新疆雪莲线粒体基因组组装与分析

发布时间：2020-12-27 10:50

　　雪莲在我国新疆、青海、甘肃、四川、云南和西藏等省区的高海拔、寒冷地区均有分布,主产于新疆的天山、昆仑山等地区,是一种高原多年生珍稀草本植物。雪莲不仅具有很强的抗寒性和适应恶劣环境的能力,还演化出一套能在高海拔的冰川上旺盛生长并适应缺氧环境的形态通气结构,以维持其呼吸作用的进行。线粒体能够维持雪莲在低温下生长的能量供给,保证其形态建成和对生理功能的调控。对其线粒体基因组的组装与分析,能为从更深层次上去分析其低温呼吸机制,以及低温条件下的核质互作,并为逆境胁迫耐受机制等研究打下坚实的基础。本研究主要内容为:以两种不同的组装方法对雪莲线粒体基因进行组装,并对组装结果进行分析,比较分析两种方法之间的优缺点,为下一步分析基因组分析打定基础。本实验组装策略:第一种方法是从测序数据中将能与核基因组和叶绿体基因组比对上的reads去除,然后使用剩下的reads进行组装得到雪莲线粒体基因组;但由于雪莲核基因组是未知的,本研究使用与雪莲同属菊科且亲缘关系较近的向日葵核基因组,代替雪莲核基因组进行雪莲线粒体reads的筛选。第二种方法利用三代数据读长较长的特点,与二代数据进行混合组装,然后从中筛选出线粒体c... 

【文章来源】：石河子大学新疆维吾尔自治区 211工程院校

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

RS41萝卜线粒体环形基因组GenemapFig1.TheringgenomeofradishRS41向日葵线粒体基因组的主复制环长度为300945bp，平均GC含量为45％，

illumina边合成边测序原理

半导体芯片测序技术Fig3.TheprincipleofIonTorrent随着测序技术的不断进步，出现了第三代高通量测序技术，该技术又被称为单分子测序技术

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]蝗虫微孢子虫寄生飞蝗的分子基础[D]. 陈龙欣.中国农业大学 2017

硕士论文
[1]裙带菜Undaria pinnatifida线粒体全基因组研究及藻类线粒体基因组比较分析[D]. 李天勇.中国海洋大学 2014



本文编号：2941612