一株HTLV-1病毒全基因组测序分析

发布时间：2017-10-02 23:47

  本文关键词：一株HTLV-1病毒全基因组测序分析

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【摘要】：背景与目的 人嗜T淋巴细胞病毒(Human T-cell lymphotropic virus, HTLV)是第一个被发现的感染人的逆转录病毒。它存在有两个亚型即HTLV-1和HTLV-2,它们之间在基因上的同源性高达70%。HTLV-2主要报道是爱斯基摩人感染；人T嗜淋巴细胞病毒Ⅰ型(HTLV-1)是一种能持续感染人类的外源性反转录病毒。在世界范围内,受其感染的包括日本、赤道附近非洲地区、加勒比海地区及南美洲地区约有1-2千万人；我国的东南沿海地区,如广州、福建等地也存在小流行区。这种病毒的传播途径包括母婴垂直传播、性传播、共用针头传播和污染血产品传播。当人一旦被HTLV-1感染后,病毒能够在人体内长期存在,潜伏期可长达20年以上,并可在多年后引起白血病或下肢瘫痪等致死或致残性疾病。目前尚未研发出行之有效的治疗药物和病毒预防疫苗。 由于我国东南沿海地区存在一定数量的感染人群,又加之随着经济的发展国内人口流动行的加剧,以及HTLV-1传播的特点和输血筛查项目的缺失。因而HTLV-1有可能在国内传统非流行区造成更多的感染者出现。为了深入探索我国传统非流行区感染HTLV-1病毒基因的分子特征,我们在河南湖北大规模HTLV-1调查的基础上,对获得的一株HTLV-1病毒的全基因进行了测序和分析。 方法 1.标本的ELISA检测：取100份健康人血清标本和在湖北大规模HTLV-1调查得到的6份人类T淋巴细胞白血病病毒(HTLV)抗体检测阳性的血清标本,使双抗原夹心酶联免疫法检测复检。 2.WB鉴定：双抗原夹心酶联免疫法检测阳性的6份标本,再使用新加坡MPBiomedicals Asia Pacific Pte. Ltd公司生产的MP Diagnostics (MPD) HTLV BLOT2.4的WB鉴定试剂检测。 3. HTLV-1前病毒DNA分段扩增克隆和测序：提取HTLV-1阳性淋巴细胞得到的含有HTLV-1前病毒DNA的基因组,使用9对HTLV-1分段扩增引物分别进行PCR扩增,得到9个相互重叠的HTLV-1片段；用T4连接酶使9个片段分别与T载体重组连接；采用PCR扩增和NcoI和SalI双酶切鉴定重组子；采用Sanger双脱氧终止法进行正反双向测序鉴定；测得的DNA序列采用Sequencher软件3.1版(Genecodes, inc., Ann Arbor, MI, USA)进行拼接,得到全长HTLV-1前病毒基因组DNA序列。 4.分离株HTLV-1基因和蛋白进化树分析： 结果 1.双抗原夹心酶联免疫法检测结果显示,100份健康人血清标本均阴性；初检阳性的血清标本6份有5份阳性,1份位于临界值。 2.使用新加坡MP Biomedicals Asia Pacific Pte. Ltd公司生产的MP Diagnostics (MPD) HTLV BLOT2.4的WB鉴定试剂进行确认检测,结果得到1例HTLV-1标本。 3. HTLV-1前病毒DNA分段扩增结果：HTLV-1分段扩增得到1150bp的第一片段、1149bp的第二片段、1135bp的第三片段、1087bp的第四片段、1045bp的第五片段、1050bp的第六片段、1136bp的第七片段、1148bp的第八片段和960bp第九片段,各片段大小与预计一致。 4.PCR扩增鉴定结果显示9个片段均得到插入的阳性克隆。 5.9个重组克隆均能被NcoI和SalI双酶切下对应的插入序列,切下的插入序列的片段长度也与设计一致。 6.全长HTLV-1前病毒基因组DNA序列(GenBank数据库编号为KC807984)全长9034bp,其中“A”2088个占23.11%,“C”3159个占34.96%,“G”1707个占18.89%,“T”2080个占23.02%。其中,1-756位为5‘端LTR区；803-2092位为gag蛋白编码区；2499-5188位为pol蛋白编码区；5125-7128位为rex蛋白编码区；5181-8360位为tax蛋白编码区；5181-6647位为env蛋白编码区；8279-9304位为3‘端LTR区。 7. HTLV-1分离株KC807984全基因组进化分析结果显示,其仍属A组,亲缘关系最近的是中国重庆分离株AF259264,它们基因序列同源性高达99.72%；与日本的几个分离株(U19949, J02029, AB513134)同源性次之；与所罗门群岛分离株亲缘关系最远,于中非分离株次之。 结论 HTLV-1分离株KC807984全基因组9034bp,基因亚型属A组,与中国分离株和日本分离株高度同源。
【关键词】：人嗜T淋巴细胞病毒1型 基因组 DNA序列分析 进化树
【学位授予单位】：郑州大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R373;R3416
【目录】：

• 摘要4-7
• Abstract7-11
• 中英文专业词汇对照11-12
• 1 前言12-13
• 2 实验材料13-18
• 3 实验方法18-27
• 4 结果27-46
• 5 讨论46-49
• 小结49-50
• 参考文献50-54
• 综述54-79
• 参考文献69-79
• 个人简历及硕士研究生期间发表的论文79-80
• 致谢80

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本文编号：961882