细菌素数据库的构建及信息分析
本文选题：细菌耐药性 + 抗菌肽 ； 参考：《中国抗生素杂志》2017年05期
【摘要】：目的建立细菌素数据库,并对已知的细菌素信息进行了统计和分析,可为新型细菌素的设计和研发提供帮助。方法检索大型蛋白质数据库,收集文献中报道的细菌素;使用My SQL、Perl、php My Admin、Apache、File Zilla、HTML和PHP等软件和语言进行数据库网站的建立。结果收集到了407条细菌素,包括43个PDB结构和2105条活性数据,对细菌素序列信息、结构信息、修饰信息、来源信息、分类信息、活性信息和物化信息进行了详细描述,建立了免费的AMPs from bacterial数据库网站(网址:http://bacteriocins.cpu-bioinfor.org/),提供了搜索(search)、浏览(browse)和相似性比对(blast)等功能。结论本研究建立的细菌素数据库收集了较全面的信息,对于新型细菌素的研发可起到促进作用。
[Abstract]:Objective to establish the database of bacteriocin and analyze the known information of bacteriocin, which can be helpful for the design and development of new bacteriocin. Methods A large protein database was searched and the bacteriocins reported in the literature were collected. Results 407 bacteriocins were collected, including 43 PDB structures and 2105 active data. The sequence information, structural information, modification information, source information, classification information, activity information and physicochemical information of bacteriocin were described in detail. A free AMPs from bacterial database (+ http.cpu-bioinfor.org / r.org.or.org.or.org. com) has been set up to provide search, browse browseand similarity comparison for blast.org. Conclusion the database of bacteriocin collected comprehensive information, which can promote the development of new bacteriocin.
【作者单位】： 中国药科大学生命科学与技术学院;南京外国语学校;
【基金】：国家高技术研究发展计划资助项目(863计划)(No.2012AA020304) 江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
【分类号】：R915;TP311.13
【参考文献】
相关期刊论文 前2条
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【共引文献】
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【二级参考文献】
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本文编号：1815668
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