的子宫内膜癌数据集GSE17025和GSE39099,筛选差异表达基因,利用DAVID软件对差异表达基因进行GO和KEGG信号通路富集分析。利用STRING在线工具对差异表达编码蛋白进行蛋白-蛋白相互作用网络分析,并采用Cytoscape进行可视化以及核心模块和关键基因的挖掘。结果初步筛选出子宫内膜癌相关上调基因101个,下调基因128个。上调基因主要位于胞核,富集于细胞增殖、蛋白质结合、细胞周期信号通路,下调基因主要位于胞外区域,富集于药物反应、金属离子结合、cAMP信号通路。成功构建差异表达基因编码蛋白的相互作用网络,利用MCODE算法筛选了两个核心模块,其中关键基因为DEPDC1和CXCL8。通过TCGA数据库的数据证实,两个关键基因均在子宫内膜癌中表达升高（P<0.05）,且对患者的生存率有显著影响（P<0.05）。结论利用公共数据平台的子宫内膜癌多组芯片数据,筛选出两个关键基因DEPDC1和CXCL8,可能在子宫内膜癌中发挥着重要作用,为子宫内膜癌新的诊断标志物和治疗靶点筛选提供新思路...
【文章来源】：遵义医科大学学报. 2020,43(04)
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
共同DEGs的GO分析
共同DEGs的PPI网络纳入了142个node(基因)和498条edge(相互作用),其中表达上调的基因有74个,表达下调的基因有68个(见图3A)。使用Cytoscape 3.7.1里的MCODE模块对PPI网络进一步分析,结果显示在142个结点中,构成了两个核心模块。核心模块1有26个核心结点,即包括26个核心基因和304条相互作用关系(MCODE score = 24.32),且26个核心基因均为表达上调的基因(见图3B)。核心模块2有6个核心节点,即包括6个核心基因和12条相互作用关系(MCODE score = 4.8),其中有3个核心基因在子宫内膜癌中表达上调,3个核心基因在子宫内膜癌中表达下调(见图3C)。根据MCODE算法构建的基因模块中,扩展出基因模块的种子节点位置基因,即为关键基因,模块1中关键基因为含DEP 结构域的蛋白质1(DEP domain containing 1,DEPDC1),模块2中的关键基因为趋化因子C-X-C基序配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)。2.4 关键基因的表达与子宫内膜癌患者的预后分析
差异表达基因筛选结果如图1A、B所示,对于数据集GSE17025,有2462个差异基因,其中1010个基因表达上调,1452个基因表达下调;对于数据集GSE39099,有1488个差异基因,其中801个基因表达上调,687个基因表达下调。分别对表达上调的基因和表达下调的基因取交集,两个数据集中共同上调的基因有101个,共同下调的基因有128个(见图1,表2)。表2 数据集GSE17025和GSE39099的差异表达基因(DEGs) DEGs 基因名称 上调 CD44 LOC100129518///SOD2 AQP9 RAB3IP CEACAM6 MREG C5orf24 WFDC5 BIRC5 WHSC1 MIR6787///SLC16A3 KLF16 FOXM1 CHST15 TFCP2L1 CHEK1 ARFGEF3 KIF11 DENND1A PRMT2 AIM1L CDC6 MYO10 ENAH CEP85 CXCL8 ABCC4 GANC AURKB TNFAIP6 MTHFD2 POC1A FANCA RIF1 SCD MARVELD3 SPP1 DDX52 KIF2C ARFGEF2 MCM10 IL18 TICRR RNFT2 TYMS VDAC1 DLEU2 STYX TRIM14 VPS53 POLQ S100A11 STAT1 TMPRSS2 MMP12 SLC2A1 ECT2 DEPDC1 IVNS1ABP ASPM BRCA2 CD24 FUT3 CFL1 CEP55 HK2 RRM2 TOP2A ERO1A RTCA MSI2 PAFAH1B2 SLC41A2 ST14 ESYT2 DLGAP5 HJURP ESCO2 MKI67 NHSL1 ZMYND11 ELF5 CENPI CDCP1 CASC7///AGO2 SIX1 STC2 SNTB1 UBE3C LMNA LIMK1 LHX2 C1orf116 TTK NCAPG IWS1 VAV3 NUSAP1 SLC6A10PB///SLC6A10P///SLC6A8 CDC25A 下调 TRAF3IP2-AS1 KCNMA1 SLC6A2 NAALAD2 CHRDL1 RBFOX3 SYNPO2 KIAA1210 TIMP3 PLN SRRM4 LOC101927668 LTBP4 ZBTB38 USP7 BCHE PDZRN3 ZNF334 LOC100272217 PCDH18 CYAT1///IGLV1-44///IGLC1 LOC100507311 GPR22 TRH OLFM1 NDNF FHL1 LINC00938 GNAO1 PRND PGM5-AS1 ABCA8 RORB OMD TMEM132C RAMP1 PAGE4 ASPA CCL15-CCL14///CCL14 GLI1 LOC101060391 CYB561D2 ZNF781 PDS5B ZNF546 ABI3BP TUB TRPC1 SNCA ENPP2 LINC01122 PTCH1 MEIS3 NTRK3 LOC100506558///MATN2 SSBP2 RERGL DPP6 VIPR2 ANGPTL1 EFEMP1 IHH CACNA1D LOC100505851 ADGRD1 MYLIP KIF26A ECM2 ANO4 OGN HTR2B ATP1A2 METAP1D KIAA1644 SEPP1 SDPR LINC00899 STARD10 MTMR9LP LIFR DENND1B CXorf57 LOC101928307 HOXD10 MAGI2 TNXB///TNXA LEPROT///LEPR MEOX2 CXCL12 FBXL22 PDE5A C16orf89 DNAJC27 PCDH10 LINC00957 ADIRF TCTE3 RHOJ GPRASP1 THRA LOC101928635///ALDH1A2 PEG3 TTN TGFBR3 ADH1B ACACB PKDCC CCDC171 CLDN8 CCBE1 ADAMTS9-AS2 TAPT1 ATP8A2 CALD1 TLE4 FREM1 DCN GDF7 EMILIN3 MAMDC2 BNC2 LINC01354 LOC101928910///FAM66C LOC283713///OTUD7A COL6A6 GULP1 CARMN///MIR145
