应用shell脚本批量分析肠道病毒Sanger测序结果

发布时间：2021-02-22 15:19

　　目的 编写shell脚本,批量完成柯萨奇病毒等肠道病毒Sanger测序结果的数据处理和比对分析,并为后续工作准备数据文件。方法 选择已完成手工分析的柯萨奇病毒等肠道病毒VP1基因测序文件,编写shell脚本模拟手工分析程序,顺序使用phred、phd2fasta和phrap等三个软件和单机版NCBI-BLAST软件可完成从碱基识别至序列比对的全部工作。比对结束后使用Linux命令筛选信息,生成样本和匹配的序列名称文件、基因型以及用于后续分析的序列文件。使用MEGA 6.0软件比较手工分析得到的序列与shell脚本计算得到的序列之间的相似性,评价shell脚本分析的可靠性。结果 使用shell脚本可完成所有功能。Shell脚本计算和手工分析的比对结果完全符合。结论 shell脚本分析缩短了测序结果分析中重复工作耗费的时间,使研究人员可更加专注于序列后续分析。 

【文章来源】：国际病毒学杂志. 2019,(01)

【文章页数】：5 页

【参考文献】：
期刊论文
[1]2013年北京地区手足口病住院患儿的病原分布及临床特点[J]. 顾红岩,刘志达,张玲,陈勇,杨思园,张维燕,李兴旺.  中华儿科杂志. 2015 (06)
[2]2007-2012年北京市手足口病流行病学研究[J]. 钱海坤,田祎,李锡太,李爽,贾蕾,王小莉,吴晓娜,李洁,林长缨,李伟红,杨扬,王全意.  国际病毒学杂志. 2013 (01)



本文编号：3046187