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基于网络药理学的二陈汤治疗慢性阻塞性肺病的分子机制研究

发布时间:2021-06-23 18:41
  目的运用网络药理学研究方法探讨二陈汤治疗慢性阻塞性肺病(COPD)的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库(TCMSP)对二陈汤所包含的中药进行可能的活性成分和靶点预测;并通过相关数据库检索COPD的相关靶点。将二陈汤与COPD的共同靶点用Cytoscape 3.7.2建立成分-疾病-靶点作用网络,然后使用STRING网站进行化合物-疾病共同靶点蛋白互作分析、运用Cytoscape 3.7.2进行可视化;利用DAVID数据库进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果筛选出112个二陈汤的有效成分和142个预测靶点,COPD靶点共计509个;二陈汤与COPD的共同靶点45个;富集分析共得到得到生物学进程17个,细胞学组分2个,分子功能2个,7条KEGG通路。结果显示二陈汤作用于COPD的机制中,其主要信号通路为TNF信号通路和HIF-1信号通路。主要涉及了氧化应激、脂多糖介导的信号通路、一氧化氮合成、基因表达、血管生成、趋化因子生成、细胞凋亡、细胞增殖、RNA转录等多个生物学进程,多个生物学进程涉及了IL6、TNF、EGFR、IL1B、MAPK14、... 

【文章来源】:时珍国医国药. 2020,31(03)北大核心CSCD

【文章页数】:4 页

【部分图文】:

基于网络药理学的二陈汤治疗慢性阻塞性肺病的分子机制研究


二陈汤治疗COPD的KEGG通路分析

网络图,靶点,网络图,成分


利用 TCMSP数据库进行活性成分的靶点预测,并将所获得的预测靶点导入Uniprot数据库进行基因标准化,删除重复值后共得到作用靶点142个。将上述药物、成分及靶点导入Cytoscape软件进行网络可视化。图中蓝色六边形代表药物二陈汤,橙色菱形代表二陈汤成分节点,绿色倒三角形代表成分预测靶点,节点之间的边表示成分与靶点之间的相互作用关系。其中预测靶点按degree值进行分析,Degree值越大,表示与其他的靶点联系越密切。结果见图 1。2.3 COPD靶点预测

网络图,网络图,靶点,自由度


将二陈汤的预测靶点与COPD的预测靶点共同导入EXCEL表格查找重复值并取交集,共得到45个共同作用靶点。将此45个共同预测靶点导入 STRING 数据库,构建蛋白质—蛋白质相互作用关系(Protein-Protein Interaction,PPI)网络图,以此来寻找靶点和靶点间直接及间接作用关系。用圆圈的大小表示自由度(degree值)的大小,圆圈越大,degree值越大,参与的生物功能越多。如图2所示,图中包含45个节点,448条边,其中最小自由度2,最大自由度36,平均自由度20。关键靶点为: IL6,TP53,VEGFA,ILB1,MAPK1,PTGS2,TNF,CCL2,EGFR,EGF等。2.5 GO功能富集分析与KEGG分析

【参考文献】:
期刊论文
[1]二陈汤加味对慢性阻塞性肺疾病大鼠VEGF,VEGFR2,IL-4,ET-1的影响[J]. 谢文英,王俊月,包永生,尚立芝,李进京,吴珂,张良芝,李亮,王肖艳,宋倩红.  中国实验方剂学杂志. 2019(23)
[2]IL-6R表达及IL-6基因突变与慢性阻塞性肺疾病的相关性[J]. 梁志华,高炎超.  中国老年学杂志. 2019(16)
[3]二陈汤加味对慢性阻塞性肺疾病大鼠β2AR/β-arrestin2信号通路的影响[J]. 谢文英,王俊月,包永生,尚立芝,吴珂,李亮,王肖艳,陈晓辉,李晓芳,宋倩红.  中国实验方剂学杂志. 2019(23)
[4]二陈汤研究进展[J]. 包永生,谢文英,王俊月.  中国实验方剂学杂志. 2019(23)
[5]慢性阻塞性肺疾病的发病机制研究进展[J]. 李锋,周新.  中国呼吸与危重监护杂志. 2019(01)
[6]欧前胡素通过TGF-β1/Smad3和PI3K/Akt信号通路对哮喘小鼠气道重塑模型的影响[J]. 咸哲民,王重阳,朴玉华,李俊峰,姜京植,赵雨喆,李良昌,朴红梅,延光海.  中国药理学通报. 2018(12)
[7]淫羊藿治疗股骨头坏死的分子机制分析[J]. 梁学振,许波,李刚,骆帝,盖帅帅,阎博昭,李嘉程,夏聪敏.  中国实验方剂学杂志. 2018(14)
[8]血清Hs-CRP、IL-6及血浆FIB联合检测在COPD中的应用价值[J]. 季丰,葛明坤,叶健.  海南医学院学报. 2016(22)
[9]慢性阻塞性肺疾病患者肺组织中缺氧诱导因子1α的表达变化[J]. 魏文婷,李冰,贾晔然,陈淼,张红璇.  中国病理生理杂志. 2013(09)
[10]红景天对低氧条件下内皮细胞HIF-1α、HIF-1β和VEGF表达的影响[J]. 高秀芳,施海明,山缨,虞勇,王宣春.  中华中医药杂志. 2010(04)

硕士论文
[1]芪蛭益肺颗粒治疗慢性阻塞性肺疾病的机制研究[D]. 凌书策.北京中医药大学 2019
[2]HIF-1、VEGF在慢性阻塞性肺疾病中的表达及临床意义[D]. 汪迎.南昌大学 2019



本文编号:3245459

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