本文编号：3600294
【文章来源】：遵义医科大学学报. 2020,43(04)
【文章页数】：7 页
【部分图文】：
共同DEGs的GO分析
共同DEGs的PPI网络纳入了142个node(基因)和498条edge(相互作用),其中表达上调的基因有74个,表达下调的基因有68个(见图3A)。使用Cytoscape 3.7.1里的MCODE模块对PPI网络进一步分析,结果显示在142个结点中,构成了两个核心模块。核心模块1有26个核心结点,即包括26个核心基因和304条相互作用关系(MCODE score = 24.32),且26个核心基因均为表达上调的基因(见图3B)。核心模块2有6个核心节点,即包括6个核心基因和12条相互作用关系(MCODE score = 4.8),其中有3个核心基因在子宫内膜癌中表达上调,3个核心基因在子宫内膜癌中表达下调(见图3C)。根据MCODE算法构建的基因模块中,扩展出基因模块的种子节点位置基因,即为关键基因,模块1中关键基因为含DEP 结构域的蛋白质1(DEP domain containing 1,DEPDC1),模块2中的关键基因为趋化因子C-X-C基序配体8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)。2.4 关键基因的表达与子宫内膜癌患者的预后分析
差异表达基因筛选结果如图1A、B所示,对于数据集GSE17025,有2462个差异基因,其中1010个基因表达上调,1452个基因表达下调;对于数据集GSE39099,有1488个差异基因,其中801个基因表达上调,687个基因表达下调。分别对表达上调的基因和表达下调的基因取交集,两个数据集中共同上调的基因有101个,共同下调的基因有128个(见图1,表2)。表2 数据集GSE17025和GSE39099的差异表达基因(DEGs) DEGs 基因名称 上调 CD44 LOC100129518///SOD2 AQP9 RAB3IP CEACAM6 MREG C5orf24 WFDC5 BIRC5 WHSC1 MIR6787///SLC16A3 KLF16 FOXM1 CHST15 TFCP2L1 CHEK1 ARFGEF3 KIF11 DENND1A PRMT2 AIM1L CDC6 MYO10 ENAH CEP85 CXCL8 ABCC4 GANC AURKB TNFAIP6 MTHFD2 POC1A FANCA RIF1 SCD MARVELD3 SPP1 DDX52 KIF2C ARFGEF2 MCM10 IL18 TICRR RNFT2 TYMS VDAC1 DLEU2 STYX TRIM14 VPS53 POLQ S100A11 STAT1 TMPRSS2 MMP12 SLC2A1 ECT2 DEPDC1 IVNS1ABP ASPM BRCA2 CD24 FUT3 CFL1 CEP55 HK2 RRM2 TOP2A ERO1A RTCA MSI2 PAFAH1B2 SLC41A2 ST14 ESYT2 DLGAP5 HJURP ESCO2 MKI67 NHSL1 ZMYND11 ELF5 CENPI CDCP1 CASC7///AGO2 SIX1 STC2 SNTB1 UBE3C LMNA LIMK1 LHX2 C1orf116 TTK NCAPG IWS1 VAV3 NUSAP1 SLC6A10PB///SLC6A10P///SLC6A8 CDC25A 下调 TRAF3IP2-AS1 KCNMA1 SLC6A2 NAALAD2 CHRDL1 RBFOX3 SYNPO2 KIAA1210 TIMP3 PLN SRRM4 LOC101927668 LTBP4 ZBTB38 USP7 BCHE PDZRN3 ZNF334 LOC100272217 PCDH18 CYAT1///IGLV1-44///IGLC1 LOC100507311 GPR22 TRH OLFM1 NDNF FHL1 LINC00938 GNAO1 PRND PGM5-AS1 ABCA8 RORB OMD TMEM132C RAMP1 PAGE4 ASPA CCL15-CCL14///CCL14 GLI1 LOC101060391 CYB561D2 ZNF781 PDS5B ZNF546 ABI3BP TUB TRPC1 SNCA ENPP2 LINC01122 PTCH1 MEIS3 NTRK3 LOC100506558///MATN2 SSBP2 RERGL DPP6 VIPR2 ANGPTL1 EFEMP1 IHH CACNA1D LOC100505851 ADGRD1 MYLIP KIF26A ECM2 ANO4 OGN HTR2B ATP1A2 METAP1D KIAA1644 SEPP1 SDPR LINC00899 STARD10 MTMR9LP LIFR DENND1B CXorf57 LOC101928307 HOXD10 MAGI2 TNXB///TNXA LEPROT///LEPR MEOX2 CXCL12 FBXL22 PDE5A C16orf89 DNAJC27 PCDH10 LINC00957 ADIRF TCTE3 RHOJ GPRASP1 THRA LOC101928635///ALDH1A2 PEG3 TTN TGFBR3 ADH1B ACACB PKDCC CCDC171 CLDN8 CCBE1 ADAMTS9-AS2 TAPT1 ATP8A2 CALD1 TLE4 FREM1 DCN GDF7 EMILIN3 MAMDC2 BNC2 LINC01354 LOC101928910///FAM66C LOC283713///OTUD7A COL6A6 GULP1 CARMN///MIR145
本文编号：3600294
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/fuchankeerkelunwen/3600294.html
最近更新
教材专著
