慢性缺氧心肌差异基因生物信息分析及c-Jun在其凋亡和生存中的作用

发布时间：2022-01-10 08:33

　　研究背景慢性缺氧普遍存在于心脏的生理或病理状态,如胚胎发育、冠心病、紫绀型先天性心脏病和动脉粥样硬化等。尤其对于紫绀型先天性心脏病患者,长期处于慢性缺氧和异常血循环的双重负担下,其手术风险增加,远期生存率下降。然而,在临床上发现许多这类轻-中度紫绀的患儿在较长的时间内能顺利存活,同时在接受心脏外科手术时能够较好地耐受手术,且在围手术期也少有进展到心衰,提示在长期患病的过程中心脏对慢性缺氧产生了一定程度的保护性适应。因此,深入研究心肌在慢性缺氧条件下的损伤与适应机制对于改善缺氧心肌保护的策略将大有裨益。许多研究围绕这些机制进行了探讨,其涉及到的基因数目众多。为了能更加准确地找到相关基因,生物信息学和高通量测序技术的结合能提供强大的帮助。因此,对紫绀型先天性心脏病心肌标本的下一代测序（next-generation sequencing,NGS）数据进行生物信息学分析,可以为找到心肌组织中与缺氧高度相关的基因提供有力的线索。c-Jun为原癌基因JUN（Jun proto-oncogene,JUN）编码的蛋白,是活化蛋白-1（activator protein-1,AP-1）的重要组成部分之... 

【文章来源】：中国人民解放军陆军军医大学重庆市

【文章页数】：113 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

HISAT2-HTSeq-DESeq2分析流程

聚类分析 A.对 29 个初始样本进行首次聚类分析；B.排除 5 个离散样本后对其余 24 个进行再次聚类分析。Control 为健康心肌组，TOF 为法洛氏四联症组。2.2.4 差异分析利用 DESeq2 进行差异分析后，共筛选出 1260 个差异倍数>2 倍的基因。相较组织而言，TOF 心肌中上调基因 494 个，下调基因 766 个。利用 pheatmap 调前 25 个基因的热图，并用 ggplot2 绘制 1260 个 DEGs 的火山图（图 3，图

前50个差异化表达基因热图*红色：上调；绿色：下调

【参考文献】：
期刊论文
[1]Role of JNK activation in apoptosis:Adouble-edged sword[J]. Jing LIU, Anning LIN* Ben May Institute for Cancer Research, The University of Chicago, 5841 S. Maryland Avenue, MC 6027, Chicago, IL 60637, USA.  Cell Research. 2005(01)
[2]MAPK signal pathways in the regulation of cell proliferation in mammalian cells[J]. WEI ZHANG, Hui Tu LIU The Key Laboratory of Cell Proliferation and Regulation Biology of Ministry of Education, College of Life Sciences, Beijing Normal University, Beijing 100875, China.  Cell Research. 2002(01)



本文编号：3580395