鼠疫耶尔森氏菌布氏田鼠疫源地菌株91001全基因组序列测定及初步分析
发布时间:2021-11-20 04:52
背景:鼠疫耶尔森氏菌是烈性传染病鼠疫的病原体,曾给人类带来了巨大的灾难。本文报道了对人不致病的鼠疫耶尔森氏菌布氏田鼠疫源地菌株91001全基因组序列,并进行了比较基因组学分析和初步的蛋白质组学研究。 方法:采用全基因组鸟枪法测定91001菌株的全基因组序列,利用比较基因组方法对91001与另两株鼠疫耶尔森氏菌(CO92和KIM)的全基因组进行比较研究;同时针对一些有意义的基因在多株鼠疫耶尔森氏菌的中国分离株中进行了验证;并在基因组研究的基础上开展了初步的蛋白质学研究。 结果:91001菌株的基因组包括一条染色体和四个质粒。pPCP1质粒长度为9,609bp,与参考菌株基本一致;pCD1质粒是编码Ⅲ型分泌系统的质粒,长度为70,159bp,编码情况与参考菌株基本相同,但重排导致了质粒的结构与参考菌株存在差异;pMT1质粒长度为106,642bp,保留了较多的原始质粒片段,毒力相关基因与参考菌株没有差异;pCRY质粒是本研究中新发现的质粒,在国内外研究中未曾报道,这一质粒长度为21,742bp,具有独立复制能力,有一群编码Ⅳ型分泌系统的基因。91001菌株的染色体长度为4,59...
【文章来源】:中国人民解放军军事科学院北京市
【文章页数】:214 页
【学位级别】:博士
【部分图文】:
完成图绘制阶段填补contig之间缺口时,一个%孔PCR板的扩增情况,中间泳道为DNA分子量标准(补&oT141digestoNAMarker,宝生物公司出品);阳性扩增产物纯化后以上下游引物分别测序,某些缺口扩增阴性则需要参考别的信息进行组合再扩增
株染色体DNA的I-Ceul酶切PFGE电Ladde「,l泳道为未经酶切的染色体DNAA,长度为32kb的片段未能显示。成91001的基因组包括一条长度017042),以及四个质粒,分别为p7046),pCDI(长度为70,159bp,登42bp,登录号为AEO17O45)和pC44)。的鼠疫耶尔森氏菌一般含有三个典;但某些菌株中还有其它非典型质株菌的质粒分析发现,20株含有MD左右[’0’];董兴齐等人从云南分5.9kb的未知质粒,并进行了序个长度为19kb的质粒是pPcPI
质交换还不是很频繁,因此非典型质粒在鼠疫耶尔森氏菌中见,但仍可观察到逐渐增多的趋势【’“2]。cPI质粒pPcPI质粒是鼠疫耶尔森氏菌中目前己知最小的毒,其编码的Pla蛋白在鼠疫菌的致病过程中发挥关键作用;但些菌株虽然缺失pPCPI质粒,但对于小白鼠仍有很强的毒力[l0,述91001菌株的pPePI质粒长度为9609bp,NCBI核酸数据AEO17046;本研究中以15100序列的第一个碱基作为pPCPI。序列G+C含量为45.26%,在pPCPI质粒中共预测了10个因编号以“pPCP”作为前缀,第一个基因标记为“pPCPol”,递增,详细的基因信息见附表1;pPCPI质粒的基因示意图见图株ppCpl质粒与参考菌株CO92和KIM的相应质粒ALIOFo53945[62,73]同源性极高,仅有少量的单核普酸变异,三个序单比较情况见表9;表中可以看到有三个位点的突变是由于单起的,这种单碱基重复引起的突变可能是细菌适应性进化的一[’0,]。
【参考文献】:
期刊论文
[1]IS100周围序列多态性分析技术的建立及其在鼠疫耶尔森氏菌分型中的应用[J]. 裴德翠,宋亚军,郭兆彪,王津,杨瑞馥. 生物技术通讯. 2002(04)
[2]青海田鼠型鼠疫耶尔森氏菌生物学性状的研究[J]. 丛显斌,曹淑兰,张春华,陈虹,张市,邵奎东,赵斌,刘振才. 中国地方病学杂志. 2002(04)
[3]四川石渠县鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征[J]. 海荣,魏建春,蔡虹,周艳,张建华. 中国媒介生物学及控制杂志. 2002(01)
[4]青藏高原青海田鼠鼠疫自然疫源地的发现与研究[J]. 刘振才,海荣,李富忠,李超,丛显斌,高崇华,汪立茂,魏柏青,陈洪舰,陈虹,于晓涛,李存香,石映祥,许光荣,李光清,吴国康,严冬丽,李敏,曹淑兰,张春华,魏建春,蔡虹. 中国地方病防治杂志. 2001(06)
