数量性状位点定位以及基因组选择中的贝叶斯变量选择模型和方法

发布时间：2021-01-12 23:34

　　近二十多年来,数量性状位点定位和基因组选择研究成为动植物以及人类基因组学研究的热点之一。随着高密度遗传图谱的逐步建立,标记位点个数动辄成千上万,甚至数以百万计。传统的数量性状位点定位方法以及基因组选择方法,不能很好的处理这种高维甚至超高维数据建模问题。因此,为了追求更高精度的定位以及预测效果,研究者生产了大量的实验品系。设计基于这些实验品系的统计方法成为一项十分重要的研究工作。针对在动物实验中产生的多亲合作杂交小鼠品系,本文引入随机效应项来刻画个体之间存在的不均衡亲属关系,建立了联合考虑八个祖先的主基因效应以及亲源效应的混合线性模型。而针对在植物选育种中产生的甘蓝型油菜双倍体品系,本文在不同环境下的残差方差齐性和非齐性的假定下,分别建立了齐方差和异方差模型,综合考虑环境效应,基因效应以及基因与环境互作效应对表型的影响。考虑到基因型数据取值离散（0,1或者2）且位点之间存在连锁不平衡现象,通过在模型中嵌入取值0或者1的二分类指示变量,本文巧妙地将待估参数分成被选入模型和被剔除出模型两子块,并藉此设计快速高效的分块Gibbs抽样算法,减少计算时长,弥补贝叶斯算法常常被人诟病的计算时间长以及... 

【文章来源】：武汉大学湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：99 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

重组断点表示法一(Xu,2013b)o

（?ｉ?＾?＾??％?＾?■?？?＾?＼??ａ＾ｐ；．?－?ｋ??嘗??图１．５?ＣＣ品系的８个父系。??鼠（包括?５?个经典的近交系（Ａ／Ｊ，Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ，１２９Ｓｌ／ＳｖＩｍＪ，ＮＯＤ／ＳｈＺＯ?／?ＨＩＬｔＪ?）和３个被选为代表３个Ｍｕｓ?ｍｕｓｃｕｌｕｓ亚种的野生系（ＰＷＫ?／ＳＴ／ＥＩＪ，ＷＳＢ／ＥＩＪ），如图（１．５）所示）（Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ?ｅｔａｌ．，２００４）。为表述方种小鼠分别记为Ａ，Ｂ，Ｃ，Ｄ，Ｅ，?Ｆ，?Ｇ和Ｈ。将这些小鼠以及它们的杂行近亲杂交（如图１．６所示），用这种方式来进行基因重组（Ｃｈｅｓｌｅｒｅｔａｌ．，２ｉ?ｅｔａｈ，?２００８）。这种随机配对可以产生“永久的”（Ｉｍｍｏｒｔａｌｉｚｅｄ）群体，即的基因型可以任意克隆。??ＯＲ８６７?￣—?￣???＾?

埃博拉病毒的药物及疫苗的初步筛查非常有价值。此外，ＣＣ－ＲＩＸ小鼠支持亲源??效应的分析与研宄（Ｔｈｒｅａｄｇｉｌｌ?ｅｔａｌ．，２０１２）。所谓的亲源效应是指继承于父亲以及??母亲的等位基因具有不同的效应值。亲源效应对大多数复杂性状具有显著影响??（Ｍｏｔｔ?ｅｔａｌ．，２０１４），并且，亲源效应还能对基因表达的表观遗传调控（ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ??ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ）起到很好作用（Ｂａｒｌｏｗ，?２０１１）。??虽然对?ＲＩＸ?小鼠，己有一些研究，如?Ｔｓａｉｈ?ｅｔ?ａｌ．?（２００５）；?Ｚｏｕ?ｅｔ?ａｌ．?（２００５ａ）采??用混合效应模型来刻画ＲＩＸ小鼠之间的不均衡亲属关系。Ｇｏｎｇ?ｅｔａｌ．?（２０１２）提出??了更加灵活的，变系数非参数模型??Ｌ??Ｖｉ?—?＾（Ｕ）?＋?Ｘｉｊ＾（ｔｉ）?＋?ｄｉｌ〇Ｌｌ?＋?Ｃｊ??１＝１??来对单位点进行定位。其中，ｙ７：为第ｉ个个体的表型值，４为协变量的测量时点，??为第ｊ个位点的基因型，ｊ?＝?１，…，Ｍ。Ｈａｌｌｉｎ?ｅｔ?ａｌ．?（２０１６）将酵母的增长性状??变异分解为加性，显性以及配对上位效应，并采用随机效应模型对单位点进行了??定位研究。然而，很多复杂性状往往受到不止一个基因的影响，因此多重ＱＴＬ??定位较逐位点定位法更有效。虽然Ｙｕａｎ?ｅｔ?ａｌ．?（２０１１）通过混合效应模型??


本文编号：2973764