产前乙肝病毒感染对胎儿脐带血全基因组DNA甲基化影响及重要功能基因的验证

发布时间：2024-09-17 14:17

　　研究背景及目的乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)感染,是造成慢性肝脏疾病的重要原因之一。全球因乙肝病毒感染死亡的病例中,大部分是由于乙型肝炎导致的肝硬化和肝癌。HBV感染目前依然是全球重要的公共卫生问题。乙肝病毒可以通过母婴传播从孕妇传染至胎儿或新生儿。即使目前已有阻断剂来阻断母婴传播,仍有1%-9%的新生儿会通过这种途径(尤其是宫内感染)感染病毒,同时这些新生儿因体内免疫系统功能发育尚未完全,不能自动清除病毒而转化为慢性感染,这可能对其生长发育,尤其是肝功能,造成严重影响。大多数研究表明,DNA甲基化可能介导了产前这一重要时期孕妇的不良暴露(如吸烟、抑郁等)与新生儿发育之间的关联。产前HBV感染与新生儿的生长发育状态有关,然而在未对出生结局造成影响的前提下,产前HBV感染与胎儿脐带血DNA甲基化变化的关联尚未可知。本研究结合流行病学和生物信息学的方法,开展产前乙肝病毒感染与胎儿脐带血DNA甲基化的关联性分析。研究方法采用巢式病例对照的研究方法,我们在前期于厦门市莲花医院建立了含有1064对母婴的队列,其中共有179例孕妇感染HBV,34例孕妇的胎儿亦感染HBV。本研...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１．１芯片质量控制：Ａ．染色质控；Ｂ．杂交质控；Ｃ．单碱延伸步骤质控；Ｄ．残??留減基质控??

芯片完成扫描检测后，将芯片扫描的图像文件（．ｉｄａｔ）导入至Ｒ软件后转化??为数据文件。在展开数据分析前，需对检测的原始数据（ｒａｗ?ｄａｔａ）进行质量评??估。质量控制通过ＲｎＢｅａｄｓ软件包实现。图１．１表示了芯片四种质控指标的结果。??图１．１?Ａ中，红色和绿色信号通道中的....

图１．２样本的背景信号值（Ｎ＝２４）??数据过滤采用ｍｉｎｆｉ软件包，过滤出ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｐ－ｖａｌｕｅ＞?０．０５、具有已知ＳＮＰ??

差异最大的前１０００个位点的平均甲基化率做差异性检验（基于Ｍ值），得到的??Ｐ值越小，说明该因素造成的偏倚越大，而校正后的数据进行分析后得到Ｐ值变??大，则说明该因素造成的偏倚得到了较好的控制。如图１．３，我们首先根据样本??所在的板编号（Ｃｈｉｐｌ和Ｃｈｉｐ２）对数据做ＭＤＳ图....

图１．３样本的位置和原始分组的ＭＤＳ图

??（图１．３续图）??＾?．．．?”。１??？?？〇〇－??？?Ｓｔａｔｕ??？?Ｃａ％ｔ??蟲?Ｃｏａｌｒｏｌ??泰?？?Ｓｔａｔｕ??Ｈｙｂｎｄｉｕｂｏａ?Ｂａｔｃｈ?？?▲?＊?？?Ｃａｓｅ??＃?＾?Ｋ?，?〇－?？?？?？?▲惠?矗?Ｃｏｎｔｒｏｌ??．?‘‘二?：：....

图１．４全基因组（Ｎ＝４６４，８６７）和区域ＤＮＡ甲基化水平

我们以位点所在的染色体为横坐标，位点甲基化差异分析的调整ｐ值为纵坐标，??对４６４，８６７个ＣｐＧ位点做曼哈顿图。从中可以看出，调整ｐ值小于０．０５的位点??几乎平均分布在各染色体上（图１．４Ｆ）。??表１．４不同基因结构分区和ＣｐＧ?Ｉｓｌａｎｄ结构分区的平均甲基化水平ａ??基....

本文编号：4005569