基于系统思维的癌症药物靶点生物信息学研究

发布时间：2021-05-06 06:08

　　随着癌症控制成为全球性的卫生战略,癌症药物靶点的发现正成为近年来的研究重点。本课题基于泛癌分析,旨在探究癌症药物靶点在人类蛋白质相互作用网络中的结构和功能特征,为癌症药物靶点的寻找提供帮助。我们首先基于Pub Med数据库搜集已报道的药物靶点预测方法和模型。之后选择急性髓系白血病、乳腺癌、卵巢癌、结直肠癌等9种癌症作为研究对象,收集癌症基因表达谱数据以及每种癌症的药物靶点。通过构建人类蛋白质相互作用网络和癌症特异的蛋白质相互作用网络,分析癌症药物靶点基因在这两类网络中的拓扑性质,并结合mi RNA-m RNA调控网络对药物靶点进行跨组学分析。最后我们进行癌症药物靶点基因的生物功能分析。研究结果表明,在选取的9种癌症中药物靶点基因平均有64%是非差异表达的,这说明非差异表达基因也具有重要作用。基于癌症特异网络,我们发现大多数癌症药物靶点基因分布于差异基因的一阶和二阶邻居位置上,这说明很多癌症药物靶点基因虽然没有显著性的差异表达,但与差异表达基因有着重要关系。癌症药物靶点基因在癌症特异网络上的拓扑结构特征是:有4种癌症药物靶点基因显著地分布于度数最高的区间（p-value<0.05,... 

【文章来源】：苏州大学江苏省

【文章页数】：109 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
中文摘要
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第一章 引言
    1.1 研究背景
        1.1.1 药物靶点
        1.1.2 癌症概念与介绍
        1.1.3 基因芯片技术介绍
        1.1.4 人体内的重要基因
        1.1.5 蛋白质相互作用网络
        1.1.6 药物靶点预测方法
    1.2 癌症药物靶点研究现状
    1.3 研究意义及内容
        1.3.1 研究内容
        1.3.2 研究目的及意义
        1.3.3 创新性分析
第二章 数据收集、处理与分析
    2.1 数据收集与处理
        2.1.1 癌症药物靶点数据收集
        2.1.2 基因表达谱数据收集
    2.2 药物靶点预测工具的对比
第三章 网络构建与结构分析
    3.1 癌症蛋白质相互作用网络的构建与分析
        3.1.1 背景网络的选取
        3.1.2 癌症特异性网络的构建
    3.2 癌症药物靶点的网络特征分析
        3.2.1 在特异癌症中药物靶点基因与差异表达基因的关系
        3.2.2 癌症药物靶点的网络拓扑结构分析
    3.3 癌症药物靶点与miRNA-mRNA调控机制的跨组学分析
第四章 癌症药物靶点的生物功能分析
    4.1 药物靶点与生物体内关键基因的关系
        4.1.1 合成致死基因
        4.1.2 必需基因
        4.1.3 管家基因
        4.1.4 小结
    4.2 癌症药物靶点的功能富集分析
        4.2.1 功能注释
        4.2.2 通路富集分析
    4.3 癌症药物靶点基因与癌症特异网络基因的功能验证对比
        4.3.1 癌症特异网络基因本体论验证
        4.3.2 癌症特异网络疾病与生物功能验证
        4.3.3 对比与小结
    4.4 癌症药物靶点基因与差异表达基因IPA信号通路比较
        4.4.1 各个癌症药物靶点基因与差异表达基因共同IPA信号通路的分析
        4.4.2 小结
第五章 总结与展望
    5.1 课题总结
    5.2 研究展望
参考文献
附录
读硕士学位期间待发表的论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]肺癌相关基因与中心碳代谢[J]. 王晓燕,李卫东,花宝金.  中华中医药学刊. 2018(01)
[2]Helicobacter pylori and interleukin-8 in gastric cancer[J]. Ko Eun Lee,Pham Ngoc Khoi,Yong Xia,Jung Sun Park,Young Eun Joo,Kyung Keun Kim,Seok Yong Choi,Young Do Jung.  World Journal of Gastroenterology. 2013(45)

硕士论文
[1]MicroRNA生物标志物识别的模型构建[D]. 林宇鑫.苏州大学 2016



本文编号：3171391