基于生物信息学分析Mindin低表达Huh7细胞的差异表达基因

发布时间：2024-04-08 03:18

　　目的构建Mindin低表达的Huh7细胞并对其进行转录组学研究,以探索Mindin的生物学作用。方法设计并合成Mindin干扰序列,通过慢病毒载体GV248将其导入Huh7细胞,实时定量PCR检测对Mindin转录水平的抑制效果,获得Mindin低表达Huh7细胞并对该细胞及其对照细胞进行转录组学研究,生物信息学分析表达异常基因,Pathway分析Mindin可能参与的生物学功能。计量资料2组间比较采用t检验。结果与对照细胞相比,含干扰序列的慢病毒感染Huh7细胞后,其Mindin mRNA的敲减效率为63. 8%(P=0. 003)。Mindin稳定低表达的Huh7细胞迁移率明显高于对照细胞(3. 511±0. 538 vs 1. 701±0. 765,t=-3. 355,P=0. 03)。与对照细胞相比,Mindin低表达Huh7细胞有2888个上调基因,2516个下调基因。取满足∣log2FC∣> 2. 0且P <0. 05的895个差异表达基因进行GO分析和Pathway分析。Pathway分析排名前10位的Mindin参与的生物学功能依次为:肿瘤信号通路、趋化因子...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 主要材料和试剂
    1.2 实验方法
        1.2.1 慢病毒感染Huh7细胞分组
        1.2.2 敲减效率检测
        1.2.3 Transwell检测细胞迁移能力
        1.2.4 基因芯片检测与生信分析
    1.3 统计学方法
2 结果
    2.1 慢病毒感染效率鉴定
    2.2 3条干扰序列敲减效率筛选
    2.3 Mindin低表达的Huh7细胞迁移能力
    2.4 基因芯片检测与分析
3 讨论



本文编号：3948403