骨肉瘤免疫微环境基因库中具有预后价值的基因研究

发布时间：2021-12-22 06:09

　　目的:骨肉瘤目前主要治疗手段为化疗和手术治疗,没有突破性的改进,其5年生存率在过去的数十年中,没有得到显著的提高。骨肉瘤具有极其复杂的多基因组学异质性并且缺乏普遍适用的信号阻断靶点,越来越多研究者关注肿瘤免疫微环境与肿瘤治疗的关系。我们利用数据库的数据,结合计算机算法来寻找骨肉瘤免疫微环境基因库中具有预后价值的基因,为骨肉瘤免疫微环境相关治疗打下基础,以便针对这些基因开展进一步的探索。方法:在本研究中,我们采用TARGET数据库的骨肉瘤相关预后数据,通过ESTIMATE算法获得了每一个样本的免疫评分,从而进行样本免疫成分的定量。基于骨肉瘤免疫评分中位数,TARGET数据库中的骨肉瘤患者样本被分成两组,即相对的高免疫浸润组和低免疫浸润组。通过差异比较和临床数据统计学分析,两组之间差异性表达的并且有预后价值的基因被识别。同时对这些基因进行了功能富集和蛋白质互作网络分析。最后通过独立的GEO数据库对这些基因再次进行验证。结果:TARGET数据库中,45个基因被识别为免疫微环境中与预后相关的关键基因,这些基因主要涉及炎症反应,钙离子稳态调节,免疫反应,趋化因子信号途径和破骨细胞分化。结合GEO... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

免疫评分与骨肉瘤患者的性别有关

浙江大学硕士学位论文正文结果15图3.2（A）关于TARGET数据库中免疫评分高低分组的Kaplan-Meier生存分析。（B）关于TARGET数据库中免疫评分的差异表达预后基因的表达概况。3.3蛋白质-蛋白质相互作用网络分析及关键基因探索为了进一步深入研究免疫微环境差异表达的有预后价值的基因谱，我们利用STRING网站门户（SearchToolfortheRetrievalofInteractingGenes;https://string‐db.org/）构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络[5]（图3.3）。之后，利用Cytoscape软件（version3.7.1）及其MCODE插件（MolecularComplexDetection），

浙江大学硕士学位论文正文结果16结合拓扑学原理，我们对上述得到的蛋白质相互作用网络进行提炼，最终获得了8个核心子网络及其构成网络的45个基因，并且将这45个基因作为骨肉瘤免疫微环境预后核心基因[6]（图3.4；表3.2）。在这45个关键基因中，40个基因都在高免疫评分组中上调，5个基因下调。结合之前的原理背景以及免疫评分和骨肉瘤预后的关系，我们认为，上调的这40个基因往往是出现在有利于骨肉瘤的免疫微环境中，而下调的5个基因往往预示着预后不良。图3.3使用STRING网站门户（SearchToolfortheRetrievalofInteractingGenes;https://string‐db.org/）构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络。


本文编号：3545897