Srsf1敲低对GT1-7细胞基因表达谱的影响
发布时间：2021-03-02 18:40
目的:本研究通过RNA-seq技术分析Srsf1基因表达敲低的GT1-7细胞（knock down, KD）和野生型GT1-7细胞（wide type,WT）的表达谱和可变剪接事件,研究Srsf1敲低对GT1-7细胞基因表达谱的影响。方法:利用实验室现有的Srsf1基因表达敲低的GT1-7细胞（SRSF1-KD）和野生型GT1-7细胞分别抽提RNA,做RNA-seq数据分析,利用r MATS软件分析两株细胞内可变剪接事件的变化,确定Srsf1调控的下游关键基因。结果:结果显示共有875个基因表达存在显著性差异,对这些基因进行KEGG通路分析,发现γ-氨基丁酸能突触、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等与性发育相关的通路均受到影响。此外,P53通路也受到Srsf1敲低的影响。利用r MATS软件进行可变剪接事件分析,显示共发生839个可变剪接事件,涉及719个基因,进行KEGG通路分析发现与性发育相关的MAPK信号通路受到影响。结论:成功检测了GT1-7细胞和Srsf1基因敲低的GT1-7细胞表达谱,通过分析基因表达差异以及可变剪接事件,证明了Srsf1对于PI3K-Akt信号通...
【文章来源】：现代生物医学进展. 2019,19(14)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
GT1-7和SRSF1-KD细胞中Srsf1mRNA表达Fig.1mRNAexpressionofSrsf1inGT1-7cellsandSRSF1-KDcells
rsf1的表达水平如图1所示，SRSF1-KD细胞中Srsf1基因表达量相对野生型GT1-7的表达量显著降低40.2%（P<0.01）。2.2差异表达基因分析通过对GT1-7细胞和Srsf1-KD细胞进行RNA-seq分析，共检测10354个基因，我们确定了875个发生显著差异表达的基因，其中523个基因上调，352个基因下调。上调倍数较大的基因Uaca、Kcnk2、Dbx2和Rassf4，分别上调8.5、6.8、6.8和6.3倍；下调倍数较大的基因有Cdh8、St18、Cd55和Slc16a7，分别下调6.2、6.1、5.8和5.3倍；其他大多数基因的表达量变化在2~3倍。使用KEGG数据库进行代谢通路分析（图2），结果显示，显著性最高的前20个通路中，已知与性发育相关的通路有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、γ-氨基丁酸能突触通路。此外，P53通路也受到影响。参与PI3K-Akt信号通路的基因中表达量变化较大的基因有Col4a5、Kdr、Pdgfb，分别下调3.4倍、3.0倍和上调2.6倍。参与MAPK信号通路的基因中表达量变化较大的基因有Fos、Pdgfb、Fas，分别下调2.8倍和上调2.6倍、2.0倍。参与γ-氨基丁酸能突触的基因中表达量变化较大的基因有Gabrg1、Adcy8、Gnb4，分别下调3.6倍、上调3.1倍和2.2倍。另外，P53通路也受到SRSF1敲低的影响，其中表达量变化较大的基因有Steap3、Fas，分别上调5.1倍、2.0倍。基因Pdgfb同时参与PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路，基因Fas同时参与MAPK信号通路和P53通路，而且两个表达量变化幅度较大。2.3Real-timePCR验证RNA-Seq结果随机选择富集到PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路中的五个基因Col4a5、Fas、Gnb4、Mapk13和Dusp7，对RNA-Seq结果进行验证。这5个基因在两种细胞中均稳定表达，且表达量均有显著性变化（图3A）。Real-timePCR检测显示这5个基因的变化趋势与RNA-Seq结果是一致的（图3B）。
较大的基因有Gabrg1、Adcy8、Gnb4，分别下调3.6倍、上调3.1倍和2.2倍。另外，P53通路也受到SRSF1敲低的影响，其中表达量变化较大的基因有Steap3、Fas，分别上调5.1倍、2.0倍。基因Pdgfb同时参与PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路，基因Fas同时参与MAPK信号通路和P53通路，而且两个表达量变化幅度较大。2.3Real-timePCR验证RNA-Seq结果随机选择富集到PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路中的五个基因Col4a5、Fas、Gnb4、Mapk13和Dusp7，对RNA-Seq结果进行验证。这5个基因在两种细胞中均稳定表达，且表达量均有显著性变化（图3A）。Real-timePCR检测显示这5个基因的变化趋势与RNA-Seq结果是一致的（图3B）。2.4差异可变剪接基因分析使用剪接分析软件rMATS处理RNA-seq数据，得到两个样本间存在显著差异的可变剪接事件共839个，发生显著差异可变剪接的基因共719个，绝大多数基因发生外显子跳跃类型的可变剪接（表2）。对所有显著差异可变剪接基因进行KEGG通路分析（图4），结果显示共富集到12个信号通路，其中已知与性发育相关的通路只有MAPK信号通路，共14个基因富集到该通路，其中13个基因发生的可变剪接事件类型是外显子跳跃（SE），1个基因发生的可变剪接事件类型是可变3'剪接位点。3讨论GnRH神经元脉冲释放GnRH激素是性发育启动的标志事件，GT1-7细胞作为GnRH神经元的离体细胞模型，是研究图1GT1-7和SRSF1-KD细胞中Srsf1mRNA表达Fig.1mRNAexpressionofSrsf1inGT1-7cellsandSRSF1-KDcellsNote:BarsaremeansandverticalbarsrepresentSEM（**:P<0.01）.图2显著差异表达基因的KEGG通路分析。纵坐标代表代谢通路类别，横坐标代表P值(P<0.05，5％FDR)Fig.2Thesignificantsignalingpathwaysofthedifferentiallyexpressedgenes.Thevertical
