长链非编码RNA在鼻咽癌患者中差异表达的研究

发布时间：2017-03-25 11:09

  本文关键词：长链非编码RNA在鼻咽癌患者中差异表达的研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的全基因组关联分析鼻咽癌与慢性鼻咽炎组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)表达水平的改变,探讨lnc RNA的表达改变在鼻咽癌发生发展中的作用及其潜在的分子机制。方法收集42例鼻咽组织标本,包括21例鼻咽癌组织和21例慢性鼻咽炎组织。首先进行基因芯片杂交实验:选择其中6例鼻咽癌组织和6例慢性鼻咽炎组织作为基因芯片杂交实验的材料,分离提取总RNA并检测其质量,将RNA制备成双链c DNA,用单色荧光标记双链c DNA,与8×60K芯片杂交,用Agilent Scanner G2505C扫描仪扫描,将扫描图像输入Agilent Feature Extraction(version 11.0.1.1)软件和Agilent Gene Spring GX(version11.5.1)软件进行统计分析并输出芯片杂交结果,得到差异表达的lnc RNA和m RNA。然后利用GO(Gene Ontology,基因本体论)和Pathway分析进一步研究。最后,进行实时定量逆转录聚合酶链反应(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,q RT-PCR),对部分基因芯片杂交实验结果进行检测并验证其可靠性。结果在鼻咽癌与慢性鼻咽炎组织中,共有856条lnc RNAs差异表达(2倍以上变化且P0.05),其中425条lnc RNAs表达上调,431条lnc RNAs表达下调;共有767条m RNAs差异表达,其中426条m RNAs表达上调,341条m RNAs表达下调。聚类分析法将所有lnc RNA分成3类:基因间lnc RNA,HOX基因簇,增强子型lnc RNA。GO分析法将m RNA分成3类:生物学过程类、细胞组分类、分子功能类。Pathway分析显示差异表达m RNA共参与28条信号通路,其中表达上调的信号通路1 8条,下调的1 3条,有3条信号通路(Cytokine-cytokine receptor interaction,Chemokine signaling pathway,Neuroactive ligand-receptor interaction)同时参与了表达上调和下调。上调m RNA富集度较高的10条信号通路中,细胞因子-细胞因子受体相互作用(cytokine-cytokine receptor interaction)信号通路的富集度最高,为5.428282。第一次CNC基因共表达网络(coding-non-coding gene co-expression network)分析结果显示46个差异表达的lnc RNAs与3个参与JAK-STAT信号通路的m RNAs相互关联。q RT-PCR实验证明11个lnc RNAs和8个m RNAs的表达水平与基因芯片结果一致。第二次CNC构图结果表明23个差异表达的m RNAs与3个经验证的lnc RNAs之间相互作用。结论与慢性鼻咽炎组织相比,鼻咽癌组织中lnc RNA的表达水平明显改变,表明差异表达的lnc RNA可能通过某些分子机制参与鼻咽癌的发生发展过程。
【关键词】：鼻咽癌 长链非编码RNA 长链非编码RNA芯片 实时定量逆转录聚合酶链反应
【学位授予单位】：福建医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R739.63
【目录】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-8
• 英文缩略词8-9
• 引言9-10
• 材料与方法10-25
• 一、材料和试剂10-13
• 1. 研究对象10
• 2. 实验材料10-11
• 3. 主要试剂及试剂盒11-12
• 4 主要实验仪器12-13
• 二、实验方法13-25
• 1 标本预处理13
• 2 总 RNA 抽提13-14
• 3 RNA 质量检测14-15
• 4 芯片检测15-21
• 5 生物信息学技术分析21-22
• 6 qRT-PCR（quantitative Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction，，实时定量 RT-PCR）对芯片实验结果进行验证22-25
• 7 CNC 网络构图分析25
• 三、统计学方法25
• 实验结果25-36
• 1 组织样本抽提总 RNA 的定量及质量检测25-26
• 2 基因芯片杂交结果26-27
• 3 火山图(Volcano plot)及散点图(Scatter-Plot)分析结果27-29
• 4 聚类分析29
• 5 差异表达 m RNA 的 GO 富集分析结果29-31
• 6 差异表达 m RNA Pathway 分析31-32
• 7 qRT-PCR 验证实验结果32-36
• 讨论36-38
• 结论38-40
• 参考文献40-43
• 综述43-54
• 参考文献50-54
• 致谢54-55
• 附录55

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 宋伦,沈倍奋;Jak/STAT信号转导途径研究新进展[J];免疫学杂志;2000年01期

  本文关键词：长链非编码RNA在鼻咽癌患者中差异表达的研究，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：267098