鼻咽癌放疗敏感性相关的IncRNAs差异表达谱研究

发布时间：2020-11-01 15:56

　　 [目的]本研究通过使用新一代测序(转录组测序)技术来获得鼻咽癌放疗前后的血液lncRNA差异表达谱,研究lncRNA在鼻咽癌中的作用机制,并为寻找鼻咽癌放疗敏感相关的血液lncRNA标记物提供实验依据,为鼻咽癌临床个体化放疗提供支持。[方法]选取单纯接受放射治疗的鼻咽癌患者作为研究对象,收集研究对象的放疗前以及标准放疗后的外周静脉血标本,提取其中的RNA,检测总RNA纯度,通过采用全转录组测序检测放疗前后lncRNA的表达量变化,从而获得鼻咽癌放疗前后lncRNA的差异表达谱,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)对差异表达谱进行验证。利用生物信息学软件对测序数据进行分析,运用基因本体论(GO)分析和通路富集分析方法,对差异表达的lncRNA及其靶基因进行分析,获得与鼻咽癌放疗敏感性相关的信号通路和可能参与的细胞成分、分子功能以及生物学过程。运用实时荧光定量PCR,在30例鼻咽癌患者中检测lnc-CRTC3-3的相对表达量,并分析其与鼻咽癌临床病理参数之间的关系。利用Graphpad Prism 5软件进行统计分析并作图。[结果]1.全转录组测序lncRNA检测结果:共有1097个lncRNAs在放疗前后的表达差异具有统计学意义(P值0.05,且log2(fold change)的绝对值0),包括418个表达上调的lncRNAs和679个表达下调的lncRNAs。2.基因本体论(GO)分析结果:通过对差异表达lncRNA的靶基因进行GO富集分析得到:富集程度最高的生物学过程(BP)是细胞过程(cellular process),富集程度最高的细胞成分(CC)是细胞内部分(intracellular part),富集程度最高的分子功能(MF)是蛋白质结合功能(protein binding)。3.KEGG富集通路分析结果:我们将差异表达lncRNA的靶基因进行KEGG富集分析得到10条相关信号通路,其中比较关键的通路是N-聚糖生物合成通路。4.实时荧光定量PCR对差异表达谱的验证结果:实验各选取2个变化明显的上调lncRNA(lnc-SURF2-1、lnc-KXD1-1)和下调lncRNA(lnc-EPS8L2-3、lnc-CRTC3-3),并检测它们在鼻咽癌放疗前及放疗后的血液样本中的表达情况,结果证实基因上调和下调的趋势与测序结果一致。5.lnc-CRTC3-3在鼻咽癌中的表达及其与鼻咽癌临床病理参数之间的相关性分析结果:lnc-CRTC3-3的表达水平与鼻咽癌患者临床分期(P=0.0125),分化程度(P=0.0031)及放射敏感性(P=0.0139)密切相关,而lnc-CRTC3-3的表达水平与患者的性别、年龄、是否有吸烟史、有否淋巴结转移没有明显的相关性。[结论]1.获得了NPC放疗敏感性相关的lncRNAs差异表达谱。2.lncRNA通过相关信号通路影响NPC细胞对放疗的敏感性。3.lnc-CRTC3-3的表达水平与鼻咽癌患者临床分期、分化程度以及与放疗的敏感性密切相关;lnc-CRTC3-3有可能成为鼻咽癌预测放疗敏感性的潜在标志物。
【学位单位】：南华大学
【学位级别】：硕士
【学位年份】：2018
【中图分类】：R739.63
【部分图文】：

第 3 章 结果RNA 质检结果测的放疗前及标准放疗后的血液样本的 RNA 质量与总量，清晰的 5s，18s，28s 条带，无明显降解（图 3.1）；2260/280≥1.8 ，28S/18S≥1.0（表 3.1）；3、RIN≥6.5（图果

图 3.1 总 RNA 电泳结果M：Marker；1：放疗前；2：放疗后2）Qubit 检测结果表 3.1 放疗前后样本 RNA 定量检测样本 样本名 OD260/280 浓度 (ng/μL) 体积 (μL) 总量 (μg1 放疗前 2.10 175 30 5.252 放疗后 2.02 120 30 4.603) 2100 检测结果

采用 Illumina 测序平台，2×150bp 双端测序策略对文库进行测序。3.2.1 测序原始数据质量评估1）本实验测序数据量统计（见表 3.2）表 3.2 测序数据量统计样本名称 原始序列数 原始碱基数 Q20 Q30 GC%放疗前 186587058 25852691943 95.51% 90.10% 56.25%放疗后 188234336 25969814702 95.91% 90.79% 56.70%注：原始序列数（Raw reads）表示各样本的总序列数，原始碱基数（Raw bases）表示各样本的碱基总数，Q20 表示碱基的测序错误率在 1%以下 reads 所占比例，Q30 表示碱基的测序错误率在 0.1% 以下 reads 所占比例，GC%表示各样本中 reads 的平均 GC 含量百分数。2）本实验原始数据碱基质量分布（见图 3.3）
【参考文献】

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本文编号：2865760