HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂药效团模型构建及新抑制剂的搜索

发布时间：2017-11-06 02:34

  本文关键词：HIV-1非核苷类逆转录酶抑制剂药效团模型构建及新抑制剂的搜索

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【摘要】：【目的】构建I型人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)非核苷类逆转录酶抑制剂(nonnucleoside reverse transcriptase inhibitors,NNRTIs)的药效团模型,通过对中药化学数据库(traditional Chinese medicine database,TCMD)的搜索,在中药中寻找新型抗耐药的NNRTIs。【方法】从已知的NNRTIs与逆转录酶复合物的晶体结构出发,通过构象分析和药效团识别等方法,构建NNRTIs的药效团模型并检验其可靠性;基于药效团模型对TCMD进行数据库搜索,发现新型潜在的NNRTIs。【结果】从PDB中检索出2010年至2014年RT与NNRTIs复合物的晶体结构30个,从中抽提出其活性配体,建立了一个包含30个活性配体的小分子数据库;通过对上市药物TMC278和TMC125及高活性抑制剂DJZ的构象叠合和药效特征基团分析构建了新的NNRTIs药效团模型,该模型包含了5个药效特征基团;以符合这5个药效特征基团中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中验证性搜索出18个化合物,检出率为60.0%;基于五点药效团模型对TCMD进行数据库搜索得到272个化合物。【结论】以TMC278、TMC125和DJZ构建的五点药效团模型,以符合其中任意4个为条件,在活性配体小分子数据库中的检出率达到60.0%,表明所建药效团模型是可靠的。
【作者单位】： 武警后勤学院基础部药物设计实验室;天津市职业与环境危害生物标志物重点实验室;武警后勤学院训练部教保处;武警后勤学院附属医院药剂科;
【基金】：国家自然科学基金项目(81241114;30472166) 天津市科技攻关计划重点科技攻关专项基金资助项目(06YFGZSH07000)
【分类号】：R91
【正文快照】： 艾滋病(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)即获得性免疫缺陷综合征,是一种由人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染而导致一系列条件致病微生物感染和肿瘤发生的致命性综合征[1]。HIV属于逆转录病毒科慢病毒属中的灵长类免疫缺陷病毒亚属,分为HIV-

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本文编号：1146998