九莲城淖尔药用放线菌资源勘探及特境放线菌新资源的多相分类
发布时间：2019-11-16 20:45
【摘要】：抗生素的有效性伴随着抗生素的使用正在减弱,要保证抗生素能被人类持续利用,一方面采取有效措施减少抗生素的使用,以达到最合理地使用抗生素；另一方面,对抗生素的有效性进行改进更新,包括提高现有抗生素的效力和开发新的抗生素。与全球细菌耐药泛滥形成鲜明对比的是,新抗生素研发相对迟缓。以放线菌为主的微生物是抗生素的重要来源,对于新抗生素的发现,除了创新现有筛选策略外,药用微生物资源问题也是导致新抗生素研发迟缓的瓶颈问题之一。特境药用放线菌资源的开发成为当前的一个研究热点。基于以上研究背景,本论文选择盐湖这一特境,开展了九莲城淖尔药用放线菌资源勘探及3株特境放线菌新资源的多相分类研究,主要开展了以下研究工作：一、对九莲城淖尔来源的土壤样品进行放线菌的分离；从中选取代表菌株进行摇瓶发酵、提取代谢产物并对其进行抗菌活性筛选；同时对代表菌株进行Ⅰ型聚酮合酶(PKSⅠ)KS域、Ⅱ型聚酮合酶(PKSⅡ)KS域和非核糖体多肽合成酶(NRPS)A结构域抗生素生物合成基因的检测。从11份土壤样品中分离纯化到251株放线菌,归属于10个目15个科31个属,优势菌属为链霉菌属和拟诺卡氏菌属；其中37株可能为放线菌新物种。96株放线菌活性筛选结果显示,56株至少对一种检定菌具有抗菌活性,阳性率较高,并且筛选到了多株对耐药革兰阴性菌有抗性的菌株；96株放线菌中84株至少携带3种生物合成基因中的1种,阳性率高。二、九莲城淖尔来源嗜盐菌株J11Y309的多相分类菌株J11Y309T与糖霉菌科Salininema proteolyticum Miq-4T、Paraglycomyces exinjiangensis TRM 49201T和Haloglycomyces albus YIM 92370T的同源性最高,16SrRNA基因序列相似度分别为95.80%、95.77%和94.84%,P. xinjiangensis TRM 49201T和S. proteolyticum Miq-4T的同源性为99.5%。系统发育树显示菌株J11Y309T和S. proteolyticum Miq-4T、P. xinjiangensis TRM 49201T、H. albus YIM 92370T在糖霉菌科内聚成一簇,并且它在该进化枝内形成了独立的分枝。综合多相分类学的研究结果,提出菌株J11Y309T代表糖霉菌科新属新种,命名为白色盐湖杆菌,同时,将Paraglycomyces xinjiangensis Luo et al.2015重新分类为Salininema proteolyticum Nikou ef al.2015的一株异名同种菌株,并对Salininema属和Salininema proteolyticum的描述进行了补充修订。三、九莲城淖尔来源耐盐菌株J12GA03的多相分类菌株J12GA03T与棒杆菌目 Amycolicicoccus subflavus DQS3-9A1T和Hoyosella altamirensis OFN S31T同源性最高,16S rRNA基因序列相似度分别为98.18%和97.75%；序列比对还发现,A. subflavus DQS3-9A1T和H. altamirensis OFN S31T同源性为99.77%。系统发育树显示菌株J12GA03T、A. subflavus DQS3-9A1T和H. altamirensis OFN S31T在进化树内聚成一小簇,并且菌株J12GA03T形成独立的分枝；三菌株形成的进化枝邻近分枝杆菌科分枝杆菌属的进化枝。综合多相分类学的研究结果,提出菌株J12GA03T为Hoyosella属新种,命名为Hoyosella rhizosphera;同时,将Amycolicicoccus subflavus Wang et al2010重新分类为Hoyosella altamirensis Jurado et al.2009的一株异名同种菌株,并对Hoyosella属的描述进行了补充修订。根据系统发育分析结果,提出Hoyosella属为棒杆菌目分枝杆菌科的一员。四、神仙洞来源菌株S6R2A4-9的多相分类系统发育树显示菌株S6R2A4-9T位于类诺卡氏菌科腾格里菌属的进化枝内,并且该菌株与腾格里菌属Tenggerimyces mesophilus I12A-02601T最为相似,相似度为98.98%。菌株S6R2A4-9T与T. mesophilus I12A-02601T之间的DNA-DNA杂交值为27.6±3.0%。综合多相分类学的研究结果,提出S6R2A4-9T为腾格里属新种,命名为黄色腾格里菌。
