急性Stanford A型主动脉夹层circRNA差异性表达分析
发布时间：2022-02-10 10:07
目的:构建急性Stanford A型主动脉夹层升主动脉血管壁中膜组织中circRNA的差异表达谱,初步分析差异性表达的circRNAs参与急性Stanford A型主动脉夹层可能的分子发病机制。方法:收集2018年1月至2018年12月在深圳孙逸仙心血管医院心外科行手术治疗的急性Stanford A型主动脉夹层升主动脉血管壁中膜组织5例,同时收集行心脏移植手术的供体心脏升主动脉血管壁中膜组织或主动脉瓣置换术者升主动脉血管壁中膜组织5例。通过Agilent人类circRNA基因表达谱芯片筛选差异表达的circRNAs,利用KOBAS、Kegg等数据库及miRanda、Cytoscape等软件系统进行相关生物信息学分析,探索急性Stanford A型主动脉夹层可能的信号通路及调控机制。结果:1、通过组间比对,急性Stanford A型主动脉夹层组与对照组存在588个差异表达的circRANs,差异表达上调的363个,差异表达下调的225个。2、GO分析显示急性Stanford A型主动脉夹层组差异表达的circRNAs涉及细胞组分31条,包括extracellular space,lami...
【文章来源】：南华大学湖南省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
所有10例组织样本提取总RNA的扫描图
图 3.1 所有 10 例组织样本提取总 RNA 的甲醛变性凝胶电泳图3.2.3 基因芯片扫描图本实验研究利用 Agilent 芯片扫描仪（G2565CA）对清洗后的芯片进行扫描，得到 10 张扫描图片（图 3.2）。每个基因在图片上显示为一个光点，光点越亮则表示该基因的表达量越高。而后该扫描图可经软件（本实验利用 Agilent GeneSpring 软件）把图中的每一光点及其亮度转化为数值表达并输出文本，以用于后续进一步差异分析。
3.3 火山图（Volcano Plot）直观的显示急性 Stanford A 型主动脉夹表达的 circRNAs：图中水平灰线对应 p 值=0.5，两条垂直灰线对应差异倍数为 2。红色圆调的 circRNAs，绿色圆点代表差异表达下调的 circRNAs，黑色圆点代表差异的 circRNAs。 差异表达的 circRNAs 的聚类分析层聚类分析是分析 circRNAs 表达数据运用比较普遍的聚类分析ster3.0 软件对差异表达的 circRNAs 数据进行分层聚类分析并制 Stanford A 型主动脉夹层组与对照组升主动脉血管壁中As 表达水平的聚类分析结果图，直观的显示了两组组织样本间RNAs，且图中显示超过一半差异表达的 circRNAs 在急性 Stanfo层组织中呈现高表达。图中纵坐标中每一刻度代表一个 circRNA
【参考文献】：
期刊论文
[1]miR-4306通过MAPK/ERK信号通路抑制血管紧张素Ⅱ诱导的主动脉夹层的形成[J]. 赵永波,岳月红,王彦芝,赵伟超,冯光兴. 华中科技大学学报(医学版). 2018(04)
[2]我国Stanford A型主动脉夹层诊疗进展与挑战[J]. 孙立忠,李建荣. 浙江医学. 2017(19)
[3]microRNA与获得性主动脉疾病分子病因的研究进展[J]. 胡海瓯,程力剑,朱俊明,孙立忠. 中华胸心血管外科杂志. 2016 (06)
[4]炎症、基质金属蛋白酶降解、氧化应激在腹主动脉瘤发病机制中的研究进展[J]. 李方达,任华亮,郑月宏. 血管与腔内血管外科杂志. 2015(01)
[5]主动脉夹层相关蛋白及信号通路研究进展[J]. 邹帅,杨建安,刘银河. 中国动脉硬化杂志. 2015(05)
[6]急性主动脉夹层与正常对照主动脉组织基因的差异表达[J]. 王晓建,黄毕,张良,苏文君,路天怡,田力,杨艳敏,张澍,樊晓寒,惠汝太. 中国分子心脏病学杂志. 2014(01)
[7]Loeys-Dietz综合征与主动脉疾病[J]. 李军,赖颢,王春生. 中华胸心血管外科杂志. 2013 (12)
[8]MAPK信号通路对细胞骨架调控作用的研究进展[J]. 孙瑜,徐立红. 癌变·畸变·突变. 2013(03)
