一种基于计数型布隆过滤器的分子相似性算法研究
发布时间：2018-11-06 17:41
【摘要】：分子相似性是虚拟筛选技术的重要环节,在计算机辅助药物设计中有着关键作用。在2D Fingerprint相似性判别过程中,一些典型的分子相似性评估过程使用了Hash函数进行分子指纹映射,然而Hash函数固有的冲突问题极易降低分子指纹的映射精度。提出了一种基于计数型布隆过滤器的指纹映射方法,对相似性判别过程进行了有效改进,并采用DUD LIB VS 1.0数据集对改进方法进行了比较验证,将ROCE,AUC,awROCE,awAUC值作为评价标准。与其他原始分子相似性方法相比,所提方法有效地提高了相似性判断的准确性和骨架跃迁能力。
[Abstract]:Molecular similarity is an important part of virtual screening technology and plays a key role in computer aided drug design. In the process of 2D Fingerprint similarity discrimination, some typical molecular similarity evaluation processes use Hash function to map the molecular fingerprint. However, the inherent conflict problem of Hash function can easily reduce the mapping accuracy of the molecular fingerprint. A fingerprint mapping method based on counting Bron filter is proposed. The similarity discriminating process is improved effectively. The improved method is compared with DUD LIB VS 1.0 data set, and ROCE,AUC,awROCE, is compared. The awAUC value was used as the evaluation standard. Compared with other primitive molecular similarity methods, the proposed method can effectively improve the accuracy of similarity judgment and the ability of skeleton transition.
【作者单位】： 宁夏大学信息工程学院;中国人民武装警察部队工程大学;
【基金】：国家自然科学基金(71561023) 宁夏高等学校科学研究(NGY2015035) 国家社科基金(15GJ003-290) 宁夏大学创新项目基金(GIP201626)资助
【分类号】：R91;TP391.7
本文编号：2315016
[Abstract]:Molecular similarity is an important part of virtual screening technology and plays a key role in computer aided drug design. In the process of 2D Fingerprint similarity discrimination, some typical molecular similarity evaluation processes use Hash function to map the molecular fingerprint. However, the inherent conflict problem of Hash function can easily reduce the mapping accuracy of the molecular fingerprint. A fingerprint mapping method based on counting Bron filter is proposed. The similarity discriminating process is improved effectively. The improved method is compared with DUD LIB VS 1.0 data set, and ROCE,AUC,awROCE, is compared. The awAUC value was used as the evaluation standard. Compared with other primitive molecular similarity methods, the proposed method can effectively improve the accuracy of similarity judgment and the ability of skeleton transition.
【作者单位】： 宁夏大学信息工程学院;中国人民武装警察部队工程大学;
【基金】：国家自然科学基金(71561023) 宁夏高等学校科学研究(NGY2015035) 国家社科基金(15GJ003-290) 宁夏大学创新项目基金(GIP201626)资助
【分类号】：R91;TP391.7
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，本文编号：2315016
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