Roux-en-Y胃旁路术对皮下脂肪组织细胞外基质重塑的影响

发布时间：2022-01-07 19:15

　　目的:我们拟通过生物信息学分析以及体内实验的验证,揭示Roux-en-Y胃旁路术（Roux-en-Y gastric bypass,RYGB）后皮下脂肪组织（Subcutaneous adipose tissue,SCAT）改变的主要分子机制。方法:我们从公共基因表达数据库（NCBI-GEO）中获得肥胖大鼠分别行RYGB手术和假手术3个月后SCAT转录组学数据。随后对这个转录组学数据进行生物信息学分析,包括差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）分析,DEGs相关的功能富集分析,如基因本体论（gene ontology,GO）分析和京都基因与基因组百科全书（kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路分析,以及构建差异表达基因的蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络等。进一步我们构建肥胖大鼠RYGB手术的动物模型,验证生物信息学结果。结果:通过生物信息学分析,我们筛选到602个在RYGB手术组和假手术组SCAT有差异表达的基因。GO分析显示DEG... 

【文章来源】：重庆医科大学重庆市

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

转录组学数据预处理前及预处理后的基因表达数据

重庆医科大学硕士研究生学位论文6_at -2.07 0.00069564 Dclk1 doublecortin-like kinase 14_at -2.86 0.00070636 Aspn asporin8_at -2.48 0.00070934 Plac9 placenta-specific 94_at -2.77 0.00075383 Fn1 fibronectin 1DEGs 的聚类分析显示 RYGB 组和 SHAM 组样本重复性好建 DEGs 的热图，RYGB 组与 SHAM 组各个样本、各个差异表达基量如图所示（图 2）。对样本的聚类分析（上方树形图）显示，RYG体表达模式与 SHAM 组存在很大的差异：在 RYGB 组中，多数基因达模式（绿色条带），而 SHAM 组则正好相反，多数基因为上调模GB 组的三个样本的表达模式相似，属于 SHAM 组的三个样本的表达明 RYGB 组及 SHAM 组的样本重复性较好。

蛋白（collagen type V alpha 1 chain，COL5A1、collagen type V alpha 2 chain，COL5A2和 collagen type V alpha 3 chain，COL5A3）、VI 型胶原蛋白（collagen type VI alpha1 chain，COL6A1、collagen type VI alpha 2 chain，COL6A2 和 collagen type VI alpha3 chain，COL6A3）、XIV 胶原纤维（collagen type XIV alpha 1 chain，COL14A1）XVIII 胶原纤维（collagen type XVIII alpha 1 chain，COL18A1）、纤维连接蛋白（fibronectin 1，FN1）、层粘连蛋白（laminin alpha 2，LAMA2 和 laminin gamma 1，LAMC1）、玻连蛋白（vitronectin，VTN）、富含半胱氨酸的分泌型酸性蛋白（Secretedprotein acidic and cysteine rich，SPARC）及原纤维蛋白 1（Fibrillin 1，FBN1）均明显下调；与 SHAM 组相比，RYGB 组中编码 ECM 交联的基因（如赖氨酸氧化酶（lysyl oxidase，LOX）、类赖氨酸氧化酶 1（lysyl oxidase-like 1，LOXL1）、类赖氨酸氧化酶 2（lysyl oxidase-like 2，LOXL2）表达显著下调。编码 ECM 降解的基因，如基质金属蛋白酶（matrix metallopeptidases，MMPS）和组织金属蛋白酶抑制剂（tissue inhibitor of metalloproteases，TIMPS）在两组间有差异表达。

【参考文献】：
期刊论文
[1]皮下脂肪组织创伤后脂肪细胞的变化[J]. 钱雄,林炜栋,江万里,刘伟伟,原博,陈向芳.  同济大学学报(医学版). 2012(05)



本文编号：3575108