鼠疫耶尔森氏菌比较和进化基因组学研究

发布时间：2022-10-10 13:40

　　鼠疫耶尔森氏菌是鼠疫的病原体，历史上曾引起三次世界鼠疫大流行。鼠疫耶尔森氏菌是在1500～20000年前由假结核耶尔森氏菌进化而来的，作为一个新生的病原体，正处于进化的活跃时期。本研究研制了鼠疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯片（微点阵），以假结核耶尔森氏菌为参照，针对大量背景清楚的鼠疫耶尔森氏菌菌株，进行了比较和进化基因组学研究，较深入地认识了鼠疫耶尔森氏菌的起源进化，建立了鼠疫耶尔森氏菌基因组分型的策略和方法，据此进行了系统发育分析，认识了鼠疫耶尔森氏菌基因组进化和种内分化的基本规律，探究了鼠疫耶尔森氏菌在中国的传播和演化规律，从基因组进化的角度探究了鼠疫耶尔森氏菌演化与生态位适应的关系，为鼠疫防治工作提供了新思路。 基于DNA芯片的鼠疫耶尔森氏菌比较基因组学分析 整理鼠疫耶尔森氏菌全基因组数据，从中挑选出4005条基因，PCR扩增各基因，纯化的PCR产物点样制备全基因组DNA芯片。采用双色荧光杂交策略，进行芯片比较基因组杂交，设计了若干质控杂交组合，据此成功建立了基于DNA芯片的鼠疫耶尔森氏菌比较基因组学技术平台。 ... 

【文章页数】：130 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
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英文摘要
前言Ⅰ 环境、宿主与鼠疫耶尔森氏菌
    1 鼠疫-典型的自然疫源性疾病
    2 鼠疫耶尔森氏菌的贮存宿主
    3 鼠疫耶尔森氏菌的传播媒介
    4 鼠疫耶尔森氏菌、宿主、媒介的相互作用
    5 中国鼠疫自然疫源地
    参考文献
前言Ⅱ 细菌的比较和进化基因组学
    1 细菌基因组进化
    2 细菌的比较和进化基因组学
    3 细菌比较基因组学研究方法
    4 鼠疫耶尔森氏菌的比较和进化基因组学
    5 本研究的目的与意义
    参考文献
第一章 鼠疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯片的研制及用于比较基因组学分析
    1 导论
    2 材料和方法
    3 结果和讨论
        3.1 鼠疫耶尔森氏菌全基因组DNA芯片的研制
        3.2 芯片评价及用于比较基因组杂交
        3.3 基于DNA芯片的鼠疫耶尔森氏菌比较基因组学
    参考文献
第二章 鼠疫耶尔森氏菌基因组进化与生态位适应研究
    1 导论
    2 材料和方法
    3 结果和讨论
        3.1 鼠疫耶尔森氏菌自然分离株质粒和pgm位点的缺失特性
        3.2 鼠疫耶尔森氏菌自然分离株的DFR
        3.3 基于DFR的鼠疫耶尔森氏菌基因组分型
        3.4 鼠疫耶尔森氏菌的起源进化
        3.5 鼠疫耶尔森氏菌种内微进化
        3.6 鼠疫耶尔森氏菌在中国的传播与演化
        3.7 鼠疫耶尔森氏菌生态位适应与基因组进化
    参考文献
第三章 鼠疫耶尔森氏菌生物型遗传基础的研究和新生物型--田鼠型的提出
    1 导论
    2 材料和方法
    3 结果和讨论
        3.1 田鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌的独特表型特征
        3.2 田鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌的独特分子特征
        3.3 新生物型--田鼠型的提出
        3.4 glpD基因突变与东方型甘油降解阴性表型
        3.5 napA基因突变与中世纪型和田鼠型的脱氮阴性表型
        3.6 araC基因突变与田鼠型阿拉伯糖利用阴性表型
        3.7 对田鼠型鼠疫耶尔森氏菌对人不致病性的解释
    参考文献
第四章 鼠疫耶尔森氏菌DNA标识序列的鉴定及其应用研究
    1 导论
    2 材料和方法
    3 结果和讨论
        3.1 鼠疫耶尔森氏菌标识基因的鉴定
        3.2 鼠疫耶尔森氏菌特异性引物的设计及其应用
    参考文献
第五章 鼠疫耶尔森氏菌活疫苗株的比较基因组学研究
    1 导论
    2 材料和方法
    3 结果和讨论
        3.1 鼠疫活疫苗株缺失了大片段基因
        3.2 鼠疫耶尔森氏菌活疫苗株中存在大片段基因的拷贝增多
        3.3 EV菌苗和Tjiwidei菌苗的遗传变异
        3.4 结语
    参考文献
细菌基因组进化的分子策略(综述)
发表论文和申报专利
致谢



本文编号：3689719