高血压相关基因生物数据库平台的构建

发布时间：2017-07-30 10:25

  本文关键词：高血压相关基因生物数据库平台的构建

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【摘要】：高血压是一种复杂的疾病,随着高血压疾病发病率的增加,高血压以及高血压的并发症严重威胁人类的健康。因此提高人们对高血压疾病的重视,对高血压疾病的早预防、早治疗起到关键的作用。随着生物学领域的不断发展,生物数据的不断增加,从而使大型数据库的数据量不断增长,增加了获得数据难度。为了方便研究人员更快捷高效的获得需要的数据,就要建立本地二级数据库,然后将整合相关的数据存放到本地数据库里。通过对高血压的数据与生物数据库的认识,关于高血压的相关生物数据库也比较少,内容也不够完整,为了能使高血压的数据库不断的更新与完善,将相关基因的数据存放到数据库中,可以通过搜索得到高血压的相关数据,所以设计高血压相关基因的生物数据库来存储这些相关数据,通过高血压数据库的平台,可以更好的获得相关基因数据,从而对高血压数据进行的相关分析研究提供方便。本文针对高血压疾病的研究,建立了本地二级数据库,高血压相关数据主要来自于网络数据库NCBI和实验采集获得的数据,根据高血压相关基因数据的属性特征,设计数据库模块,主要分为基本生物信息库和snp数据库两个模块,为每个数据库创建相关的数据表。高血压相关基因的数据库创建是在Linux操作系统下,搭建集成开发环境Xampp,该环境是Apache服务器,My SQL数据库和PHP编程语言等的集成,基于CS技术上创建以My SQL为基础的关系型数据库,将相关数据导入到数据表中,通过用PHP等相关的编程语言来实现对数据库的关键词的检索,而且该数据库也整合了Blast的搜索方法进行数据的相关检索,使创建的高血压相关数据库得到更好的应用。Bio Linux系统下搭建Bio Mart分析平台,配置Java环境,Cytoscape、JBrowse等分析软件的研究与应用。对样本采集数据进行了基因筛选、基因确定的分析操作和高血压相关数据的分析,对HIF1a基因序列用perl语言编程来实现genbank内容的可视化,对相关的基因序列进行序列比对来分析序列之间的相似性,通过对基因利用相关软件以及一些方法来进行分析,使我们对生物信息学的相关知识有了更好的认识。
【关键词】：高血压 生物数据库 高血压相关基因 MySQL perl
【学位授予单位】：青海师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R544.1;TP311.13
【目录】：

• 中文摘要3-4
• Abstract4-8
• 第一章 绪论8-14
• 1.1 高血压及其研究的重要性8
• 1.2 生物信息学的概要8-10
• 1.3 高血压数据分析及生物信息学发展的国内外研究10-12
• 1.3.1 高血压数据分析的国内外研究10-11
• 1.3.2 生物信息学发展的国内外研究11-12
• 1.4 论文课题来源与主要内容及章节安排12-14
• 1.4.1 论文的课题来源12
• 1.4.2 论文的主要内容12-13
• 1.4.3 论文的章节安排13-14
• 第二章 数据挖掘与生物数据库14-21
• 2.1 数据挖掘14-15
• 2.1.1 数据挖掘的概述14
• 2.1.2 数据挖掘的方法14-15
• 2.2 生物数据库的概论15-20
• 2.2.1 生物数据库15-16
• 2.2.2 生物数据库的分类16-17
• 2.2.3 生物数据的格式17-19
• 2.2.4 生物数据库的应用19-20
• 2.3 本章小结20-21
• 第三章 高血压相关基因数据库平台构建21-38
• 3.1 高血压相关基因数据的来源21-25
• 3.1.1 实验样本的采集21
• 3.1.2 相关数据的来源21-23
• 3.1.3 数据的获取23
• 3.1.4 数据的处理23-25
• 3.2 数据库的环境搭建及体系结构25-29
• 3.2.1 数据库建立的目标25
• 3.2.2 开发环境25
• 3.2.3 环境搭建及编程语言25-28
• 3.2.4 数据库的体系结构28-29
• 3.3 数据库的模块设计29-33
• 3.4 数据集成的导入33-34
• 3.5 数据库的检索34-36
• 3.5.1 数据库检索方法34-36
• 3.5.2 数据库检索实现技术36
• 3.6 本章小结36-38
• 第四章 生物数据分析模块38-53
• 4.1 分析平台与相关技术38-43
• 4.1.1 biolinux平台38
• 4.1.2 数据分析的编程语言38-39
• 4.1.3 数据的相关分析软件39-41
• 4.1.4 数据的分析工具41-43
• 4.2 采样数据的数据分析43-45
• 4.2.1 基因的筛选43
• 4.2.2 基因的确定43-44
• 4.2.3 RNA基因提取和cDNA的合成44-45
• 4.3 相关数据分析的可视化45-52
• 4.3.1 可视化的概述45-46
• 4.3.2 差异表达基因可视化分析46
• 4.3.3 HIF1A基因分析的可视化46-49
• 4.3.4 相关基因的序列比对49-52
• 4.4 本章小结52-53
• 第五章 总结与展望53-55
• 5.1 论文工作总结53
• 5.2 今后工作展望53-55
• 参考文献55-58
• 附录58-60
• 致谢60-61
• 个人简历和在学期间发表的学术论文61

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本文编号：593790