苦参黄酮抑制血管新生活性成分的虚拟筛选
发布时间：2021-11-14 22:49
血管新生是一个涉及多个步骤的动态过程,现已知大约有70种疾病与血管新生紊乱相关。作者前期文献调研中发现苦参黄酮类成分有抑制血管新生的作用,但其药效物质基础和作用机制尚未明确。分子对接技术可用于寻找和挖掘新的先导化合物。本研究应用分子对接技术,对苦参黄酮抑制血管新生的活性成分进行虚拟筛选,并结合中药化学成分分离对其结果进行了验证。搜集现已分离鉴定的142个苦参黄酮类化合物作为配体数据库,选择VEGF-a、KDR和FLT1等9个与血管新生密切相关的靶点作为受体数据库,应用Discovery Studio 2.5（DS2.5）软件的LibDock模块进行分子对接,以DrugBank中对各靶点有抑制作用并已上市的小分子药物（Approved drugs）为参照,设定各靶点的已上市小分子药物最低打分为阈值,虚拟筛选出打分高于阈值且排名前10%的化合物共42个,并对比分析了原配体、已上市药物和苦参黄酮作用于各靶点的主要活性残基,初步发现并揭示了苦参黄酮抑制血管新生的物质基础及作用机制。基于虚拟筛选的结果,对苦参黄酮类成分进行了分离、鉴定和富集,并选择分离得到的苦参黄酮化合物Kuraridin进行了...
【文章来源】：广东药科大学广东省
【文章页数】：96 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
血管新生过程
广东药科大学硕士研究生毕业论文困难，这也是许多初学者放弃对其深究的原因之一。套计算信息学的软件，结合了分子模拟和计算化学的环境个功能模块，如 FlexX 快速精准的柔性对接工具、FlexS。Studio 2.5（DS2.5），Accerlrys 公司旗下著名的分子建模功能模块集成（见图 1-2 ），允许多线程同时运行，可LibDock 是 DS2.5 中最快速的高通量对接技术模块，其根定义作用热区（Hotspots），然后将配体分子构象对接到]，该模块能快速的高通量的运行多个对接线程，也兼顾了
物和6000多个在研阶段的药物。本文各靶点对应的已上市小分子化合物（即集）均来自此数据库。（数据库网址：https://www.drugbank.ca/）UD数据库（A Directory of Useful Decoys，DUD）[81]，是一个为虚拟筛选提子（Decoys）的数据库，可测试对接方法的可靠性，但该数据库提供的靶点，只提供40个靶点总共2950种活性化合物的数据。本文部分靶点的验证来自。（数据库网址：http://dud.docking.org/index.html）究方法于抑制血管新生活性成分的虚拟筛选，实际就是通过计算机模拟，寻找能与靶点作用的小分子化合物，本文采用的模拟手段为分子对接。子对接的基本流程为：受体结构的搜集和准备，及配体结构的搜集和准备体导入DS，调用LibDock对接模块，再按照下图2-1对接原理进行操作，设置行分子对接。Generate conformations of ligands Define a receptor
【参考文献】：
期刊论文
[1]苦参总黄酮超声提取工艺及抑菌研究[J]. 房康,陈辰,高荣凯,王素云,张颖颖,赵启韬,闫滨. 山东中医杂志. 2016(11)
[2]血管新生的分子机制与相关疾病[J]. 张梦泽,李国珅,赵欣童,铁璐. 中国病理生理杂志. 2016(09)
[3]VEGF相关信号通路在血管新生中的研究进展[J]. 向本旭,刘婷婷,孙芳玲,艾厚喜,王文. 中国比较医学杂志. 2015(12)
[4]Anti-angiogenesis therapy for lung cancer: the shore and the other shore[J]. Shuang Zhang,Jingjing Liu,Hui Li,Ying Cheng. Oncology and Translational Medicine. 2015(01)
[5]苦参黄酮类化合物与SGLT2同源蛋白2XQ2的分子对接研究[J]. 崔海东,马玉卓,戴雪娥,刘鹰翔. 广东药学院学报. 2015(01)
[6]具有抗肿瘤血管生成作用的三大类中药研究现状和思考[J]. 程磊,邓玉华. 中国当代医药. 2014(19)
[7]响应面法优化苦参总黄酮的提取工艺[J]. 兰艳素,赵严,张婷婷,桂生,任文强. 黄山学院学报. 2014(03)
[8]中药苦参抗肿瘤作用研究进展[J]. 夏艳阳,李艳. 中医药临床杂志. 2014(01)
[9]分子对接技术在中药研究中的应用[J]. 任洁,魏静. 中国中医药信息杂志. 2014(01)
[10]血管新生抑制因子研究进展[J]. 张璐,付毅,孔炜. 转化医学研究(电子版). 2013(03)
博士论文
[1]动脉粥样硬化早期管壁微血管新生的相关机制及通络干预研究[D]. 刘美之.河北医科大学 2015
[2]VEGF和PDGFB受体酪氨酸激酶抑制剂对小鼠角膜新生血管抑制作用的实验研究[D]. 张朝然.复旦大学 2008
硕士论文
