甘蓝型油菜不同生态型分子预测模型的构建
发布时间：2021-03-05 01:20
根据从营养生长转向生殖生长的不同需求,甘蓝型油菜可以被分为三种生态型:冬性、半冬性和春性;其中冬性甘蓝型油菜主要分布在欧洲需要一个月以上的低温（小于4℃）,我国主要种植的是半冬性和春性甘蓝型油菜,两者没有严格的界限,所以存在一些广适性品种。特定的地区只适宜特定生态型的生长,为了开发能检测不同生态型的标记,并为判定油菜适宜种植地区提供参考,本研究首先利用全基因组关联分析找到了与开花时间相关的位点,并结合已发表的标记,开发出了7个能为油菜生态型判定提供参考的PCR标记。主要试验结果如下:利用实验室收集的495份甘蓝型油菜自交系组成的自然群体,并结合先前提供的八个环境表型数据和郭亮老师课题组提供的基因型数据,我们成功检测到了166个与开花时间相关的SNP/InDel位点。其中,5个位点能在多个环境当中重复检测到,这些位点附近有拟南芥FLC、FRI、EMF2同源的油菜基因;另外,有21个由毗邻（物理距离小于150kb）的SNP组成的区段,其中也包括了许多与拟南芥开花基因同源的油菜基因。从495份甘蓝型油菜自交系材料中选出452份进行生态型分类,将全基因组关联分析得到的166个标记与前人研究中的...
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
拟南芥开花调控网络图(JungandMuller2009)
华中农业大学 2018 届硕士研究生学位（毕业）论文要是根据农业部的《油菜优势区域布局规划（2008~2015 年）》和我国油菜生产现状划分的，分为长江流域半冬性油菜区、北方春油菜区、黄淮流域冬性油菜区。长江流域半冬性油菜区包括上海、浙江、江苏、安徽、湖北、江西、湖南、四川、贵州、云南、重庆、河南信阳、陕西汉中 13 个省市地区（图 1.2）。北方春油菜区包括青海、甘肃、内蒙、新疆。黄淮流域冬性油菜主要包括陕西、河南，其中不包括汉中和信阳地区（殷艳等 2010）。不同地域由于光照和温度的条件不同，使得只有特定生态型的油菜才能适应当地的生长条件。
图 3.1 8 个环境的开花期箱图Fig. 3.1 The box-plot of flowering times in eight environments.2 GWAS 结果分析.2.1 模型选择在数据模型方面，我们选择了两种模型（LR 和 LMM）进行比较（图 3.2 和.3）：用这两种模型分别分析了 8 个环境的数据，结果说明 LMM 模型更适合。，绿线表示数据的拟合曲线，红线为理想数据，绿线越靠近红线就说明拟合效好，若绿线偏离红线则说明观测值偏离期望值，假阳性率较高。通过 QQ 图的，再比较两种模型获得的曼哈顿图显示：两个模型获得的图片比较类似，LR 模出的与表型关联的 SNP 位点较 LMM 模型偏多，但这些位点可能为假阳性位点合考虑，我们使用 LMM 模型进行下一步分析。
【参考文献】：
期刊论文
[1]玉米穗位高全基因组关联分析及其候选基因预测[J]. 李博,张焕欣,杨小艳,吕颖颖,江培顺,郝转芳,吕香玲,王宏伟,翁建峰. 作物杂志. 2013(02)
[2]拟南芥光周期调控开花的研究进展[J]. 赵淑清,罗志鹏,李昱. 山西大学学报(自然科学版). 2009(02)
[3]控制拟南芥和水稻开花时间光周期途径的分子机制[J]. 彭凌涛. 植物生理学通讯. 2006(06)
[4]光周期影响植物花时的分子机制[J]. 陈晓,李思远,吴连成,王翠玲,陈彦惠. 西北植物学报. 2006(07)
[5]拟南芥开花时间调控的研究进展[J]. 张素芝,左建儒. 生物化学与生物物理进展. 2006(04)
[6]广适性小麦品种选育探讨[J]. 孙道杰,冯毅,王辉. 中国农学通报. 2006(01)
博士论文