[5]一起大型水电站库区鼠疫暴发流行的调查分析[J]. 梁少生,林新勤,杨光华,秦石英,杨勤保,江超穗. 中国地方病防治杂志. 2001(03)
[6]震惊世界的苏拉特鼠疫流行及其教训[J]. 俞东征. 疾病监测. 1995(04)
[7]鼠疫耶尔森菌锡林郭勒高原型对人致病性试验[J]. 樊振亚,罗运珩,李凤,张春华,苏晓仙,王身荣. 中国地方病防治杂志. 1994(06)
本文编号:3506604
【文章来源】:中国人民解放军军事科学院北京市
【文章页数】:214 页
【学位级别】:博士
【部分图文】:
完成图绘制阶段填补contig之间缺口时,一个%孔PCR板的扩增情况,中间泳道为DNA分子量标准(补&oT141digestoNAMarker,宝生物公司出品);阳性扩增产物纯化后以上下游引物分别测序,某些缺口扩增阴性则需要参考别的信息进行组合再扩增
株染色体DNA的I-Ceul酶切PFGE电Ladde「,l泳道为未经酶切的染色体DNAA,长度为32kb的片段未能显示。成91001的基因组包括一条长度017042),以及四个质粒,分别为p7046),pCDI(长度为70,159bp,登42bp,登录号为AEO17O45)和pC44)。的鼠疫耶尔森氏菌一般含有三个典;但某些菌株中还有其它非典型质株菌的质粒分析发现,20株含有MD左右[’0’];董兴齐等人从云南分5.9kb的未知质粒,并进行了序个长度为19kb的质粒是pPcPI
质交换还不是很频繁,因此非典型质粒在鼠疫耶尔森氏菌中见,但仍可观察到逐渐增多的趋势【’“2]。cPI质粒pPcPI质粒是鼠疫耶尔森氏菌中目前己知最小的毒,其编码的Pla蛋白在鼠疫菌的致病过程中发挥关键作用;但些菌株虽然缺失pPCPI质粒,但对于小白鼠仍有很强的毒力[l0,述91001菌株的pPePI质粒长度为9609bp,NCBI核酸数据AEO17046;本研究中以15100序列的第一个碱基作为pPCPI。序列G+C含量为45.26%,在pPCPI质粒中共预测了10个因编号以“pPCP”作为前缀,第一个基因标记为“pPCPol”,递增,详细的基因信息见附表1;pPCPI质粒的基因示意图见图株ppCpl质粒与参考菌株CO92和KIM的相应质粒ALIOFo53945[62,73]同源性极高,仅有少量的单核普酸变异,三个序单比较情况见表9;表中可以看到有三个位点的突变是由于单起的,这种单碱基重复引起的突变可能是细菌适应性进化的一[’0,]。
【参考文献】:
期刊论文
[1]IS100周围序列多态性分析技术的建立及其在鼠疫耶尔森氏菌分型中的应用[J]. 裴德翠,宋亚军,郭兆彪,王津,杨瑞馥. 生物技术通讯. 2002(04)
[2]青海田鼠型鼠疫耶尔森氏菌生物学性状的研究[J]. 丛显斌,曹淑兰,张春华,陈虹,张市,邵奎东,赵斌,刘振才. 中国地方病学杂志. 2002(04)
[3]四川石渠县鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征[J]. 海荣,魏建春,蔡虹,周艳,张建华. 中国媒介生物学及控制杂志. 2002(01)
[4]青藏高原青海田鼠鼠疫自然疫源地的发现与研究[J]. 刘振才,海荣,李富忠,李超,丛显斌,高崇华,汪立茂,魏柏青,陈洪舰,陈虹,于晓涛,李存香,石映祥,许光荣,李光清,吴国康,严冬丽,李敏,曹淑兰,张春华,魏建春,蔡虹. 中国地方病防治杂志. 2001(06)
[5]一起大型水电站库区鼠疫暴发流行的调查分析[J]. 梁少生,林新勤,杨光华,秦石英,杨勤保,江超穗. 中国地方病防治杂志. 2001(03)
[6]震惊世界的苏拉特鼠疫流行及其教训[J]. 俞东征. 疾病监测. 1995(04)
[7]鼠疫耶尔森菌锡林郭勒高原型对人致病性试验[J]. 樊振亚,罗运珩,李凤,张春华,苏晓仙,王身荣. 中国地方病防治杂志. 1994(06)
本文编号:3506604
本文链接:https://www.wllwen.com/yixuelunwen/shiyanyixue/3506604.html
最近更新
教材专著