[9]应用基因芯片初步分析主动脉夹层与正常主动脉微小RNA的差异表达[J]. 胡孜阳,罗建方,钟诗龙,薛凌,陈逸飞,范瑞新. 中华心血管病杂志. 2012 (05)
博士论文
[1]Stanford A型主动脉夹层LncRNA/mRNA表达谱的研究与生物信息学分析[D]. 郑佳予.复旦大学 2014
硕士论文
[1]Stanford A型急性主动脉夹层LncRNA/mRNA差异性表达分析[D]. 卢耀星.南华大学 2016
本文编号：3618709
【文章来源】：南华大学湖南省
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
所有10例组织样本提取总RNA的扫描图
图 3.1 所有 10 例组织样本提取总 RNA 的甲醛变性凝胶电泳图3.2.3 基因芯片扫描图本实验研究利用 Agilent 芯片扫描仪（G2565CA）对清洗后的芯片进行扫描，得到 10 张扫描图片（图 3.2）。每个基因在图片上显示为一个光点，光点越亮则表示该基因的表达量越高。而后该扫描图可经软件（本实验利用 Agilent GeneSpring 软件）把图中的每一光点及其亮度转化为数值表达并输出文本，以用于后续进一步差异分析。
3.3 火山图（Volcano Plot）直观的显示急性 Stanford A 型主动脉夹表达的 circRNAs：图中水平灰线对应 p 值=0.5，两条垂直灰线对应差异倍数为 2。红色圆调的 circRNAs，绿色圆点代表差异表达下调的 circRNAs，黑色圆点代表差异的 circRNAs。 差异表达的 circRNAs 的聚类分析层聚类分析是分析 circRNAs 表达数据运用比较普遍的聚类分析ster3.0 软件对差异表达的 circRNAs 数据进行分层聚类分析并制 Stanford A 型主动脉夹层组与对照组升主动脉血管壁中As 表达水平的聚类分析结果图，直观的显示了两组组织样本间RNAs，且图中显示超过一半差异表达的 circRNAs 在急性 Stanfo层组织中呈现高表达。图中纵坐标中每一刻度代表一个 circRNA
【参考文献】：
期刊论文
[1]miR-4306通过MAPK/ERK信号通路抑制血管紧张素Ⅱ诱导的主动脉夹层的形成[J]. 赵永波,岳月红,王彦芝,赵伟超,冯光兴. 华中科技大学学报(医学版). 2018(04)
[2]我国Stanford A型主动脉夹层诊疗进展与挑战[J]. 孙立忠,李建荣. 浙江医学. 2017(19)
[3]microRNA与获得性主动脉疾病分子病因的研究进展[J]. 胡海瓯,程力剑,朱俊明,孙立忠. 中华胸心血管外科杂志. 2016 (06)
[4]炎症、基质金属蛋白酶降解、氧化应激在腹主动脉瘤发病机制中的研究进展[J]. 李方达,任华亮,郑月宏. 血管与腔内血管外科杂志. 2015(01)
[5]主动脉夹层相关蛋白及信号通路研究进展[J]. 邹帅,杨建安,刘银河. 中国动脉硬化杂志. 2015(05)
[6]急性主动脉夹层与正常对照主动脉组织基因的差异表达[J]. 王晓建,黄毕,张良,苏文君,路天怡,田力,杨艳敏,张澍,樊晓寒,惠汝太. 中国分子心脏病学杂志. 2014(01)
[7]Loeys-Dietz综合征与主动脉疾病[J]. 李军,赖颢,王春生. 中华胸心血管外科杂志. 2013 (12)
[8]MAPK信号通路对细胞骨架调控作用的研究进展[J]. 孙瑜,徐立红. 癌变·畸变·突变. 2013(03)
[9]应用基因芯片初步分析主动脉夹层与正常主动脉微小RNA的差异表达[J]. 胡孜阳,罗建方,钟诗龙,薛凌,陈逸飞,范瑞新. 中华心血管病杂志. 2012 (05)
博士论文
[1]Stanford A型主动脉夹层LncRNA/mRNA表达谱的研究与生物信息学分析[D]. 郑佳予.复旦大学 2014
硕士论文
[1]Stanford A型急性主动脉夹层LncRNA/mRNA差异性表达分析[D]. 卢耀星.南华大学 2016
本文编号：3618709
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