【图文】：
率在所有ＷＨＯ地区高于２０邋％，在某些地区高于８０邋％。全球２０１１－２０１４年三代头逡逑抱耐药大肠埃希菌检出率、碳青霉蹄类耐药肺炎克雷伯菌检出率和甲氧西林耐药金逡逑黄色葡萄球菌检出率分别见图１－２、１－３和１－４。欧洲疾控中也的监测网２０１４年的报逡逑告中旨出，，２２个国家中１７个国家报道大肠埃希菌中超广谱庐内酷胺酶的阳性率逡逑为８５％－１００％，２１个国家中１７个国家报道肺炎克雷伯菌中产超广谱片－内憸胺酶的逡逑阳性率同样高于８５邋％。美国疾控中屯２０１３年统计结果口５］显示医院感染相关肠杆菌逡逑科细菌中产超广谱片内憸胺酶的阳性率可达１４邋％，肺炎克雷伯菌中产超广谱片内逡逑憸胺酶的阳性率为２３邋％。逡逑。 。皆。声万U危腻义峡衾洌蒞邋ＳＷ５邋醒邋W６0＊？３邋ＨｓｉＭＯＯ逡逑图１－２２０１１－２０１４年全球王代头抱耐药大肠埃希菌检出率（摘自美国动态疾病、经逡逑济和政策研究中私＂２０１５年全球抗生素现状＂报告）逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１－２邋Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ邋ｏｆ邋ｔｈｉｒｄ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ邋ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｎｓ邋ｒｅｓｉｓｔａｎｔ邋ｃｏ／／，邋ｂｙ邋ｃｏｕｎｔｒｙ逡逑ｉｎ邋２０１１－２０１４邋（ｃｉｔｅｄ邋ｆｒｏｍ邋ｉ＾ｅｐｏｒｔ邋＂Ｓｔａｔｅ邋ｏｆ邋ｔｈｅ邋ＷｏｒｌｃＴｓ邋Ａｎｔ邋Ａｉｏｔｉｃｓ
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【学位授予单位】：北京协和医学院
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R915
本文编号：2561991
【图文】：
率在所有ＷＨＯ地区高于２０邋％，在某些地区高于８０邋％。全球２０１１－２０１４年三代头逡逑抱耐药大肠埃希菌检出率、碳青霉蹄类耐药肺炎克雷伯菌检出率和甲氧西林耐药金逡逑黄色葡萄球菌检出率分别见图１－２、１－３和１－４。欧洲疾控中也的监测网２０１４年的报逡逑告中旨出，，２２个国家中１７个国家报道大肠埃希菌中超广谱庐内酷胺酶的阳性率逡逑为８５％－１００％，２１个国家中１７个国家报道肺炎克雷伯菌中产超广谱片－内憸胺酶的逡逑阳性率同样高于８５邋％。美国疾控中屯２０１３年统计结果口５］显示医院感染相关肠杆菌逡逑科细菌中产超广谱片内憸胺酶的阳性率可达１４邋％，肺炎克雷伯菌中产超广谱片内逡逑憸胺酶的阳性率为２３邋％。逡逑。 。皆。声万U危腻义峡衾洌蒞邋ＳＷ５邋醒邋W６0＊？３邋ＨｓｉＭＯＯ逡逑图１－２２０１１－２０１４年全球王代头抱耐药大肠埃希菌检出率（摘自美国动态疾病、经逡逑济和政策研究中私＂２０１５年全球抗生素现状＂报告）逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１－２邋Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ邋ｏｆ邋ｔｈｉｒｄ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ邋ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｎｓ邋ｒｅｓｉｓｔａｎｔ邋ｃｏ／／，邋ｂｙ邋ｃｏｕｎｔｒｙ逡逑ｉｎ邋２０１１－２０１４邋（ｃｉｔｅｄ邋ｆｒｏｍ邋ｉ＾ｅｐｏｒｔ邋＂Ｓｔａｔｅ邋ｏｆ邋ｔｈｅ邋ＷｏｒｌｃＴｓ邋Ａｎｔ邋Ａｉｏｔｉｃｓ
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【学位授予单位】：北京协和医学院
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R915
本文编号：2561991
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