全基因测序分析粪肠球菌利奈唑胺耐药相关变异位点的研究

发布时间：2017-09-22 12:39

  本文关键词：全基因测序分析粪肠球菌利奈唑胺耐药相关变异位点的研究

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【摘要】：目的通过全基因组序列研究利奈唑胺敏感株和诱导耐药粪肠球菌之间基因位点差异,分析利奈唑胺耐药相关基因变异位点。方法粪肠球菌ATCC29212菌株用浓度梯度的利奈唑胺进行耐药性诱导,最终获得利奈唑胺耐药的粪肠球菌株LRS29212。提取其总DNA,进行PE(paired end或称双端)测序,采用软件SPAdes进行序列拼接,拼接获得原始scaffold,然后用Gapcloser及GapFiller对scaffold补Gap,采用PrInSeS-G进行序列校正,最终获得全基因组序列。获得的全基因序列与标准株ATCC29212菌株基因组序列(PUBMED公布序列)作比较,获得变异基因位点,并对变异基因功能进行注释。结果通过32代诱导,获得了粪肠球菌LRS29212,其MIC值为128μg/ml;粪肠球菌LRS29212全基因组包含3 010 552碱基对,GC含量37.3%。基因组通过注释后总共有2 918个编码序列(CDS),53个tRNA的编码基因,以及5个完整的rRNA基因编码的操纵子,获得PUBMED全基因序列号(PRJNA257022);总共找出152个SNP,其中错义突变的SNP有24个,包含结合糖ABC转运ATP结合蛋白。结论经LZD诱导成功获得耐LZD粪肠球菌LRS29212菌株,测序分析该菌株存在基因突变位点,为进一步研究LZD耐药机制奠定了基础。
【作者单位】： 广东医学院附属深圳市南山区人民医院感染科深圳市内源性感染诊治重点实验室;
【关键词】： 粪肠球菌 利奈唑胺 高通量测序 全基因组序列
【基金】：深圳市科创委项目(No.JCYJ20130402151227180) 深圳市卫人委项目(No.201303179;201401083;201401084;201402129;20142130;201402133) 深圳市医学重点学科经费资助项目
【分类号】：R378.1
【正文快照】： 粪肠球菌(Enterococcus fecalis)感染是引起住院患者死亡的重要原因之一,而关于粪肠球菌耐药问题也是临床抗感染治疗的难题之一[1]。利奈唑胺(lin-ezolid,LZD)是第一个应用于临床的新型VA唑烷酮类抗生素,目前该药已广泛用于革兰阳性细菌感染的治疗,特别是用于治疗多重耐药革兰

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 郑金鑫;董琨;陈重;潘伟光;李多云;刘晓军;邓启文;余治健;;一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较[J];中国热带医学;2014年10期

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 羽晓瑜;陆玉霞;;粪肠球菌聚集物质的研究进展[J];中国微生态学杂志;2010年07期

2 宁杨;凌均h，

本文编号：900883