玉米自交系昌7-2与郑58重测序数据分析
发布时间：2021-01-24 05:27
玉米自交系昌7-2和郑58是玉米育种的核心基础材料,本研究应用生物信息学分析法对两个自交系重测序数据在基因组上的差异进行分析,并对SNP和In Del差异位点进行注释,在基因组上找到两个自交系的差异基因并注释,这些差异基因为后续分子标记和育种工作奠定了基础。主要结论如下:1普通玉米自交系昌7-2重测序数据为57G,测序深度为27.6X,共生成3.99亿条reads,与参考序列B73比对上54G,reads比对上3.79亿条,覆盖度达94.92%;郑58重测序数据为60G,重测深度为28.74X,共得到4.16亿条reads,与B73比对上54G,reads比对上3.96亿条,覆盖度为95.12%。2自交系昌7-2重测序数据与B73比对分析,共发现810.65万个差异位点,SNP位点有732.55万个,In DEL位点有78.08万个。在732.55万个SNP中,有702.52万个在基因上,38.89万个在内含子上;在编码区引起氨基酸变化的SNP有30.74万个;纯合的SNP有686.02万个,杂合的有38.63万个。78.08万个In Del中,在基因上有69.49万个,内含子上有30...
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
测序及分析流程图
图 2-2 可视化图Figure 2-2 Visualizations（4）比对后的结果统计：#统计覆盖度和测序深度：nohup time samtools mpileup Z58_v4.sorted.bam |perl -alne'{$pos{$F[0]}++;$depth{$F[0]}+=$F[3]} END{print "$_\t$pos{$_}\t$depth{$_}"foreach sort keys %pos}' 1>coverage_depth.txt 2>coverage_depth.log &#查看染色体的长度samtools view -H Z58_v4.sorted.bam#查看比对的效率samtools flagstat Z58_v4.sorted.bam#结果的可视化samtools stats -r Zea_mays.AGPv4.DNA.chromosome.fa Z58_v4.sorted.bam >Z58_v4.sort.bam.statsplot-bamstats -p bam.stats Z58_v4.sort.bam.stats（5）对比对的结果进行过滤
图 2-3 昌 7-2 测序质量Figure 2-3 The quality for inbred Chang7-2a 和 b:昌 7-2 质量检说明；c 和 d:质量检测生成的 reads 质量由图 2-3 可知：a 和 b 是 read1 和 read2 的质量检测的说明，从中可知昌 7-2 质量检测的序列为 1.9 亿条，每个序列的长度为 150bp,检测的 GC 含量为 46%。c 和 d 是检测的 read1和 read2 的测序质量。由图可知，read1 的全部序列都在黄色背景之上，所以 read1 的全部序列都可以用；read2 的质量检测值的前 118bp 的测序质量值都落黄色背景之上，故 reads2的前 118bp 可用；红色背景中的数据质量较低，故在分析过程中去取。后续对昌 7-2 的分析都是在去除质量低的数据后进行的。
【参考文献】：
期刊论文
[1]玉米穗行数全基因组关联分析[J]. 张焕欣,翁建峰,张晓聪,刘昌林,雍洪军,郝转芳,李新海. 作物学报. 2014(01)
[2]DNA测序技术及其应用研究进展[J]. 刘朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建农业学报. 2012(10)
[3]第三代测序基本原理[J]. 李明爽,赵敏. 现代生物医学进展. 2012(10)
[4]高等植物基因组测序回顾与展望[J]. 刘蓉蓉. 生物技术通报. 2011(05)
[5]DNA测序技术的发展历史与最新进展[J]. 解增言,林俊华,谭军,舒坤贤. 生物技术通报. 2010(08)
[6]郑单958的价值及改良[J]. 王绍新,郭贵峰,冯健英,张国良. 河北农业科学. 2010(02)
[7]DNA测序技术与仪器的发展[J]. 聂志扬,肖飞,郭健. 中国医疗器械信息. 2009(10)
[8]DNA高速测序技术及其应用[J]. 黄彦. 生命科学仪器. 2008(02)
[9]玉米杂交种郑单958的选育与应用[J]. 堵纯信,曹春景,曹青,毕蒙蒙,董战鲲,张发林. 玉米科学. 2006(06)
[10]优良高配合力玉米自交系昌7-2的选育及其利用[J]. 申为民,王卫民,赵爱莲,张太平. 种子. 2004(12)
本文编号：2996661
【文章来源】：河南农业大学河南省
【文章页数】：62 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
测序及分析流程图
图 2-2 可视化图Figure 2-2 Visualizations（4）比对后的结果统计：#统计覆盖度和测序深度：nohup time samtools mpileup Z58_v4.sorted.bam |perl -alne'{$pos{$F[0]}++;$depth{$F[0]}+=$F[3]} END{print "$_\t$pos{$_}\t$depth{$_}"foreach sort keys %pos}' 1>coverage_depth.txt 2>coverage_depth.log &#查看染色体的长度samtools view -H Z58_v4.sorted.bam#查看比对的效率samtools flagstat Z58_v4.sorted.bam#结果的可视化samtools stats -r Zea_mays.AGPv4.DNA.chromosome.fa Z58_v4.sorted.bam >Z58_v4.sort.bam.statsplot-bamstats -p bam.stats Z58_v4.sort.bam.stats（5）对比对的结果进行过滤
图 2-3 昌 7-2 测序质量Figure 2-3 The quality for inbred Chang7-2a 和 b:昌 7-2 质量检说明；c 和 d:质量检测生成的 reads 质量由图 2-3 可知：a 和 b 是 read1 和 read2 的质量检测的说明，从中可知昌 7-2 质量检测的序列为 1.9 亿条，每个序列的长度为 150bp,检测的 GC 含量为 46%。c 和 d 是检测的 read1和 read2 的测序质量。由图可知，read1 的全部序列都在黄色背景之上，所以 read1 的全部序列都可以用；read2 的质量检测值的前 118bp 的测序质量值都落黄色背景之上，故 reads2的前 118bp 可用；红色背景中的数据质量较低，故在分析过程中去取。后续对昌 7-2 的分析都是在去除质量低的数据后进行的。
【参考文献】：
期刊论文
[1]玉米穗行数全基因组关联分析[J]. 张焕欣,翁建峰,张晓聪,刘昌林,雍洪军,郝转芳,李新海. 作物学报. 2014(01)
[2]DNA测序技术及其应用研究进展[J]. 刘朋虎,林冬梅,林占熺,李晶. 福建农业学报. 2012(10)
[3]第三代测序基本原理[J]. 李明爽,赵敏. 现代生物医学进展. 2012(10)
[4]高等植物基因组测序回顾与展望[J]. 刘蓉蓉. 生物技术通报. 2011(05)
[5]DNA测序技术的发展历史与最新进展[J]. 解增言,林俊华,谭军,舒坤贤. 生物技术通报. 2010(08)
[6]郑单958的价值及改良[J]. 王绍新,郭贵峰,冯健英,张国良. 河北农业科学. 2010(02)
[7]DNA测序技术与仪器的发展[J]. 聂志扬,肖飞,郭健. 中国医疗器械信息. 2009(10)
[8]DNA高速测序技术及其应用[J]. 黄彦. 生命科学仪器. 2008(02)
[9]玉米杂交种郑单958的选育与应用[J]. 堵纯信,曹春景,曹青,毕蒙蒙,董战鲲,张发林. 玉米科学. 2006(06)
[10]优良高配合力玉米自交系昌7-2的选育及其利用[J]. 申为民,王卫民,赵爱莲,张太平. 种子. 2004(12)
本文编号：2996661
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/2996661.html
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