【参考文献】：
期刊论文
[1]Fkbp51基因敲除对小鼠肝脏转录组基因可变剪接的影响[J]. 周志强,杨志伟,雍伟东. 中国比较医学杂志. 2017(05)
[2]GT1-7细胞及其在生殖相关研究中的应用[J]. 冯涛,吴晓敏,许晓玲,白佳桦,宋玉清,肖霖力,韩向敏,刘彦. 东北农业大学学报. 2016(01)
本文编号：3059750
【文章来源】：现代生物医学进展. 2019,19(14)
【文章页数】：6 页
【部分图文】：
GT1-7和SRSF1-KD细胞中Srsf1mRNA表达Fig.1mRNAexpressionofSrsf1inGT1-7cellsandSRSF1-KDcells
rsf1的表达水平如图1所示，SRSF1-KD细胞中Srsf1基因表达量相对野生型GT1-7的表达量显著降低40.2%（P<0.01）。2.2差异表达基因分析通过对GT1-7细胞和Srsf1-KD细胞进行RNA-seq分析，共检测10354个基因，我们确定了875个发生显著差异表达的基因，其中523个基因上调，352个基因下调。上调倍数较大的基因Uaca、Kcnk2、Dbx2和Rassf4，分别上调8.5、6.8、6.8和6.3倍；下调倍数较大的基因有Cdh8、St18、Cd55和Slc16a7，分别下调6.2、6.1、5.8和5.3倍；其他大多数基因的表达量变化在2~3倍。使用KEGG数据库进行代谢通路分析（图2），结果显示，显著性最高的前20个通路中，已知与性发育相关的通路有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、γ-氨基丁酸能突触通路。此外，P53通路也受到影响。参与PI3K-Akt信号通路的基因中表达量变化较大的基因有Col4a5、Kdr、Pdgfb，分别下调3.4倍、3.0倍和上调2.6倍。参与MAPK信号通路的基因中表达量变化较大的基因有Fos、Pdgfb、Fas，分别下调2.8倍和上调2.6倍、2.0倍。参与γ-氨基丁酸能突触的基因中表达量变化较大的基因有Gabrg1、Adcy8、Gnb4，分别下调3.6倍、上调3.1倍和2.2倍。另外，P53通路也受到SRSF1敲低的影响，其中表达量变化较大的基因有Steap3、Fas，分别上调5.1倍、2.0倍。基因Pdgfb同时参与PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路，基因Fas同时参与MAPK信号通路和P53通路，而且两个表达量变化幅度较大。2.3Real-timePCR验证RNA-Seq结果随机选择富集到PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路中的五个基因Col4a5、Fas、Gnb4、Mapk13和Dusp7，对RNA-Seq结果进行验证。这5个基因在两种细胞中均稳定表达，且表达量均有显著性变化（图3A）。Real-timePCR检测显示这5个基因的变化趋势与RNA-Seq结果是一致的（图3B）。
较大的基因有Gabrg1、Adcy8、Gnb4，分别下调3.6倍、上调3.1倍和2.2倍。另外，P53通路也受到SRSF1敲低的影响，其中表达量变化较大的基因有Steap3、Fas，分别上调5.1倍、2.0倍。基因Pdgfb同时参与PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路，基因Fas同时参与MAPK信号通路和P53通路，而且两个表达量变化幅度较大。2.3Real-timePCR验证RNA-Seq结果随机选择富集到PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路中的五个基因Col4a5、Fas、Gnb4、Mapk13和Dusp7，对RNA-Seq结果进行验证。这5个基因在两种细胞中均稳定表达，且表达量均有显著性变化（图3A）。Real-timePCR检测显示这5个基因的变化趋势与RNA-Seq结果是一致的（图3B）。2.4差异可变剪接基因分析使用剪接分析软件rMATS处理RNA-seq数据，得到两个样本间存在显著差异的可变剪接事件共839个，发生显著差异可变剪接的基因共719个，绝大多数基因发生外显子跳跃类型的可变剪接（表2）。对所有显著差异可变剪接基因进行KEGG通路分析（图4），结果显示共富集到12个信号通路，其中已知与性发育相关的通路只有MAPK信号通路，共14个基因富集到该通路，其中13个基因发生的可变剪接事件类型是外显子跳跃（SE），1个基因发生的可变剪接事件类型是可变3'剪接位点。3讨论GnRH神经元脉冲释放GnRH激素是性发育启动的标志事件，GT1-7细胞作为GnRH神经元的离体细胞模型，是研究图1GT1-7和SRSF1-KD细胞中Srsf1mRNA表达Fig.1mRNAexpressionofSrsf1inGT1-7cellsandSRSF1-KDcellsNote:BarsaremeansandverticalbarsrepresentSEM（**:P<0.01）.图2显著差异表达基因的KEGG通路分析。纵坐标代表代谢通路类别，横坐标代表P值(P<0.05，5％FDR)Fig.2Thesignificantsignalingpathwaysofthedifferentiallyexpressedgenes.Thevertical
【参考文献】：
期刊论文
[1]Fkbp51基因敲除对小鼠肝脏转录组基因可变剪接的影响[J]. 周志强,杨志伟,雍伟东. 中国比较医学杂志. 2017(05)
[2]GT1-7细胞及其在生殖相关研究中的应用[J]. 冯涛,吴晓敏,许晓玲,白佳桦,宋玉清,肖霖力,韩向敏,刘彦. 东北农业大学学报. 2016(01)
本文编号：3059750
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/shiyanyixue/3059750.html
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