基于二代测序技术平台检测器官移植术后病原微生物的应用研究
发布时间：2021-10-08 01:35
实体器官移植（Solid Organ Transplantation,SOT）是治疗多种终末期器官疾病的有效手段,术后排斥及感染等并发症是影响患者术后生存期的主要因素。移植受者术后需要长期服用免疫抑制剂以降低术后排斥发生的风险,但由于免疫抑制剂的使用,患者术后感染风险相对增加,威胁了患者术后的生存。目前临床感染诊断依赖医生对患者临床体征进行初诊,再通过临床标本采集进行进一步检测。临床对多种病原微生物的检测缺乏统一的金标准,且临床常规检测或检测周期长、特异性弱、灵敏度低等缺陷,无法快速有效检出器官移植术后病原微生物。二代测序技术（Next-Generation Sequencing,NGS）技术通量大、周期短、高灵敏、强特异,可同步检测各种病原微生物,对于器官移植术后免疫抑制,临床体征微弱、滞后的患者体内病原微生物检测有十分广阔的应用前景。因此,本文建立应用二代测序技术平台,检测器官移植术后感染患者病原微生物的方法,检测出器官移植术后主要病原微生物并验证。建立BKV DNA巢式PCR检测方法,肾移植患者术后外周血中BKV DNA的分布情况进行探究。（1）使用二代测序技术平台WGS及杂交捕...
【文章来源】：江苏大学江苏省
【文章页数】：119 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
器官移植术后主要病原微生物及其感染时间[26]
7Infection，RTI）（33%）、尿道感染（UrinaryTractInfection，UTI）（18%）、手术部位感染（Surgical-siteInfection，SSI）（14%）和血流感染（BloodstreamInfection，BSI）（13%）[33]。器官移植手术院内感染也与常规外科手术院内感染类型类似。图1-2外科手术术后院内感染类型及其分布[33]Fig1-2Typesanddistributionofnosocomialinfectionsaftersurgery[33]发生器官移植术后院内感染时，病原菌的类型不仅受感染发生部位影响，相同感染部位，不同移植器官的器官移植院内感染病原体种类也不尽相同。不同移植器官类型的患者术后肺炎相关死亡率在26%-55.6%。细菌是器官移植术后主要肺部病原微生物。肝移植院内呼吸道感染（RTI）发生率为13.7%-25.4%[34-36]，主要病原体为肠杆菌科、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌，铜绿假单胞菌[37,38]；肾移植院内呼吸道感染发生率为4.5%-16%，其中约10%患者肺部感染发生于移植后早期（术后1月内），主要病原体为铜绿假单胞菌、溶血链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌及不动杆菌属[39,40]；心脏移植院内呼吸道感染发生率为20%-35%[41,42]，病原体包括铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、克雷伯菌属及曲霉菌；肺移植术后呼吸道感染引发肺炎的危险较大，约60%的肺移植患者在移植术后早期存在罹患肺部感染的风险。一项研究结果显示，30.7%的肺移植患者、9.8%心脏移植患者及40%心肺联合移植患者术后早期发生了肺部感染。其风险显著高于其他移植类型，其中双肺移植肺部感染风险相对高于单肺移植[43]。肺移植患者术后肺部感染主要病原物包括铜绿假单胞
13454FLX平台测序片段较长，达到400bp；Solexa平台成本更低，同数据量下价格仅为454的1/10；SOLID平台测序准确度更高（≥99.94%），是目前二代测序平台中准确度最高的。本研究中主要应用的是Illumina/SolexaGenomeAnalyzer平台，该平台核心技术为基于DNACluster（DNA簇）的构建及可逆末端终止化学反应（ReversibleTerminator）的边合成边测序技术（SequencingBySynthesis，SBS），可以在短时间内进行高通量的测序。如图3所示该技术首先将基因组DNA进行片段化处理，再将片段化DNA（100-200bp）进行回收，于两端加入用于与测序芯片结合的接头（Adapter），再对带有接头的DNA进行变性处理形成单链，再令单链DNA分子两端接头与测序芯片上的接头引物结合形成桥状结构，使用桥式PCR扩增，形成了包含大量Clusters的Flowcell，每个Cluster又含有大量相同的单分子簇，然后对这些模板使用可逆终止化学反应并加入使用不同荧光染料染色的四种dNTP，边合成边测序。在每一个被荧光标记的dNTP结合上DNA链时，荧光基团会释放出对应颜色的荧光，测序仪通过捕捉荧光信号，再通过计算机将荧光信号强弱转化为测序峰高，从而获得待测片段的测序信息。图1-3.Illumina/SolexaGenomeAnalyzer平台测序原理示意图Fig1-3.SchematicdiagramofthesequencingprincipleoftheIllumina/SolexaGenomeAnalyzerplatform
