基于联合探针锚定聚合测序的地中海贫血基因检测技术的建立及应用

发布时间：2023-10-06 18:53

　　地中海贫血在东南亚、地中海等沿海地区携带率高,是目前世界上发病率最高的遗传性溶血疾病。其致病基理为α或β珠蛋白链单一或复合的结构异常或合成异常导致的遗传性贫血。从对应的基因层面上讲,是由于α珠蛋白和β珠蛋白的编码基因(HBA1、HBA2和HBB)序列发生突变或缺失等变异所致,该基因变异可以通过测序的方法来检测并确诊。基于边合成边测序的NGS法成本低,检测通量高,是目前应用最广泛的方法。而市面上主流的NGS平台如Hiseq、Miseq系列测序仪器及配套试剂,其供应、技术及成本等均受限于国外,其临床应用不利于大规模地中海贫血的筛查。本文主要研究一款基于联合探针锚定聚合测序技术的国产自主研发的第二代测序平台MGISEQ-2000在地中海贫血基因检测中的应用。在一般的目的片段扩增及建库方法的基础上,使用329例已知结果的地中海贫血样本进行研发,优化了引物及实验检测流程,建立了信息分析方法。最后使用该方法检测了2000份经Hiseq-2500平台检测过的样本,分析该方法的性能。研究结果如下:1)通过对地中海贫血基因各类变异型序列的比对研究,重新设计了一系列用于扩增地中海贫血突变型与缺失型目的基因...

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 地中海贫血背景介绍
    1.2 地中海贫血基因检测技术
        1.2.1 用于检测α-地中海贫血大片段缺失型的主要方法
        1.2.2 用于检测α-地中海贫血与β-点突变型的主要方法
        1.2.3 第二代高通量测序技术
    1.3 高通量测序技术发展
    1.4 联合探针锚定聚合测序技术的应用
    1.5 本研究目的
第二章 研究材料与方法
    2.1 实验材料
        2.1.1 主要试剂
        2.1.2 主要耗材
        2.1.3 主要仪器
    2.2 实验方法
        2.2.1 样本收集
        2.2.2 检测原理及流程
        2.2.3 引物设计
        2.2.4 引物稀释
        2.2.5 基因组DNA提取
        2.2.6 PCR扩增
        2.2.7 文库构建
        2.2.8 片段分离
        2.2.9 上机测序
        2.2.10 信息分析
第三章 结果与分析
    3.1 地贫目标基因片段成功获得
        3.1.1 地贫基因引物序列设计
        3.1.2 DNA成功提取
        3.1.3 扩增产物电泳结果
        3.1.4 地贫基因引物验证
    3.2 地贫文库大小片段的成功获得
        3.2.1 文库核酸片段分离
        3.2.2 测序下机数据分析
    3.3 地贫基因信息分析
        3.3.1 缺失型地贫信息分析
        3.3.2 非缺失型地贫信息分析
        3.3.3 地贫基因分型方法的验证
第四章 讨论
    4.1 技术的优缺点
    4.2 本研究技术难点
    4.3 总结
参考文献
附录
攻读硕士学位期间取得的研究成果
致谢
附件



本文编号：3852274