寒胁迫下ncRNA调控冬小麦6-磷酸葡萄糖酸内酯酶表达特性的研究
发布时间：2021-03-07 06:09
农作物在正常生长的过程中会遇到很多逆境胁迫,低温胁迫对小麦作物影响巨大,会导致小麦生长发育迟缓,产量减少。东农冬麦1号（Dn1）是我国可在黑龙江省高寒区安全越冬强抗寒（可耐-30℃低温）冬小麦品种,是耐寒研究珍贵材料。microRNA（miRNA）与冬小麦的抗寒性有密切的关系,miRNA调控其靶基因启动抗寒应答;而lncRNA通过与miRNA的互作,影响了miRNA对其靶基因表达,进而使冬小麦的抗寒性产生变化。在强抗寒的冬小麦品种Dn1中进行筛检分析,发现了与其抗寒有关的miRNA及lncRNA。本研究通过KEGG通路发现了miRNA调控下表达差异显著的Ta6PGL,依据实验室此前建立的不同低温环境下的miRNA和lncRNA数据库,从miRNA数据库中找到可调控Ta6PGL表达差异显著的miRNA是tae-miRNA5049-3p,进而又从lncRNA数据库中找到与tae-miRNA5049-3p互作的lncRNA,应用RT-PCR和转基因技术检测三者的表达规律。构建tae-lncRNA-0310的植物表达载体,浸花法侵染拟南芥,并对T2代植株表型观察并进行植株...
【文章来源】：东北农业大学黑龙江省 211工程院校
【文章页数】：48 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Ta6PGL同源序列比对Fig.3-1Ta6PGLHomologoussequencealignment
图 3-2 6PGL 进化树Fig.3-2 6PGL phylogenetic tree3.1.2 lncRNAs 的生物信息学分析根据前期在 5℃、-10℃和-25℃下取样东农冬麦 1 号分蘖节、提取 RNA，经 RNA-seq建“东农冬麦 1 号”寒胁迫相关高质量的 lncRNA 文库，从中筛选出调控 PPP 途径相关的合 ceRNA 假说的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸内酯酶，6PGL）。表 3-1 构建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 关联关系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白质二级结构的预测使用软件 RNAfold 检测了 lncRNA 的二级结构，得到结构如下图 3-3 所示，可以看lncRNAs 的二级结构具有明显的颈环结构，其中，tae-lncRNA-0150 二级结构较为复杂，具lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸内酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
3.1.2 lncRNAs 的生物信息学分析根据前期在 5℃、-10℃和-25℃下取样东农冬麦 1 号分蘖节、提取 RNA，经 RNA-seq 构建“东农冬麦 1 号”寒胁迫相关高质量的 lncRNA 文库，从中筛选出调控 PPP 途径相关的符合 ceRNA 假说的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1）-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸内酯酶，6PGL）。表 3-1 构建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 关联关系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白质二级结构的预测使用软件 RNAfold 检测了 lncRNA 的二级结构，得到结构如下图 3-3 所示，可以看出lncRNAs 的二级结构具有明显的颈环结构，其中，tae-lncRNA-0150 二级结构较为复杂，具有较多的配对碱基数，但其大环状结构也相对更多。lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸内酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
本文编号：3068537
【文章来源】：东北农业大学黑龙江省 211工程院校
【文章页数】：48 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Ta6PGL同源序列比对Fig.3-1Ta6PGLHomologoussequencealignment
图 3-2 6PGL 进化树Fig.3-2 6PGL phylogenetic tree3.1.2 lncRNAs 的生物信息学分析根据前期在 5℃、-10℃和-25℃下取样东农冬麦 1 号分蘖节、提取 RNA，经 RNA-seq建“东农冬麦 1 号”寒胁迫相关高质量的 lncRNA 文库，从中筛选出调控 PPP 途径相关的合 ceRNA 假说的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸内酯酶，6PGL）。表 3-1 构建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 关联关系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白质二级结构的预测使用软件 RNAfold 检测了 lncRNA 的二级结构，得到结构如下图 3-3 所示，可以看lncRNAs 的二级结构具有明显的颈环结构，其中，tae-lncRNA-0150 二级结构较为复杂，具lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸内酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
3.1.2 lncRNAs 的生物信息学分析根据前期在 5℃、-10℃和-25℃下取样东农冬麦 1 号分蘖节、提取 RNA，经 RNA-seq 构建“东农冬麦 1 号”寒胁迫相关高质量的 lncRNA 文库，从中筛选出调控 PPP 途径相关的符合 ceRNA 假说的 lncRNA（TRAES3BF007300310CFD_t1 和 TRAES3BF102700150CFD _t1）-miRNA（miR5049-3P）-靶 mRNA（6-磷酸葡萄糖酸内酯酶，6PGL）。表 3-1 构建 lncRNA-miRNA-靶 mRNA 关联关系Fig.3-1 Construction of lncRNA-miRNA-target mRNA association3.1.2.1 蛋白质二级结构的预测使用软件 RNAfold 检测了 lncRNA 的二级结构，得到结构如下图 3-3 所示，可以看出lncRNAs 的二级结构具有明显的颈环结构，其中，tae-lncRNA-0150 二级结构较为复杂，具有较多的配对碱基数，但其大环状结构也相对更多。lncRNA miRNA 靶 mRNATRAES3BF007300310CFD_t1 miR5049-3P 6-磷酸葡萄糖酸内酯酶（6PGL）TRAES3BF102700150CFD_t1
本文编号：3068537
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