TRAF2、TRAF3、NFKBIA、CHUK及MAP2K4基因多态性与汉族人鼻咽癌发病易感性相关性研究

发布时间：2020-04-05 20:28

【摘要】：目的:EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)与鼻咽癌(Nasopharyngeal carcinoma,NPC)的发生发展密切相关,EB病毒潜伏膜蛋白LMP1(latent membrane protein 1,LMP1)由EBV基因编码,其介导的NF-κB与JNK信号转导通路在NPC发病过程中起着重要的作用。本研究旨在探索NF-κB与JNK信号转导通路相关基因TNF受体关联因子2(TNF receptorassociated factor 2,TRAF2)、TNF受体关联因子3(TNF receptor-associated factor 3,TRAF3)、核因子κB抑制剂α(nuclear factor of kappa light chain gene enhancer in B cells inhibitor,alpha;NFKBIA)、CHUK(conserved helixloop-helix ubiquitous kinase)及丝裂原激活蛋白激酶激酶4(mitogenactivated protein kinase kinase 4,MAP2K4)基因中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与中国汉族人群NPC发病遗传易感性的相关性,以发现有效的NPC相关的分子遗传标记物,为NPC高危人群的筛查及预防提供新的思路。方法:本研究纳入了2017年1月至2018年9月初诊于四川省肿瘤医院的350例经病理活检确诊为NPC的患者。另外搜集2018年7月至9月在四川省人民医院体检的580例正常人作为对照组。通过数据库KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)、NCBI(The National Center for Biotechnology Information)在NF-κB与JNK信号转导通路中基于功能学研究结果寻找与NPC发病相关的基因,运用数据库人类孟德尔遗传在线(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)进一步明确目的基因功能与NPC发病的关联后,在Ensemble、db SNP、1000 Genomes Project及Ex AC(The Exome Aggregation Consortium)数据库中根据以下标准筛选候选SNP位点:(1)中国汉族人群(Chinese Han in Beijing,China,HCB)或东亚人群(East Asian,EAS)最小等位基因频率(Minor Allele Frequency,MAF)大于等于10%;(2)SNP位于3’或5’端(untranslated region,UTR)、编码区域(非同义SNP)或启动子区域;(3)SNP间基因连锁不平衡(r20.8)。在候选基因TRAF2、TRAF3、CHUK、NFKBIA及MAP2K4中,选取了TRAF2(rs7852970、rs3739942、rs5901110)、TRAF3(rs1131877、rs1051750、rs10133111、rs11160707)、MAP2K4(rs4792219)、CHUK(rs2230804)、NFKBIA(rs8904、rs2233406、rs2233409、rs145753299、rs2233407、rs17103265),共15个SNP覆盖共149个基因连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)r2≥0.8的SNP。提取患者及正常人对照组外周血液样本中白细胞的全基因组DNA并测定DNA浓度,确保提取DNA浓度高于20ng/μL、260/280介于1.7至2.0之间。将合格DNA样本进行琼脂糖凝胶电泳,进一步确定DNA样本的质量。应用质谱分析技术(Mass ARRAY)对候选SNP点进行基因分型,并随机抽查5%样本使用Sanger测序验证分型结果。使用Haploview检验Hardy-Weinberg平衡(HWE)、计算对照组中基因型频率、HCB的MAF值以及绘制LD图。应用Plink1.03软件对分型结果进行分析,比较SNP位点在病例组和对照组中的等位基因频率,并计算亚组间优势比(odds ratio,OR)、P值以及95%可信区间(95%confidence interval,95%CI)。设定P0.05为具有统计学意义。结果:TRAF2(rs7852970)、TRAF3(rs1051750、rs11160707)及NFKBIA(rs145753299)位点分型失败。使用LD r20.8的rs17250694代替TRAF2(rs7852970),rs2075771代替TRAF3(rs1051750),rs2273650代替NFKBIA(rs145753299)进行分型,TRAF3(rs11160707)未找到替代位点。除NFKBIA(rs2233409)外,其余等位基因均满足在正常对照人群中MAF大于10%,同时满足Hardy-Weinberg平衡定律。MAP2K4的等位基因rs4792219,剔除未能成功分型的样本后,共有345例患者和570例正常对照。隐性模式下G/G-G/A与A/A组间存在统计学差异,OR=0.36,95%CI=0.12-1.07,P=0.044;其余位点的基因型频率在病例组与正常对照组之间均无统计学差异(P0.05)。结论:本研究结果显示MAP2K4的SNP rs4792219与汉族人NPC发病风险相关,可作为汉族人NPC早期筛查的有效分子标记物。
【图文】：

设计、合成与稀释获取 SNP 所在基因的序列。 My agena 网站中进行注册。 NCBI 的 dpSNP 中输入该 SNP 位点的名称,并r 的格式显示。在 NCBI 数据库中搜索到的 SNP 位点所在的序册的邮箱中。换至 My agena 网页，在 TOOLS 工具栏中钮。击 RS format 按钮，在 Browse 中查找并选择从图 2 MassArray 流程图

1 一般临床资料比较350 例病例组与 580 例对照组患者基线值见表 8。病例组与对照组年龄见表 8，男女比例差异具有统计学意义（P＜0.01）。表格 8 两组患者基线资料Group Controls CasesGender Male 316 263Female 264 87Age 47.5±26.6 49.0±12.52 脱氧核糖核酸提取结果
【学位授予单位】：西南医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：R739.63

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本文编号：2615495