乙型肝炎病毒的系统进化研究

发布时间：2017-06-01 16:25

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【摘要】：乙型肝炎是严重威胁人类健康的疾病之一。乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus, HBV)是导致急慢性肝炎、肝硬化和肝癌的主要原因。10种基因型和48种亚型是HBV病毒多样化的显著体现,HBV的多类型给乙型肝炎的基础研究和临床治疗带来巨大挑战。本文借鉴数据挖掘领域的决策树分类方法,并结合传统系统进化分析方法,对HBV临床数据进行了基因型和亚型分类。 对我国乙型肝炎病毒系统进化演变的研究有助于了解乙型肝炎病毒的发病机制,并对临床治疗提供指导依据。本文的主要研究内容如下： 对HBV临床数据和公共参考数据进行统一化处理,获得便于分析的全基因组和X/PreC基因(nt1374-nt1900)。在此基础上,对HBV序列进行关键信息位点的挖掘,并根据得到的位点构建B1-B10亚型的决策分类树。 在多序列比对的基础上,构建A-Ⅰ型X/PreC基因的系统进化树,研究B类亚型与其他基因型间的进化关系；构建B1-B10全基因组的系统进化树,研究它们之间的进化关系。通过系统进化分析,验证了西双版纳地区哈尼族人群中存在的HBV新亚型B10。 将基于离散信息位点的分类结果与基于序列相似性构建的系统进化树进行一致性分析。并使用Genotyping工具对新亚型的重组基因结构进行分析,发现了新亚型的B/C重组结构,这一特点在该地区的哈尼族中属首次发现。 此外,本文还对HBV原始序列及其分类标准的合理性进行了一些讨论。文章的实验结论对HBV系统进化理论作出了补充,并且对云南省少数民族聚居地区HBV的研究具有一定价值。
【关键词】：乙型肝炎病毒 系统进化分析 HBV/B10 B/C重组型 决策树 信息位点
【学位授予单位】：昆明理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R373.21
【目录】：

• 摘要5-6
• Abstract6-10
• 第一章 绪论10-16
• 1.1 研究背景和研究意义10-11
• 1.2 国内外研究现状11-13
• 1.3 本课题主要研究内容13-15
• 1.4 论文结构15-16
• 第二章 生物信息学背景16-28
• 2.1 生物信息学中的数据挖掘技术16-17
• 2.2 HBV的DNA分子结构17-21
• 2.3 HBV进化过程及其基因型21-22
• 2.4 系统进化树分析在HBV基因分型中的作用22-24
• 2.5 系统进化分析常用工具24-26
• 2.6 本章小结26-28
• 第三章 构建系统进化树的方法28-50
• 3.1 HBV DNA序列中的信息位点挖掘29-32
• 3.1.1 信息位点与HBV基因型29
• 3.1.2 基于HBV信息位点的决策树构建方法29-32
• 3.2 系统进化树32-41
• 3.2.1 原始序列在HBV系统进化中的意义33-34
• 3.2.2 HBV基因序列的重组结构挖掘34-36
• 3.2.3 构建系统进化树的传统方法36-39
• 3.2.4 系统进化树的可靠性39-41
• 3.3 构建HBV系统进化树的基本算法原理41-49
• 3.3.1 序列比对41-42
• 3.3.2 Kimura两参数距离模型42-43
• 3.3.3 Neighbour-joining算法43-47
• 3.3.4 bootstrap评价方法47-49
• 3.4 本章小结49-50
• 第四章 实验结果及分析50-70
• 4.1 实验数据源50-53
• 4.2 实验过程53-68
• 4.2.1 数据预处理53-55
• 4.2.2 基于HBV信息位点的决策树构建55-58
• 4.2.3 系统进化树的构建58-64
• 4.2.4 基于信息位点分类与系统进化分类比较64-65
• 4.2.5 基于Genotyping的HBV B/C重组结构分析65-68
• 4.3 可靠性评估68-69
• 4.4 本章小结69-70
• 第五章 工作总结与展望70-74
• 5.1 工作总结70-71
• 5.2 展望71-74
• 致谢74-76
• 参考文献76-82
• 附录A 攻读硕士期间公开发表的论文82

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前6条

1 白凤兰;徐s，

本文编号：413027