大理地区结核分枝杆菌临床分离株MLVA法基因分型研究

发布时间：2017-09-14 22:30

  本文关键词：大理地区结核分枝杆菌临床分离株MLVA法基因分型研究

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【摘要】：目的 探讨MLVA技术在云南大理地区结核分枝杆菌基因分型中的应用，初步研究大理地区结核分枝杆菌DNA多态性及基因型特征。 方法 收集大理地区肺结核患者的痰标本，分离培养和鉴定后利用MLVA基因分型技术，对其进行研究。本研究选取21个数目可变串联重复序列（VNTR）位点，采用聚合酶链反应（PCR）和琼脂糖凝胶电泳技术，建立检测大理地区结核分枝杆菌DNA指纹多态性方法，并应用Quantity one软件和BioNumerics（6.6）软件进行数字化和聚类分析。用SPSS（13.0）统计软件对120株结核分枝杆菌基因型成簇率、54株优势菌株结果进行统计分析，家族结果与数据库比对获得。 结果 1对120株结核分枝杆菌临床分离株和1株标准菌株H37Rv的21个位点进行检测，可分为6个基因型，呈现明显的多态性，21位点的HGI指数最高为0.838，最低为0.301，其中分辨力较高的是：MIRU26、Mtub21、Mtub30、Mtub39、Mtub4、MIRU31、MIRU16、Mtub29、MIRU10、MIRU40；中等分辨力的位点是：MIRU27、MIRU39、MIRU2、ETR-B、ETR-A、MIRU26、MIRU23、MIRU4、Mtub34；分辨力较低的位点是MIRU24、ETR-C。 2采用UPGMA法对120株临床分离株和1株标准菌株H37Rv聚类分析，121株菌株可分为6个基因群（Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅴ型、Ⅵ型）。Ⅰ型占50.4%（61/121）；Ⅱ型占30.6%（37/121）；Ⅲ型占6.6%（8/121）；Ⅳ型占5%（6/121）；Ⅴ型占4.1%（5/121）；Ⅵ型占3.3%（4/121）。Ⅰ型为主要流行基因型，标准菌株在Ⅱ型。 3运用MST法对120株临床分离株和1株标准菌株H37Rv聚类分析，结果分为6个基因群，a群占86.7%，为主要流行基因型，，标准菌株在a群。 4将120株临床分离株和1株标准菌株与数据库比对，显示北京家族基因型占73%（88/121），非北京家族基因型占27%（33/121）。 5120株分离株中是否感染优势菌株与年龄（χ2=0.181，P=0.671）、性别（χ2=0.312，P=0.577）之间差异均无统计学意义。 6患者是否易感染双感菌株与年龄（χ2=2.788，P=0.095）、性别（χ2=2.094，P=0.148）之间均无统计学意义。 结论 1MIRU26、Mtub21、Mtub30、Mtub39、Mtub4、MIRU31、MIRU16、Mtub29、MIRU10、MIRU40位点是分析大理地区120例肺结核患者结核分枝杆菌基因分型的首选位点，该10个位点分辨力较高。 2大理地区120例肺结核患者结核分枝杆菌有着较高的DNA基因多态性，MLVA基因分型至少分为六个基因群，主要流行菌型为Ⅰ型和a群。不同县市其主要基因型存在差异，大部分县市与总体的流行趋势相符。 3大理地区120例肺结核患者感染成簇菌株基因型、优势菌株基因型、双感菌株基因型与患者性别、年龄均无关。 4大理地区MLVA所选组合位点不同，分辨力不同，位点越多，HGI值越大，即分辨力越高。
【关键词】：结核分枝杆菌 基因分型 多位点数目可变串联重复序列 大理地区 Hunter-Gaston指数
【学位授予单位】：大理学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：R378.91
【目录】：

• 英汉缩略词与英汉对照5-7
• 中文摘要7-9
• ABSTRACT9-12
• 前言12-18
• 材料与方法18-25
• 1 实验材料18-20
• 1.1 标本来源18
• 1.2 主要试剂18
• 1.3 实验耗材18
• 1.4 实验仪器18-19
• 1.5 主要试剂配制19-20
• 2 研究方法20-25
• 2.1 结核菌的鉴定20-21
• 2.2 结核菌株的培养21
• 2.3 DNA 制备21
• 2.4 MLVA 基因分型21-24
• 2.5 数据分析24-25
• 结果25-49
• 1 标本基本资料25
• 2 VNTR 位点基因检测25-37
• 2.1 DNA 结果的重复性25
• 2.2 VNTR 基因位点多态性检测25-37
• 3 各位点的分辨能力37
• 4 MLVA 基因分型37-43
• 4.1 待测菌株各特异位点的重复次数37-38
• 4.2 采用 UPGMA 法 MLVA 基因分型38-40
• 4.3 采用 MST 法 MLVA 基因分型40-42
• 4.4 MLVA 基因分型结果比对42-43
• 5 大理地区基因成簇率的分布43
• 6 优势菌株基因型分布43-44
• 6.1 性别与菌株之间的差异43-44
• 6.2 年龄与菌株之间的差异44
• 7 单纯感染菌株和双感菌株之间的差异44-45
• 7.1 性别与菌株之间的差异44-45
• 7.2 年龄与菌株之间的差异45
• 8 不同 MLVA 位点组合的差异性45-49
• 讨论49-53
• 结论53-54
• 参考文献54-60
• 攻读学位期间发表的学术论文60-61
• 课题资助情况61-62
• 综述62-69
• 参考文献67-69
• 致谢69

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前6条

1 李卓林;王璐璐;刘日辉;陈燕芬;陈泽良;于雅琴;;吉林省110株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型[J];吉林大学学报(医学版);2013年02期

2 赵于丁;冯钦;罗涛;杨志荣;孙群;;应用多位点数目可变串联重复序列对四川地区结核分支杆菌的基因分型[J];四川大学学报(自然科学版);2012年04期

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本文编号：852730