羟基苯甲腈类抑制剂与Cdc25B磷酸酯酶相互作用的结合位点残基观察

发布时间：2018-03-23 18:46

  本文选题：双特异性蛋白磷酸酶　切入点：Cdc磷酸酯酶　出处：《山东医药》2015年23期

【摘要】：目的观察羟基苯甲腈类抑制剂与Cdc25B磷酸酯酶相互作用的结合位点残基。方法利用分子动力学模拟的方法观察羟基苯甲腈类抑制剂A8H、3M8与Cdc25B磷酸酯酶之间的氢键作用和相互作用能,确定羟基苯甲腈类抑制剂与Cdc25B磷酸酯酶相互作用的结合位点残基。结果 A8H与Cdc25B结合位点残基Y382、D397、K399、R485、R488、R492形成氢键的概率分别为0、2.00%、0.40%、0.60%、0、0,而3M8与Cdc25B结合位点残基Y382、D397、K399、R485、R488、R492形成氢键的概率分别为11.38%、12.97%、0.80%、4.19%、94.41%、97.21%。D397、L398、C484、R485、R488、M505与A8H形成了较强相互作用(相互作用能数值分别为-2.40、-2.50、-2.30、-3.20、-4.00、-1.80 kcal/mol),Y382、D397、L398、C484、R485、R488、R492、M505与3M8形成了较强相互作用(相互作用能数值分别为-1.90、-5.30、-3.40、-1.00、-5.10、-19.40、-21.60、-1.50 kcal/mol)。结论羟基苯甲腈类抑制剂与Cdc25B磷酸酯酶的结合位点残基为Y382、D397、L398、C484、R485、R488、R492、M505。
[Abstract]:Objective to observe the binding site residues of hydroxybenzonitrile inhibitors interacting with Cdc25B phosphatase. Methods the hydrogen bond and interaction energy between hydroxybenzonitrile inhibitors A8Hn3M8 and Cdc25B phosphatase were observed by molecular dynamics simulation. The binding site residues of hydroxybenzonitrile inhibitors interacting with Cdc25B phosphatase were determined. Results the probability of forming hydrogen bond between A8H and Cdc25B binding site Y382D397N K399N R485N R488N R492 was 0.400.600.The hydrogen bond between 3M8 and Cdc25B binding site Y382D397K399N R485R488R492 was obtained. The rates were 11.3812.970.800.197.21. D397L398C488R485R488M505 formed a stronger interaction with A8H (the interaction energy values were -2.40-2.30-2.30-3.20- 4.00-1.80 kcalmol / r = 3.382D397N / L 398R484R488R492M505) and 3M8 (the interaction energy values were -1.90um -5.30- -3.40-1.00-1.40-1.60-1.60-1.50kmol / mol = 1.80 kcalmol / r = 1.80 kcalmol / r = 1.382D397N / L 398C484R484R488R492M505 and 3M8 respectively. Conclusion the interaction energy is -1.90nil -5.30- 1.40-1.60-1.50kmol / mol = 1.50kmol / L = 1.80kcalmol / r = 1.80 kcalmol / r = 1.382D397N / L 398R484R488R492M505 / R488R492M505 / R488R492M505 / R488R492M505 / R488R492M505, respectively. The binding site residue is Y382D397L398C484C485C488R488C492M505.
【作者单位】： 天津医科大学第二医院;
【分类号】：R96

【共引文献】

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本文编号：1654721