[1]几种黄酮类化合物的抗氧化性研究[D]. 吴肖虎.广西师范学院 2014
[2]血管新生相关因子在烟雾病发病机制中的作用[D]. 王强.南方医科大学 2013
[3]一种新黄酮类化合物（（2S）-8-异戊烯基-7，2’,4’-三羟基5-甲氧基二氢黄酮）的抗血管生成作用及其机制研究[D]. 张秀莉.兰州大学 2010
[4]苦参总黄酮的提取纯化及其片剂的制备[D]. 吴亚红.天津大学 2009
[5]苦参化学成分及生物活性研究[D]. 曹美爱.兰州大学 2007
本文编号：3495503
【文章来源】：广东药科大学广东省
【文章页数】：96 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
血管新生过程
广东药科大学硕士研究生毕业论文困难，这也是许多初学者放弃对其深究的原因之一。套计算信息学的软件，结合了分子模拟和计算化学的环境个功能模块，如 FlexX 快速精准的柔性对接工具、FlexS。Studio 2.5（DS2.5），Accerlrys 公司旗下著名的分子建模功能模块集成（见图 1-2 ），允许多线程同时运行，可LibDock 是 DS2.5 中最快速的高通量对接技术模块，其根定义作用热区（Hotspots），然后将配体分子构象对接到]，该模块能快速的高通量的运行多个对接线程，也兼顾了
物和6000多个在研阶段的药物。本文各靶点对应的已上市小分子化合物（即集）均来自此数据库。（数据库网址：https://www.drugbank.ca/）UD数据库（A Directory of Useful Decoys，DUD）[81]，是一个为虚拟筛选提子（Decoys）的数据库，可测试对接方法的可靠性，但该数据库提供的靶点，只提供40个靶点总共2950种活性化合物的数据。本文部分靶点的验证来自。（数据库网址：http://dud.docking.org/index.html）究方法于抑制血管新生活性成分的虚拟筛选，实际就是通过计算机模拟，寻找能与靶点作用的小分子化合物，本文采用的模拟手段为分子对接。子对接的基本流程为：受体结构的搜集和准备，及配体结构的搜集和准备体导入DS，调用LibDock对接模块，再按照下图2-1对接原理进行操作，设置行分子对接。Generate conformations of ligands Define a receptor
【参考文献】：
期刊论文
[1]苦参总黄酮超声提取工艺及抑菌研究[J]. 房康,陈辰,高荣凯,王素云,张颖颖,赵启韬,闫滨. 山东中医杂志. 2016(11)
[2]血管新生的分子机制与相关疾病[J]. 张梦泽,李国珅,赵欣童,铁璐. 中国病理生理杂志. 2016(09)
[3]VEGF相关信号通路在血管新生中的研究进展[J]. 向本旭,刘婷婷,孙芳玲,艾厚喜,王文. 中国比较医学杂志. 2015(12)
[4]Anti-angiogenesis therapy for lung cancer: the shore and the other shore[J]. Shuang Zhang,Jingjing Liu,Hui Li,Ying Cheng. Oncology and Translational Medicine. 2015(01)
[5]苦参黄酮类化合物与SGLT2同源蛋白2XQ2的分子对接研究[J]. 崔海东,马玉卓,戴雪娥,刘鹰翔. 广东药学院学报. 2015(01)
[6]具有抗肿瘤血管生成作用的三大类中药研究现状和思考[J]. 程磊,邓玉华. 中国当代医药. 2014(19)
[7]响应面法优化苦参总黄酮的提取工艺[J]. 兰艳素,赵严,张婷婷,桂生,任文强. 黄山学院学报. 2014(03)
[8]中药苦参抗肿瘤作用研究进展[J]. 夏艳阳,李艳. 中医药临床杂志. 2014(01)
[9]分子对接技术在中药研究中的应用[J]. 任洁,魏静. 中国中医药信息杂志. 2014(01)
[10]血管新生抑制因子研究进展[J]. 张璐,付毅,孔炜. 转化医学研究(电子版). 2013(03)
博士论文
[1]动脉粥样硬化早期管壁微血管新生的相关机制及通络干预研究[D]. 刘美之.河北医科大学 2015
[2]VEGF和PDGFB受体酪氨酸激酶抑制剂对小鼠角膜新生血管抑制作用的实验研究[D]. 张朝然.复旦大学 2008
硕士论文
[1]几种黄酮类化合物的抗氧化性研究[D]. 吴肖虎.广西师范学院 2014
[2]血管新生相关因子在烟雾病发病机制中的作用[D]. 王强.南方医科大学 2013
[3]一种新黄酮类化合物（（2S）-8-异戊烯基-7，2’,4’-三羟基5-甲氧基二氢黄酮）的抗血管生成作用及其机制研究[D]. 张秀莉.兰州大学 2010
[4]苦参总黄酮的提取纯化及其片剂的制备[D]. 吴亚红.天津大学 2009
[5]苦参化学成分及生物活性研究[D]. 曹美爱.兰州大学 2007
本文编号：3495503
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