基于全基因组测序技术对B.melitensis毒力基因的初筛
发布时间：2017-03-29 23:20
本文关键词：基于全基因组测序技术对B.melitensis毒力基因的初筛，由笔耕文化传播整理发布。
【摘要】：目的通过全基因组测序技术从3株布氏杆菌野生株的全基因组序列中初步筛选出布氏杆菌的关键毒力基因，为后续对布氏杆菌致脑损害毒力基因的筛选以及进一步探讨其致病机制的研究奠定基础。 方法本研究通过对3株分离于布氏杆菌病患者外周血中的布氏杆菌分离株进行培养与经BCSP31PCR、传统生化实验鉴定分型。提取细菌全基因组后利用IlluminaHiseq2000测序平台对3株布氏杆菌进行全基因组测序，再通过生物信息学分析结合文献报道分析筛选出布氏杆菌可能致脑损害的关键毒力基因，通过检索NCBI核酸数据库查找出所选毒力基因的参考序列，利用所选参考序列分别与3株布氏杆菌的全基因组序列进行BLAT比对分析。 结果3株分离菌经BCSP31PCR、生化实验鉴定为布氏杆菌羊种3型；全基因组测序数据显示每株布氏杆菌的基因组大小均约为3.29M；GC含量约为57.24%。通过比较基因组分析，SNP与In-Del的统计数据提示菌株存在一些变异，，3株布氏杆菌与标准株参考序列的同源性比例均达到99.02%。生物信息学分析显示，这3株布氏杆菌在逃避宿主吞噬细胞防御方面的基因调控功能较强；这些菌株有着发达的复制与新陈代谢功能，可以充分利用氨基酸、一些无机离子及碳水化合物作为主要的营养物质与能量来源。BLAT比对分析发现所选毒力基因（wbkA、pgm、hemolysin、hemolysin III、Omp25）在这3株布氏杆菌全基因组序列中的比对分数均达到99%以上。 结论Illumina Hiseq2000测序平台可为筛选布氏杆菌毒力基因的研究提供技术保障。3株布氏杆菌在长时期的进化过程中显示出比较高的保守性。生物信息学分析提示这3株布氏杆菌在复制与新陈代谢，逃避宿主吞噬细胞防御方面的基因调控功能较为发达。经过全基因组测序与BLAT序列比对已初步筛选出羊种3型布氏杆菌的毒力基因为wbkA、pgm、hemolysin、hemolysin III和Omp25，根据文献报道推测这些基因很可能就是在布氏杆菌致脑损害过程中参与调控的关键基因，其确切致病机制还需进一步研究验证。
【关键词】：羊种3型 布氏杆菌 毒力基因 Illumina Hiseq2000 生物信息学分析
【学位授予单位】：宁夏医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R378.5
【目录】：
- 摘要4-6
- ABSTRACT6-8
- 中英文缩略词表8-10
- 前言10-15
- 材料与方法15-26
- 结果26-41
- 讨论41-46
- 结论46-47
- 参考文献47-54
- 文献综述54-71
- 综述参考文献65-71
- 致谢71-72
- 攻读硕士学位期间发表的学术论文72-73
- 攻读硕士学位期间参与申报和研究的课题73-74
- 攻读硕士学位期间参加的学术会议74
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