基于生物信息学分析探究肺动脉高压关键基因和通路

发布时间：2021-05-09 08:53

　　目的通过生物信息学方法寻找肺动脉高压中差异表达的基因,为肺动脉高压的预防和早期诊断及治疗提供新思路。方法从公共基因数据库（GEO）中下载基因芯片数据集GSE113439,使用在线分析工具GEO2R筛选出肺动脉高压肺组织和正常肺组织的差异表达基因。利用在线数据库DAVID和STRING分别进行功能、通路富集分析和蛋白互作分析,使用Cytoscape软件来筛选蛋白相互作用网络中的核心网络基因及显著相互作用模块。结果共筛选出559个差异基因,其中87个为上调基因,472个为下调基因（调整后P<0.2005,|log2FC|>1）。对差异基因进行GO和KEGG富集分析,GO富集分析（P<0.2005）结果提示:（1）生物过程:差异表达基因显著富集于DNA双解、DNA修复、有丝分裂等;（2）细胞单位:差异表达基因显著富集于核质、膜、核仁、细胞质、中心体、核、核斑点、染色体、高尔基体等;（3）分子功能:差异表达基因显著富集于聚（A）20RNA结合、ATP结合、蛋白质结合、解旋酶活性、微管结合、ATP依赖性DNA解旋酶活性等。KEGG富集分析结果提示差异表达基因显著富集于真核生物的... 

【文章来源】：心血管病学进展. 2020,41(04)

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 数据来源
    1.2 筛选DEG
    1.3 DEG生物信息学分析
    1.4 PPI网络构建及分析
2 结果
    2.1 筛选DEG
    2.2 对DEG进行GO富集分析和KEGG分析
    2.3 PPI分析
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]肺动脉高压新型治疗方式展望[J]. 石文海,黄玮,蔡琳.  心血管病学进展. 2017(01)



本文编号：3177007