基于表观遗传改变和Notch通路的养肺活血方抗肺成纤维细胞表型转化研究
【学位单位】:南京中医药大学
【学位级别】:博士
【学位年份】:2018
【中图分类】:R285.5
【部分图文】:
Methylation?Gold?Kit,?Zymo?Research),经过处理,未发生甲基化的C变成U(PCR扩增后??变为T),而甲基化的C保持不变,最后进行PCR扩增,得到最终的DNA文库。文库构建??流程图如下(图1.1):??me?ne??I?I????GCGGCATGITT?AAACGG?W??3…"GGGGGTACAAATTTGCG^??….5??Fraynentatlon??I?J?i??UCGGCA了?GTTTAMCGCT??…?玄??3-?..?GGCCG?tAC?aaattt?gc?GA?5??Fill?in?&?add?A??me?\j?m&??^??????CC?GGCATG?T?T?TA/VCGC?T??A^GGCCG丁?ACAMTTTCXGA—s??Adaptor?ligation??me?ij?rne??5?....CC6GCATGTTTAAACGCT..,-^3?—??3A.?.,.Ga:CGTACAAATTTO:G4s??Bisulfite?treatment??V??me?rr<e??f? ̄?I?1?fsT??wmmmmmmm?:T.UUGGCATGTTTAAACGUT..-.^J????■??PCR?amplification??<)^——....?—??sT?....TTGGCATGTTTAAACGTT..._.s?i?旧―獨??,A_...AACCGTACAAATTTGCAA......S??图1.?1文库构建流程图??C.
向互补)的转化,将转化后的测序结果和基因组分别进行两两比对,将所有的比对结果输??出。??Bismark比对的基本思路如下图1.3所示:??⑴将基因组序列和测序read分别作C-to-T和G-to-A转换;??(2)
析过程中设定了一组阈值(EhsanHabibietal.,2013,CaseyA.Giffordetal.,2013?),以便找??到准确的甲基化位点:(1)测序深度大于等于5;?(2)?q-value小于等于0.05。??Bismark甲基化检测的基本思路如下
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