[1]拟南芥核孔蛋白Nup96的鉴定及其在开花时间和生物钟调控中的功能分析[D]. 王旭.中国农业科学院 2014
硕士论文
[1]水稻农艺和品质若干性状的全基因组初步关联分析[D]. 唐富福.浙江大学 2013
[2]利用重叠导入系定位油菜开花期相关基因[D]. 洪宝华.华中农业大学 2012
[3]甘蓝型油菜种子硫苷含量的关联分析[D]. 杨巍.华中农业大学 2010
本文编号：3064307
【文章来源】：华中农业大学湖北省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：59 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
拟南芥开花调控网络图(JungandMuller2009)
华中农业大学 2018 届硕士研究生学位（毕业）论文要是根据农业部的《油菜优势区域布局规划（2008~2015 年）》和我国油菜生产现状划分的，分为长江流域半冬性油菜区、北方春油菜区、黄淮流域冬性油菜区。长江流域半冬性油菜区包括上海、浙江、江苏、安徽、湖北、江西、湖南、四川、贵州、云南、重庆、河南信阳、陕西汉中 13 个省市地区（图 1.2）。北方春油菜区包括青海、甘肃、内蒙、新疆。黄淮流域冬性油菜主要包括陕西、河南，其中不包括汉中和信阳地区（殷艳等 2010）。不同地域由于光照和温度的条件不同，使得只有特定生态型的油菜才能适应当地的生长条件。
图 3.1 8 个环境的开花期箱图Fig. 3.1 The box-plot of flowering times in eight environments.2 GWAS 结果分析.2.1 模型选择在数据模型方面，我们选择了两种模型（LR 和 LMM）进行比较（图 3.2 和.3）：用这两种模型分别分析了 8 个环境的数据，结果说明 LMM 模型更适合。，绿线表示数据的拟合曲线，红线为理想数据，绿线越靠近红线就说明拟合效好，若绿线偏离红线则说明观测值偏离期望值，假阳性率较高。通过 QQ 图的，再比较两种模型获得的曼哈顿图显示：两个模型获得的图片比较类似，LR 模出的与表型关联的 SNP 位点较 LMM 模型偏多，但这些位点可能为假阳性位点合考虑，我们使用 LMM 模型进行下一步分析。
【参考文献】：
期刊论文
[1]玉米穗位高全基因组关联分析及其候选基因预测[J]. 李博,张焕欣,杨小艳,吕颖颖,江培顺,郝转芳,吕香玲,王宏伟,翁建峰. 作物杂志. 2013(02)
[2]拟南芥光周期调控开花的研究进展[J]. 赵淑清,罗志鹏,李昱. 山西大学学报(自然科学版). 2009(02)
[3]控制拟南芥和水稻开花时间光周期途径的分子机制[J]. 彭凌涛. 植物生理学通讯. 2006(06)
[4]光周期影响植物花时的分子机制[J]. 陈晓,李思远,吴连成,王翠玲,陈彦惠. 西北植物学报. 2006(07)
[5]拟南芥开花时间调控的研究进展[J]. 张素芝,左建儒. 生物化学与生物物理进展. 2006(04)
[6]广适性小麦品种选育探讨[J]. 孙道杰,冯毅,王辉. 中国农学通报. 2006(01)
博士论文
[1]拟南芥核孔蛋白Nup96的鉴定及其在开花时间和生物钟调控中的功能分析[D]. 王旭.中国农业科学院 2014
硕士论文
[1]水稻农艺和品质若干性状的全基因组初步关联分析[D]. 唐富福.浙江大学 2013
[2]利用重叠导入系定位油菜开花期相关基因[D]. 洪宝华.华中农业大学 2012
[3]甘蓝型油菜种子硫苷含量的关联分析[D]. 杨巍.华中农业大学 2010
本文编号：3064307
本文链接：https://www.wllwen.com/nykjlw/nzwlw/3064307.html
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