基于基因组信息的深海放线菌Streptomyces koyangensis SCSIO 5802中次级代谢产物的挖掘

发布时间：2021-07-03 02:51

　　目的:Streptomyces koyangensis SCSIO 5802是分离自南海底泥沉积物的一株放线菌,研究发现在常规实验室条件下发酵分离得到的化合物不仅对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA）具有较强的抑制活性,还具有细胞毒性。本论文以S.koyangensis SCSIO 5802为研究对象,利用基因敲除、基因激活、培养条件优化等方法进一步挖掘该菌株生产次级代谢产物的潜力。方法:首先,采用Illumina Miseq结合第三代测序技术对S.koyangensis SCSIO5802菌株的基因组测序,得到该菌株的完成图,利用生物信息学方法分析S.koyangensis SCSIO 5802全基因组序列,并使用antiSMASH在线软件进行基因注释（http://antismash.secondarymetabolites.org/）;第二,利用PCR-targeting的方法对负责abyssomicin类和candicidin类化合物的生物合成的聚酮合酶基因abmB1和canD进行同框缺失,... 

【文章来源】：遵义医科大学贵州省

【文章页数】：117 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

PCR-Targeting技术和接合转移技术获取双交换突变株的示意图

遵义医科大学硕士学位论文 涂佳佳（4）发酵上清加入等体积的丁酮萃取，收集有机相，利用旋转蒸发仪减压浓缩，得上清浸膏。菌体沉淀加入 3 倍菌体体积的丙酮浸泡超声，收集上层丙酮有机相，利用旋转蒸发仪减压浓缩，得菌体浸膏。（5）将菌体浸膏和上清浸膏合并拌样，用馏分甲醇/氯仿或者石油醚/乙酸乙酯为 2:98，4:96，6:94，8:92，15:85，1:9，2:8，3:7，4:6，5:5 分别过硅胶分析柱。（6）将所得不同馏分的化合物进行 HPLC分析找到目标化合物。（7）根据目标化合物设定 HPLC分析程序来分离得到目标化合物。（8）将分离所得目标化合物 MS、NMR分析结构。1.4 实验技术路线

图 13 S. koyangensis SCSIO 5802AC突变株低分辨质谱分析Figure 13 Low-resolution mass spectrometry analysis of S. koyangensis SCSIO 5802ACmutant将发酵产物用高速离心机离心，分开收集菌液、菌体。菌液用丁酮萃取浓缩、菌体用丙酮萃取并浓缩，把菌体和菌液的提取物分别经 HPLC-DAD 检测分析见图 14。因为菌体和菌液经过 HPLC 检测后发现并不相同，所以将两者分开分离。

【参考文献】：
期刊论文
[1]北极新奥尔松地区地衣内生真菌的抑菌活性[J]. 付少彬,闫松,辛庆,杨忠凤,孟庆峰.  遵义医学院学报. 2016(05)
[2]三种异喹啉型生物碱的微生物转化筛选[J]. 付少彬,龙书安,张芸,李义,张茂生,孟庆峰.  遵义医学院学报. 2015(06)
[3]2010～2013之海洋微生物新天然产物[J]. 赵成英,朱统汉,朱伟明.  有机化学. 2013(06)
[4]海洋微生物次级代谢产物生物合成的研究进展[J]. 肖吉,张光涛,朱义广,张长生.  中国抗生素杂志. 2012(04)
[5]基于微生物基因组的新型天然产物发现策略[J]. 何庆,李青连,王丽非,洪斌.  国际药学研究杂志. 2012(01)
[6]海洋放线菌研究进展[J]. 田新朋,张偲,李文均.  微生物学报. 2011(02)



本文编号：3261714