本文编号：3423171
【文章来源】：江苏大学江苏省
【文章页数】：119 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
器官移植术后主要病原微生物及其感染时间[26]
7Infection，RTI）（33%）、尿道感染（UrinaryTractInfection，UTI）（18%）、手术部位感染（Surgical-siteInfection，SSI）（14%）和血流感染（BloodstreamInfection，BSI）（13%）[33]。器官移植手术院内感染也与常规外科手术院内感染类型类似。图1-2外科手术术后院内感染类型及其分布[33]Fig1-2Typesanddistributionofnosocomialinfectionsaftersurgery[33]发生器官移植术后院内感染时，病原菌的类型不仅受感染发生部位影响，相同感染部位，不同移植器官的器官移植院内感染病原体种类也不尽相同。不同移植器官类型的患者术后肺炎相关死亡率在26%-55.6%。细菌是器官移植术后主要肺部病原微生物。肝移植院内呼吸道感染（RTI）发生率为13.7%-25.4%[34-36]，主要病原体为肠杆菌科、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌，铜绿假单胞菌[37,38]；肾移植院内呼吸道感染发生率为4.5%-16%，其中约10%患者肺部感染发生于移植后早期（术后1月内），主要病原体为铜绿假单胞菌、溶血链球菌、金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、肺炎克雷伯菌及不动杆菌属[39,40]；心脏移植院内呼吸道感染发生率为20%-35%[41,42]，病原体包括铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、克雷伯菌属及曲霉菌；肺移植术后呼吸道感染引发肺炎的危险较大，约60%的肺移植患者在移植术后早期存在罹患肺部感染的风险。一项研究结果显示，30.7%的肺移植患者、9.8%心脏移植患者及40%心肺联合移植患者术后早期发生了肺部感染。其风险显著高于其他移植类型，其中双肺移植肺部感染风险相对高于单肺移植[43]。肺移植患者术后肺部感染主要病原物包括铜绿假单胞
13454FLX平台测序片段较长，达到400bp；Solexa平台成本更低，同数据量下价格仅为454的1/10；SOLID平台测序准确度更高（≥99.94%），是目前二代测序平台中准确度最高的。本研究中主要应用的是Illumina/SolexaGenomeAnalyzer平台，该平台核心技术为基于DNACluster（DNA簇）的构建及可逆末端终止化学反应（ReversibleTerminator）的边合成边测序技术（SequencingBySynthesis，SBS），可以在短时间内进行高通量的测序。如图3所示该技术首先将基因组DNA进行片段化处理，再将片段化DNA（100-200bp）进行回收，于两端加入用于与测序芯片结合的接头（Adapter），再对带有接头的DNA进行变性处理形成单链，再令单链DNA分子两端接头与测序芯片上的接头引物结合形成桥状结构，使用桥式PCR扩增，形成了包含大量Clusters的Flowcell，每个Cluster又含有大量相同的单分子簇，然后对这些模板使用可逆终止化学反应并加入使用不同荧光染料染色的四种dNTP，边合成边测序。在每一个被荧光标记的dNTP结合上DNA链时，荧光基团会释放出对应颜色的荧光，测序仪通过捕捉荧光信号，再通过计算机将荧光信号强弱转化为测序峰高，从而获得待测片段的测序信息。图1-3.Illumina/SolexaGenomeAnalyzer平台测序原理示意图Fig1-3.SchematicdiagramofthesequencingprincipleoftheIllumina/SolexaGenomeAnalyzerplatform
本文编号：3423171
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/waikelunwen/3423171.html
最近更新
教材专著
