长链非编码RNA在椎间盘退行性变中的差异性表达及其功能的初步研究

发布时间：2021-11-05 09:09

　　目的与意义:椎间盘退行性变（IVDD）是中老年人的常见病和多发病,以颈肩痛与腰腿痛为主要临床症状。目前其治疗方法主要采取理疗、药物等保守治疗和椎间盘切除植骨融合内固定术等手术治疗。虽然目前临床疗效尚可,但是仍有部分患者预后不佳,其主要原因在于对IVDD的发病机理了解不够深入。而长链非编码RNAs是一类长度大于200 nt的非编码RNA,其在生理及病理生理过程中具有重要的生物学功能。但其在IVDD中的作用及其分子机理研究处于起步阶段且研究较少。本实验采用高通量测序对IVDD髓核组织中差异表达的LncRNAs进行研究,探索LncRNA调控IVDD的分子学机制,并为IVDD的治疗提供作用靶点。研究方法:高通量测序分析LncRNAs在椎间键盘退行性变中的差异表达分析,并进行生物信息学分析;构建Linc01776敲除质粒表达载体,研究Linc01776在IVDD中生物功能学研究;预测Linc01776参与的竞争性内源RNA（CeRNA）调控机制。研究成果:通过对RNA-seq数据分析,共获得23706个差异表达的LncRNAs,其中上调倍数大于2倍的233个、下调倍数大于2倍的340个。其中Li... 

【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

对照组和IVDD组椎间盘组织中mRNAs与LncRNAs表达热图

上海交通大学硕士学位论文-12-现这些显著富集的通路多与细胞增殖凋亡等相关，其中以Rassignalingpathway最为显著，ErbBsignalingpathway也较为显著。图1-2差异表达LncRNAs靶基因KEGG信号通路富集GeneRatio图Figure1-2theKEGGsignalingpathwayenrichmentanalysisofthetargetgeneofthedifferentlyexpressedLncRNAs表1-1差异表达LncRNAs靶基因KEGG信号通路富集表Table1-1theKEGGsignalingpathwayenrichmentanalysisofthetargetgeneofthedifferentlyexpressedLncRNAsDefinitionCountEnrichmentGeneRatioGlutamatergicsynapse-Homosapiens(human)1142.9932660.142857Rassignalingpathway-Homosapiens(human)2272.7344930.178571ErbBsignalingpathway-Homosapiens(human)872.3122090.107143Alcoholism-Homosapiens(human)1792.2786790.142857Morphineaddiction-Homosapiens(human)912.2576110.107143Nicotineaddiction-Homosapiens(human)401.9591050.071429Synapticvesiclecycle-Homosapiens(human)631.5850480.071429Glioma-Homosapiens(human)651.5598160.071429Chronicmyeloidleukemia-Homosapiens(human)731.466760.071429Calciumsignalingpathway-Homosapiens(human)1801.4645350.107143

上海交通大学硕士学位论文-14-图1-3差异表达LncRNA靶基因GO富集分析BP图Figure1-3theGOenrichmentanalysisofdifferentlyexpressedLncRNAs1.3.4差异表达mRNA进行KEGG信号通路富集分析通过使用KEGG信号通路分析，我们可以更好地理解与研究差异mRNA的生物学功能和特性。利用KEGG数据库，我们将筛选出的差异表达mRNA分为下调组和上调组，分别进行KEGG信号通路富集分析，以鉴定其在IVDD发生发展过程中可能发挥的作用与调控机制。根据EnrichmentScore与GeneRatio（SelectionCounts/SelectionSize）两项标准筛选KEEG信号通路。其中，将富集排序前十的KEGG信号通路筛选为Top10通路，如图1-4、图1-5、表1-3、表1-4所示。我们发现这些显著富集的通路多与细胞增殖凋亡、细胞外基质合成与分解等相关，其中包括ECM-receptorinteraction、MAPKsignalingpathway等。


本文编号：3477509