流感病毒宿主特异性研究

发布时间：2017-04-01 15:06

  本文关键词：流感病毒宿主特异性研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：流感病毒是地球上分布最广的人畜共患急性传染病,是人类疾病的头号致病病毒，人类始终处于与流感病毒紧张的攻防战中,流感病毒就像是人类社会中的不知何时会被引爆的原子弹，其与人类社会的博弈与战争从未停止过。全面解读流感病毒进化、跨物种传播、感染和致病的机制才是真正预防、诊断、治疗、控制新型流感的爆发的关键。流感病毒高度的变异性及其和宿主复杂的相互作用，使得流感病毒的研究极具复杂型和挑战性。 本文的主要工作是利用统计和机器学习等从流感病毒基因组序列和RNA结构水平两个方面研究流感病毒的宿主特异性。该研究有助于进一步理解流感病毒的进化和致病机理。论文的要内容包括：首先从公开的流感病毒数据库中收集了常见的甲型流感病毒亚型的八个片段的基因组序列，，其中亚型分别包括H1N1、H3N2、H5N1、H7N9和H2N2，宿主分别为人，禽和猪，并对所下载的基因组序列进行筛选和预处理。然后在核苷酸序列水平上进行分析，分别计算了不同宿主不同亚型流感病毒的一连组成频率和二连组成频率，利用统计检验方法比较了他们分别在不同宿主以及不同的亚型间的差异性，结果显示H5N1亚型在人、猪和禽的一连和二连组成频率上的宿主特异性并不显著。而其他亚型流感病毒则具有较强的宿主特异性。此外，进一步通过AP聚类并结合Rand index进一步衡量一连核苷酸和二连核苷酸组成频率对不同宿主、不同亚型流感病毒特异性的区分能力另一方面，RNA结构在病毒生命周期中具有重要的功能其对流感病毒进化具有巨大的压力。从流感病毒的RNA结构角度来研究流感病毒的宿主特异性是一个比较新的出发点，首先我们利用基于动态规划的最小自由能算法对五种亚型流感病毒的各基因片段的二级结构进行了预测，比较了在不同基因片段上，不同亚型流感病毒在不同宿主的二级结构和最小自由能的差异，研究其在自由能水平上和机构水平上的宿主特异性。
【关键词】：核苷酸 特异性 自由能
【学位授予单位】：吉林大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R373.13
【目录】：

• 摘要4-5
• Abstract5-10
• 第1章 绪论10-13
• 1.1 流行性感冒病毒10
• 1.2 流感病毒的分类10
• 1.2.1 流感病毒的分类10
• 1.2.2 流感病毒的亚型10
• 1.3 流感病毒对人类的危害10-12
• 1.4 流感病毒的基因片段12-13
• 第2章 在核苷酸水平上对宿主组成频率的特意性和亚型特异性的研究13-37
• 2.1 数据的收集与整理13-14
• 2.1.1 NCBI 数据库13
• 2.1.2 数据的收集13-14
• 2.2 不同亚型流感病毒、不同宿主在核苷酸（ACGT）水平上的组成频率差异14-24
• 2.2.1 H1N1 亚型流感病毒14-17
• 2.2.2 H3N2 亚型流感病毒17-20
• 2.2.3 H5N1 亚型流感病毒20
• 2.2.4 H7N9 亚型流感病毒20-21
• 2.2.5 H2N2 亚型流感病毒21-24
• 2.3 用统计检验法检验在核苷酸水平上，不同亚型流感病毒在不同宿主的上组成频率间的差别24-37
• 2.3.1 一连核苷酸24-27
• 2.3.2 二连核苷酸27
• 2.3.3 结论27-37
• 第3章 利用 AP 聚类计算区分度37-43
• 3.1 AP 聚类算法和 Rand index37-39
• 3.2 不同亚型流感病毒在不同宿主上比较的聚类分析结果39-43
• 3.2.1 H1N1 亚型流感病毒39-40
• 3.2.2 H2N2 亚型流感病毒40
• 3.2.3 H3N2 亚型流感病毒40-41
• 3.2.4 H5N1 亚型流感病毒41-42
• 3.2.5 H7N9 亚型流感病毒42-43
• 第4章 自由能分布研究43-52
• 4.1 数据的收集与整理43
• 4.2 二级结构图43-46
• 4.3 在不同基因片段上，不同亚型流感病毒在不同宿主的二级结构能量差异的比较46-52
• 4.3.1 HA 片段46-47
• 4.3.2 MP 片段47-48
• 4.3.3 NA 片段48
• 4.3.4 NP 片段48-49
• 4.3.5 NS 片段49
• 4.3.6 PA 片段49-50
• 4.3.7 PB1 片段50
• 4.3.8 PB2 片段50-52
• 第5章 总结与展望52-53
• 5.1 总结52
• 5.2 展望52-53
• 参考文献53-55
• 作者简介及在学期间所取得的科研成果55-56
• 致谢56-57
• 附录1 第二章相关图表57-61
• 附录2 第二章相关表格61-65
• 附录3 第四章相关图表65-73

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 王文意;;历史上的流感[J];百科知识;2009年11期

2 林彬;;假设检验在体育数据统计中的应用[J];中国管理信息化;2013年11期

3 朱婵;;几类常见的RNA二级结构预测方法[J];企业技术开发;2012年05期

4 茅赵阳;;图像的聚类和可视化方法研究[J];现代计算机(专业版);2009年07期

  本文关键词：流感病毒宿主特异性研究，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：280813